197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1204 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_1176  phage-related DNA polymerase  51.99 
 
 		 726 aa  696    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0140258  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1206  DNA-directed DNA polymerase  52.41 
 
 		 726 aa  705    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1826  DNA-directed DNA polymerase  52.41 
 
 		 726 aa  705    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1204  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 693 aa  1435    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3411  DNA-directed DNA polymerase  44.74 
 
 		 704 aa  557  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0320259  hitchhiker  0.00284905 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1482  phage-related DNA polymerase  52.64 
 
 		 567 aa  544  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1407  DNA-directed DNA polymerase  55.96 
 
 		 377 aa  363  5.0000000000000005e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0424  phage-related DNA polymerase  50 
 
 		 422 aa  356  8.999999999999999e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3062  DNA-directed DNA polymerase  33.06 
 
 		 652 aa  352  2e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1191  DNA-directed DNA polymerase  33 
 
 		 650 aa  348  2e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0554061  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1473  DNA polymerase I  31.44 
 
 		 644 aa  325  2e-87  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1039  DNA-directed DNA polymerase  31.94 
 
 		 653 aa  314  2.9999999999999996e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.74176  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1058  DNA-directed DNA polymerase  31.94 
 
 		 653 aa  314  2.9999999999999996e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0074  family A DNA-dependent DNA polymerase  31.42 
 
 		 646 aa  308  3e-82  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1234  DNA-directed DNA polymerase  30.9 
 
 		 644 aa  306  6e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000117572  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2856  DNA-directed DNA polymerase  30.13 
 
 		 647 aa  297  4e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100854  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1100  family A DNA-dependent DNA polymerase  29.93 
 
 		 662 aa  293  1e-77  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0506694  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0377  DNA polymerase I  29.7 
 
 		 644 aa  291  3e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.052117  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0371  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 154 aa  150  8e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00793  phage-related DNA polymerase  24.88 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00479153  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2550  DNA polymerase I  30.12 
 
 		 897 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1310  DNA polymerase I  30.12 
 
 		 897 aa  63.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0646718  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2646  DNA polymerase I  30.12 
 
 		 897 aa  62.4  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3769  DNA polymerase I  30.77 
 
 		 908 aa  59.3  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 937 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 915 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  36.67 
 
 		 937 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6788  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 913 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0147599  hitchhiker  0.00000170009 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3590  DNA polymerase I  35.56 
 
 		 936 aa  58.5  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120816 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2834  DNA polymerase I  35.71 
 
 		 913 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  30.07 
 
 		 922 aa  57.4  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3166  DNA-directed DNA polymerase  38.37 
 
 		 582 aa  57  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1475  DNA polymerase I  27.96 
 
 		 893 aa  55.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2966  DNA-directed DNA polymerase  29.3 
 
 		 901 aa  56.2  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1542  DNA polymerase I  32.41 
 
 		 940 aa  56.2  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5532  DNA polymerase I  27.54 
 
 		 888 aa  56.2  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1059  DNA polymerase I  26.06 
 
 		 921 aa  55.8  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000233773  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1330  DNA polymerase I  27.43 
 
 		 879 aa  55.8  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.17915  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 899 aa  55.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 922 aa  55.8  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 899 aa  55.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 927 aa  55.1  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1969  DNA polymerase I  29.48 
 
 		 908 aa  55.1  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.223022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0971  DNA-directed DNA polymerase  29.81 
 
 		 583 aa  55.1  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0319  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 926 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 923 aa  55.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2404  DNA polymerase I  37.21 
 
 		 845 aa  55.1  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.405127 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1500  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 926 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530484  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 926 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 923 aa  55.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 923 aa  55.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 926 aa  55.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  32.08 
 
 		 903 aa  54.7  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  35.71 
 
 		 926 aa  54.3  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 923 aa  54.3  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 946 aa  53.9  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2445  DNA polymerase I  30.38 
 
 		 917 aa  53.9  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  28.67 
 
 		 947 aa  53.5  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1509  DNA polymerase I  31.46 
 
 		 905 aa  52.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  29.03 
 
 		 929 aa  52.8  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  34.44 
 
 		 908 aa  52.8  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2455  DNA polymerase I  25.12 
 
 		 899 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0573873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  33.02 
 
 		 930 aa  52.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1062  DNA polymerase I  37.21 
 
 		 934 aa  52.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20220  DNA polymerase I  28.49 
 
 		 901 aa  52  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.232173 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 917 aa  52  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3655  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 917 aa  52  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.498636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4493  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 917 aa  52  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3243  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 917 aa  52  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0154529 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3872  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 917 aa  52  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3769  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 917 aa  52  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.662383  hitchhiker  0.00614094 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  33.02 
 
 		 934 aa  52  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  31.13 
 
 		 934 aa  52  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2200  DNA polymerase I  28.9 
 
 		 910 aa  51.6  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.759934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1080  DNA polymerase I  27.17 
 
 		 886 aa  51.6  0.00005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4827  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 917 aa  51.6  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00421235  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1349  DNA-directed DNA polymerase  27.27 
 
 		 682 aa  51.2  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.201208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001917  DNA polymerase I  32.08 
 
 		 928 aa  51.2  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000349897  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  34.52 
 
 		 937 aa  51.2  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  30 
 
 		 918 aa  51.2  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0163  DNA polymerase A  30.19 
 
 		 906 aa  51.2  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14980  DNA polymerase I  35.29 
 
 		 904 aa  51.2  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0168327  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  31.13 
 
 		 912 aa  50.8  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00630  DNA polymerase I  31.13 
 
 		 908 aa  50.8  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1512  DNA polymerase I  36.14 
 
 		 972 aa  50.8  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.43872  normal  0.0397579 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  31.13 
 
 		 926 aa  50.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11120  DNA polymerase I  37.97 
 
 		 937 aa  50.4  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.249586  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2063  DNA polymerase I  28.3 
 
 		 955 aa  50.4  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.045949  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1172  DNA-directed DNA polymerase I  32.14 
 
 		 903 aa  50.1  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.813063  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2445  DNA polymerase I  33.72 
 
 		 1015 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  31.48 
 
 		 941 aa  50.1  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  34.44 
 
 		 942 aa  50.1  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2285  DNA polymerase I  26.67 
 
 		 1273 aa  50.1  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153285  hitchhiker  0.0000116157 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3415  DNA polymerase I  36.14 
 
 		 965 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00208167  normal  0.0804526 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  31.68 
 
 		 922 aa  49.3  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 910 aa  49.7  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  32.41 
 
 		 944 aa  49.7  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25960  DNA polymerase I  28.14 
 
 		 901 aa  49.7  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  31.68 
 
 		 930 aa  49.7  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11645  DNA polymerase I  29.11 
 
 		 904 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.693039 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>