More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1092 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  43.16 
 
 
928 aa  684    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  43.16 
 
 
928 aa  684    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0473  DNA polymerase I  40.77 
 
 
943 aa  669    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  41.87 
 
 
892 aa  710    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  43.28 
 
 
891 aa  727    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  41.58 
 
 
915 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  49.52 
 
 
926 aa  927    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  42.32 
 
 
928 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  41.32 
 
 
931 aa  671    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  40.94 
 
 
906 aa  663    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0494  DNA polymerase I  39.91 
 
 
950 aa  666    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.958979 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  43.05 
 
 
928 aa  681    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  41.08 
 
 
936 aa  666    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2673  DNA polymerase I  40.71 
 
 
878 aa  643    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000968641  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  41.88 
 
 
922 aa  659    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  43.16 
 
 
928 aa  684    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  40.99 
 
 
917 aa  655    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  42.32 
 
 
928 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  38.58 
 
 
976 aa  644    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  40.43 
 
 
872 aa  643    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  40.19 
 
 
896 aa  659    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  40.28 
 
 
896 aa  659    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  43.05 
 
 
928 aa  683    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  40.68 
 
 
956 aa  662    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  42.15 
 
 
930 aa  673    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  40.25 
 
 
938 aa  670    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  39.37 
 
 
941 aa  643    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  41.05 
 
 
918 aa  654    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  40.6 
 
 
944 aa  682    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4290  DNA polymerase I  41.6 
 
 
921 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000095151  hitchhiker  0.000000056057 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  40.08 
 
 
937 aa  638    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  41.55 
 
 
902 aa  665    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  41.17 
 
 
903 aa  681    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  40.29 
 
 
935 aa  652    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  42.32 
 
 
928 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  43.15 
 
 
891 aa  748    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  38.52 
 
 
979 aa  635    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1645  DNA polymerase A  41.21 
 
 
945 aa  682    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  42.32 
 
 
928 aa  676    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0179  DNA polymerase A  40 
 
 
924 aa  669    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  40.82 
 
 
915 aa  669    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  41.98 
 
 
892 aa  702    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  42.83 
 
 
923 aa  681    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  42.77 
 
 
939 aa  719    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  41.66 
 
 
902 aa  665    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  40.55 
 
 
908 aa  636    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  41.49 
 
 
921 aa  659    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  65.75 
 
 
949 aa  1258    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00630  DNA polymerase I  40.46 
 
 
908 aa  649    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  40.92 
 
 
945 aa  643    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  41.39 
 
 
932 aa  680    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  41.49 
 
 
921 aa  656    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  51.12 
 
 
936 aa  940    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  38.46 
 
 
978 aa  640    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  40.04 
 
 
892 aa  669    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  39.66 
 
 
892 aa  664    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  41.58 
 
 
915 aa  678    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  41.36 
 
 
926 aa  683    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  40.7 
 
 
888 aa  655    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  39 
 
 
903 aa  645    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  40.4 
 
 
916 aa  674    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  43.16 
 
 
928 aa  684    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  42 
 
 
921 aa  658    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  41.42 
 
 
935 aa  657    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  40.99 
 
 
928 aa  667    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  43.16 
 
 
928 aa  684    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  40.89 
 
 
988 aa  664    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  39.15 
 
 
924 aa  640    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  43.16 
 
 
928 aa  684    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  40.73 
 
 
930 aa  679    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  39.63 
 
 
1022 aa  651    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  42.16 
 
 
928 aa  676    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  41.21 
 
 
928 aa  677    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  40.19 
 
 
937 aa  637    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  52.01 
 
 
946 aa  990    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  41.85 
 
 
922 aa  671    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  41.1 
 
 
951 aa  685    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  39.02 
 
 
968 aa  647    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  42.11 
 
 
922 aa  663    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  42.11 
 
 
922 aa  667    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  39.05 
 
 
912 aa  642    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  42.18 
 
 
918 aa  674    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  41.3 
 
 
933 aa  653    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  41.98 
 
 
934 aa  664    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  40.51 
 
 
934 aa  665    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  40.82 
 
 
913 aa  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  41.39 
 
 
932 aa  681    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  40.84 
 
 
915 aa  667    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  40.93 
 
 
930 aa  645    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  42.36 
 
 
931 aa  699    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  41.39 
 
 
932 aa  681    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  43.26 
 
 
928 aa  684    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  38.01 
 
 
893 aa  638    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  38.79 
 
 
911 aa  637    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  42 
 
 
922 aa  671    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  39.15 
 
 
934 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0540  DNA polymerase I  42.37 
 
 
936 aa  717    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.560108  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  39.43 
 
 
893 aa  666    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0536  DNA polymerase I  40.91 
 
 
946 aa  699    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  43.44 
 
 
945 aa  795    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>