More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4857 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  728    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  728    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  41.71 
 
 		 928 aa  700    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1542  DNA polymerase I  39.88 
 
 		 940 aa  644    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001917  DNA polymerase I  39.84 
 
 		 928 aa  678    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000349897  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  56.82 
 
 		 968 aa  1135    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  41.32 
 
 		 928 aa  719    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  59.61 
 
 		 1043 aa  1149    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  54.08 
 
 		 937 aa  1053    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  40.84 
 
 		 936 aa  677    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  40.51 
 
 		 923 aa  687    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  61.57 
 
 		 979 aa  1235    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  63.36 
 
 		 1000 aa  1258    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  53.59 
 
 		 1060 aa  1069    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  41.81 
 
 		 928 aa  701    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  726    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  728    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  41.71 
 
 		 928 aa  700    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  47.02 
 
 		 941 aa  847    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  40.36 
 
 		 922 aa  652    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  78 
 
 		 1020 aa  1554    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  42.99 
 
 		 941 aa  709    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  39.5 
 
 		 934 aa  678    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  55.08 
 
 		 1047 aa  1077    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  78.71 
 
 		 1010 aa  1591    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  40.22 
 
 		 941 aa  645    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  54.79 
 
 		 1047 aa  1075    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  60.04 
 
 		 999 aa  1181    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  60.72 
 
 		 992 aa  1223    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  54.08 
 
 		 937 aa  1053    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  60.41 
 
 		 1013 aa  1165    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  62.16 
 
 		 976 aa  1245    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  40.41 
 
 		 931 aa  670    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  61.67 
 
 		 978 aa  1237    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  43.56 
 
 		 939 aa  702    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  41.84 
 
 		 942 aa  687    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  39.74 
 
 		 939 aa  707    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03934  DNA polymerase I  41.53 
 
 		 933 aa  694    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540261  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  56.73 
 
 		 940 aa  670    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  53.71 
 
 		 1016 aa  1052    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  41.27 
 
 		 932 aa  699    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  728    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  55.37 
 
 		 937 aa  1065    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  55.91 
 
 		 932 aa  683    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  42.33 
 
 		 943 aa  700    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  82.25 
 
 		 1032 aa  1652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  49.36 
 
 		 945 aa  875    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  728    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0080  DNA polymerase I  37.19 
 
 		 944 aa  643    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.432939  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  39.84 
 
 		 957 aa  646    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  100 
 
 		 1021 aa  2082    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  39.68 
 
 		 910 aa  648    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  40.55 
 
 		 944 aa  662    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  60.35 
 
 		 1004 aa  1206    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  54.89 
 
 		 1047 aa  1076    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  82.34 
 
 		 1033 aa  1689    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  41.27 
 
 		 928 aa  707    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  78.46 
 
 		 1014 aa  1574    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  39.08 
 
 		 988 aa  647    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  40.38 
 
 		 930 aa  715    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  41.27 
 
 		 932 aa  699    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  728    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  54.93 
 
 		 935 aa  683    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  49.5 
 
 		 937 aa  858    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4423  DNA polymerase I  59.33 
 
 		 1016 aa  1176    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  62.54 
 
 		 978 aa  1262    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  40.02 
 
 		 916 aa  694    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  40.36 
 
 		 922 aa  654    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  38.96 
 
 		 951 aa  712    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  41.27 
 
 		 932 aa  699    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  41.41 
 
 		 928 aa  700    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  60.94 
 
 		 979 aa  1200    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  41.19 
 
 		 929 aa  715    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  56.7 
 
 		 973 aa  1075    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  54.86 
 
 		 928 aa  709    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  40.24 
 
 		 930 aa  684    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  54.06 
 
 		 1024 aa  1064    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  39.63 
 
 		 936 aa  644    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  41.41 
 
 		 934 aa  712    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  40.59 
 
 		 940 aa  674    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  40.94 
 
 		 947 aa  662    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  80.83 
 
 		 1025 aa  1620    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  41.04 
 
 		 924 aa  686    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  42.7 
 
 		 928 aa  728    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 928 aa  728    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  41.71 
 
 		 928 aa  700    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  41.27 
 
 		 931 aa  706    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0390  DNA polymerase I  40.64 
 
 		 923 aa  634  1e-180  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  53.6 
 
 		 929 aa  632  1e-179  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0448  DNA polymerase I  40.64 
 
 		 923 aa  627  1e-178  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  36.51 
 
 		 939 aa  617  1e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2846  DNA polymerase I  52.3 
 
 		 943 aa  614  9.999999999999999e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  35.96 
 
 		 1022 aa  614  9.999999999999999e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  36.56 
 
 		 963 aa  610  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  36.37 
 
 		 932 aa  603  1.0000000000000001e-171  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0543  DNA polymerase I  34.35 
 
 		 1024 aa  600  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.72991  normal  0.283494 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  52.99 
 
 		 915 aa  601  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  35.56 
 
 		 949 aa  598  1e-169  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  36.64 
 
 		 956 aa  599  1e-169  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  36.68 
 
 		 944 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>