More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0848 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  54.67 
 
 		 1047 aa  1078    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  54.41 
 
 		 1024 aa  1071    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  59.96 
 
 		 999 aa  1171    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  40.83 
 
 		 922 aa  668    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  60.63 
 
 		 992 aa  1218    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  42.66 
 
 		 937 aa  717    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  42.46 
 
 		 937 aa  711    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  40.67 
 
 		 941 aa  660    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  61.56 
 
 		 979 aa  1230    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  58.77 
 
 		 1043 aa  1150    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  40.91 
 
 		 924 aa  670    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  55.61 
 
 		 937 aa  694    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  61.73 
 
 		 1000 aa  1236    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  56.8 
 
 		 973 aa  693    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  40.27 
 
 		 942 aa  668    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  88.39 
 
 		 1025 aa  1778    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  39.68 
 
 		 929 aa  703    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  75.36 
 
 		 1010 aa  1570    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  55.85 
 
 		 968 aa  1129    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03934  DNA polymerase I  41.33 
 
 		 933 aa  682    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540261  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  39.96 
 
 		 930 aa  706    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  55.45 
 
 		 937 aa  693    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  40.3 
 
 		 917 aa  647    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  60.65 
 
 		 1004 aa  1197    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  55.74 
 
 		 940 aa  654    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  38.48 
 
 		 939 aa  697    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  42.79 
 
 		 939 aa  700    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  75.68 
 
 		 1020 aa  1552    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  48.77 
 
 		 924 aa  840    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  55.45 
 
 		 937 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  100 
 
 		 1032 aa  2101    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  40.8 
 
 		 957 aa  666    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  81.08 
 
 		 1021 aa  1675    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  39.15 
 
 		 910 aa  650    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  61.65 
 
 		 976 aa  1233    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  60.29 
 
 		 979 aa  1190    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  93.56 
 
 		 1033 aa  1919    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4423  DNA polymerase I  59.35 
 
 		 1016 aa  1156    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  75.94 
 
 		 1014 aa  1577    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  40.69 
 
 		 943 aa  679    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  55.75 
 
 		 935 aa  679    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  55.59 
 
 		 932 aa  679    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  61.64 
 
 		 978 aa  1246    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  54.48 
 
 		 1047 aa  1070    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  54.57 
 
 		 1047 aa  1071    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  40.83 
 
 		 922 aa  667    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  39.98 
 
 		 931 aa  666    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  55.34 
 
 		 928 aa  707    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  54.46 
 
 		 1016 aa  1050    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  39.71 
 
 		 936 aa  652    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  41.81 
 
 		 937 aa  654    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  53.62 
 
 		 1060 aa  1069    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  40.88 
 
 		 947 aa  672    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  61.55 
 
 		 978 aa  1233    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1542  DNA polymerase I  39.35 
 
 		 940 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  59.83 
 
 		 1013 aa  1175    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0390  DNA polymerase I  40.12 
 
 		 923 aa  634  1e-180  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0080  DNA polymerase I  35.43 
 
 		 944 aa  630  1e-179  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.432939  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  54.28 
 
 		 929 aa  632  1e-179  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  37.38 
 
 		 956 aa  626  1e-178  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  35.91 
 
 		 1022 aa  619  1e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2846  DNA polymerase I  53.44 
 
 		 943 aa  610  1e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  37.49 
 
 		 988 aa  612  1e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  36.75 
 
 		 963 aa  607  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  35.69 
 
 		 936 aa  600  1e-170  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  53.34 
 
 		 915 aa  600  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  35.24 
 
 		 939 aa  602  1e-170  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  35.95 
 
 		 932 aa  600  1e-170  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  34.89 
 
 		 949 aa  590  1e-167  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  52.09 
 
 		 945 aa  592  1e-167  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  35.64 
 
 		 956 aa  588  1e-166  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  50.64 
 
 		 941 aa  588  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0543  DNA polymerase I  34.1 
 
 		 1024 aa  584  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.72991  normal  0.283494 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  51.21 
 
 		 937 aa  579  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  35.18 
 
 		 946 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3011  DNA polymerase I  35.54 
 
 		 957 aa  573  1.0000000000000001e-162  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  35.63 
 
 		 944 aa  568  1e-160  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  35.83 
 
 		 926 aa  556  1e-157  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3415  DNA polymerase I  36.84 
 
 		 965 aa  557  1e-157  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00208167  normal  0.0804526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  45.57 
 
 		 926 aa  558  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  35.53 
 
 		 945 aa  550  1e-155  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  43.35 
 
 		 951 aa  550  1e-155  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  46.43 
 
 		 904 aa  551  1e-155  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0179  DNA polymerase A  35.56 
 
 		 924 aa  546  1e-154  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  46.91 
 
 		 912 aa  543  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1637  DNA polymerase I  35.2 
 
 		 936 aa  541  9.999999999999999e-153  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00630  DNA polymerase I  47.1 
 
 		 908 aa  539  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  45.29 
 
 		 915 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  45.13 
 
 		 915 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  48.3 
 
 		 906 aa  535  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1512  DNA polymerase I  37.07 
 
 		 972 aa  536  1e-150  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.43872  normal  0.0397579 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  45.6 
 
 		 928 aa  535  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  46.17 
 
 		 891 aa  535  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  45.16 
 
 		 934 aa  533  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  43.62 
 
 		 931 aa  532  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  46.5 
 
 		 911 aa  531  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  44.48 
 
 		 915 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1062  DNA polymerase I  46.42 
 
 		 934 aa  528  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  46.91 
 
 		 941 aa  526  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  44.32 
 
 		 915 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>