More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0956 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  715    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  715    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  57.33 
 
 		 937 aa  695    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  39.9 
 
 		 941 aa  661    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  42.38 
 
 		 928 aa  715    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  714    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  43.78 
 
 		 939 aa  712    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  53.09 
 
 		 1016 aa  1043    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4827  DNA polymerase I  41.17 
 
 		 917 aa  650    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00421235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  41.46 
 
 		 927 aa  682    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  61.62 
 
 		 979 aa  1231    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  54.01 
 
 		 1024 aa  1070    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  53.98 
 
 		 1060 aa  1073    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  89 
 
 		 1025 aa  1790    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  57.35 
 
 		 937 aa  702    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  39.66 
 
 		 930 aa  706    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  54.46 
 
 		 1047 aa  1071    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  42.86 
 
 		 937 aa  718    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  712    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  40.69 
 
 		 947 aa  671    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03934  DNA polymerase I  41.1 
 
 		 933 aa  673    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540261  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  76.76 
 
 		 1020 aa  1560    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  60.5 
 
 		 1013 aa  1176    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  76.04 
 
 		 1010 aa  1580    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  39.53 
 
 		 936 aa  649    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  54.55 
 
 		 1047 aa  1081    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  54.36 
 
 		 1047 aa  1070    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  715    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  57.51 
 
 		 937 aa  702    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  40.97 
 
 		 917 aa  652    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  60.84 
 
 		 1004 aa  1199    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4423  DNA polymerase I  60.08 
 
 		 1016 aa  1167    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  63.12 
 
 		 1000 aa  1261    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  38.87 
 
 		 939 aa  697    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  40.59 
 
 		 924 aa  670    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  42.56 
 
 		 937 aa  715    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  42.49 
 
 		 937 aa  646    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  40.73 
 
 		 922 aa  668    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  40.87 
 
 		 929 aa  710    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  49.46 
 
 		 924 aa  856    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  59.57 
 
 		 1043 aa  1162    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  715    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  40.73 
 
 		 922 aa  667    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  93.55 
 
 		 1032 aa  1878    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  56.7 
 
 		 940 aa  661    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  40.22 
 
 		 957 aa  661    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  81.09 
 
 		 1021 aa  1675    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  39.84 
 
 		 910 aa  658    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  40.33 
 
 		 944 aa  637    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  57.61 
 
 		 973 aa  697    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  716    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  100 
 
 		 1033 aa  2100    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  76.52 
 
 		 1014 aa  1580    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  41.14 
 
 		 943 aa  687    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  56.08 
 
 		 935 aa  681    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4493  DNA polymerase I  40.58 
 
 		 917 aa  639    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  60.69 
 
 		 999 aa  1179    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  63.07 
 
 		 978 aa  1261    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  41.35 
 
 		 942 aa  682    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1542  DNA polymerase I  39.51 
 
 		 940 aa  650    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  57.1 
 
 		 932 aa  688    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  60.88 
 
 		 979 aa  1201    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  55.99 
 
 		 928 aa  706    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3655  DNA polymerase I  40.58 
 
 		 917 aa  639    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.498636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  61.01 
 
 		 992 aa  1219    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  56.25 
 
 		 968 aa  1120    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  62.08 
 
 		 978 aa  1234    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3872  DNA polymerase I  40.58 
 
 		 917 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 928 aa  715    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  62.57 
 
 		 976 aa  1241    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0448  DNA polymerase I  40.71 
 
 		 923 aa  635  1e-180  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0390  DNA polymerase I  40.63 
 
 		 923 aa  632  1e-179  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  54.12 
 
 		 929 aa  630  1e-179  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  38.5 
 
 		 988 aa  625  1e-177  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  37.98 
 
 		 924 aa  622  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  36.45 
 
 		 1022 aa  615  9.999999999999999e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0080  DNA polymerase I  35.29 
 
 		 944 aa  615  9.999999999999999e-175  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.432939  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2846  DNA polymerase I  53.44 
 
 		 943 aa  613  9.999999999999999e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  37.08 
 
 		 963 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  36.44 
 
 		 932 aa  603  1.0000000000000001e-171  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  54 
 
 		 915 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  36.35 
 
 		 936 aa  597  1e-169  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  35.73 
 
 		 949 aa  596  1e-169  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  52.73 
 
 		 945 aa  592  1e-168  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0543  DNA polymerase I  33.94 
 
 		 1024 aa  589  1e-167  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.72991  normal  0.283494 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  36.51 
 
 		 956 aa  592  1e-167  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  50.56 
 
 		 941 aa  582  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  50.89 
 
 		 937 aa  578  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  35.3 
 
 		 946 aa  578  1.0000000000000001e-163  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3011  DNA polymerase I  36 
 
 		 957 aa  576  1.0000000000000001e-163  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  36.36 
 
 		 944 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  46.54 
 
 		 926 aa  558  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  44.44 
 
 		 951 aa  555  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  36.34 
 
 		 945 aa  555  1e-156  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  36.02 
 
 		 926 aa  549  1e-154  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  47.49 
 
 		 928 aa  549  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  47.72 
 
 		 912 aa  547  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1637  DNA polymerase I  35.36 
 
 		 936 aa  546  1e-153  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0179  DNA polymerase A  35.66 
 
 		 924 aa  543  1e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  46.1 
 
 		 904 aa  545  1e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>