More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1868 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1868  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
474 aa  877    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8343  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.15 
 
 
462 aa  273  6e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.14 
 
 
455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  39.91 
 
 
476 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 
411 aa  93.6  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  25.54 
 
 
371 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  25.54 
 
 
371 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  25.54 
 
 
371 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  25.54 
 
 
371 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  25.54 
 
 
371 aa  87.8  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  25.54 
 
 
371 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  25.54 
 
 
371 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  25.3 
 
 
371 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0212  secretion protein HlyD family protein  35.37 
 
 
536 aa  84.3  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 
453 aa  82  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25.48 
 
 
372 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  25.48 
 
 
372 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  25.24 
 
 
372 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  25.48 
 
 
372 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  25.48 
 
 
372 aa  80.9  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 
445 aa  79.7  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  25.81 
 
 
390 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.8 
 
 
471 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 
416 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  26.1 
 
 
390 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.11 
 
 
388 aa  75.9  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.17 
 
 
410 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 
409 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.21 
 
 
425 aa  74.3  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  24.54 
 
 
405 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  24.94 
 
 
416 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.11 
 
 
430 aa  73.6  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 
416 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  37.95 
 
 
443 aa  73.2  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 
598 aa  72.8  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 
392 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 
414 aa  72.4  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  24.94 
 
 
416 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  33.33 
 
 
366 aa  71.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  23.15 
 
 
370 aa  71.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  23.15 
 
 
370 aa  71.6  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  24.51 
 
 
371 aa  71.2  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  23.15 
 
 
370 aa  71.2  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.78 
 
 
451 aa  69.7  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 
478 aa  69.7  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 
387 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 
390 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 
343 aa  68.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  21.4 
 
 
406 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  24.83 
 
 
449 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  21.4 
 
 
406 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  25.58 
 
 
430 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  31.82 
 
 
361 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.84 
 
 
420 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25.64 
 
 
429 aa  68.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  21.83 
 
 
390 aa  68.2  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21240  multidrug resistance efflux pump  28.96 
 
 
536 aa  68.6  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  26.59 
 
 
417 aa  67.8  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  28.23 
 
 
459 aa  67.4  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2438  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 
586 aa  67  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017106  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  22.84 
 
 
400 aa  67  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 
360 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  30.56 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 
360 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 
360 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 
360 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 
364 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 
361 aa  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  24.48 
 
 
405 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 
549 aa  65.5  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.27 
 
 
390 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 
415 aa  65.1  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 
376 aa  65.1  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.04 
 
 
415 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  24.73 
 
 
397 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  31.61 
 
 
537 aa  65.1  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  26.09 
 
 
391 aa  64.7  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.15 
 
 
399 aa  64.7  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  27.43 
 
 
488 aa  64.7  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 
360 aa  64.3  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  26.77 
 
 
392 aa  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 
394 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.73 
 
 
365 aa  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  26.16 
 
 
385 aa  63.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 
401 aa  63.5  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.72 
 
 
508 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  28.28 
 
 
360 aa  62.8  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 
360 aa  63.2  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 
371 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  21.57 
 
 
419 aa  63.2  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  27.67 
 
 
421 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 
455 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.01 
 
 
453 aa  62.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  23.61 
 
 
384 aa  62.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1450  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 
622 aa  62.8  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.125039  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 
426 aa  62.4  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
458 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4285  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
458 aa  62.4  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>