More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0811 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0811  peptide deformylase  100 
 
 		 162 aa  332  1e-90  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0402  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  81.65 
 
 		 162 aa  277  4e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00108273  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14050  peptide deformylase  66.05 
 
 		 162 aa  217  6e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.455853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2143  peptide deformylase  66.46 
 
 		 164 aa  216  7.999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1520  peptide deformylase  63.58 
 
 		 162 aa  207  4e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.420459  normal  0.0828575 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2158  peptide deformylase  62.96 
 
 		 162 aa  206  9e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1799  peptide deformylase  61.11 
 
 		 162 aa  203  7e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.341074  hitchhiker  0.00908048 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16790  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  59.51 
 
 		 163 aa  192  2e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0288836  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1592  peptide deformylase  59.12 
 
 		 161 aa  187  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0439056  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0295  peptide deformylase  55.62 
 
 		 184 aa  179  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.819909 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27860  peptide deformylase  53.12 
 
 		 166 aa  174  5e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0522307 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2433  peptide deformylase  52.17 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2508  peptide deformylase  48.1 
 
 		 168 aa  161  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0311982 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  52.2 
 
 		 204 aa  159  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000323293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2357  peptide deformylase  48.1 
 
 		 167 aa  156  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.408741  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1279  peptide deformylase  44.94 
 
 		 180 aa  152  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00526616  normal  0.0870351 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1670  peptide deformylase  50.31 
 
 		 197 aa  150  5e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.140138  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3001  peptide deformylase  41.77 
 
 		 181 aa  150  5.9999999999999996e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00230291  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5225  peptide deformylase  44.03 
 
 		 181 aa  145  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.240861  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2574  peptide deformylase  45.28 
 
 		 183 aa  142  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.48366  normal  0.0804397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1868  peptide deformylase  41.77 
 
 		 186 aa  141  4e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.647129  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1367  peptide deformylase  45.57 
 
 		 182 aa  140  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561221  normal  0.0670098 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1861  peptide deformylase  42.77 
 
 		 186 aa  140  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.239464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3098  peptide deformylase  40.76 
 
 		 188 aa  138  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1718  peptide deformylase  43.4 
 
 		 183 aa  137  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0107997  hitchhiker  0.00219347 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2441  peptide deformylase  42.14 
 
 		 181 aa  136  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0409247  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2824  Peptide deformylase  43.04 
 
 		 182 aa  135  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.397492  normal  0.11831 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2568  peptide deformylase  43.4 
 
 		 180 aa  133  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.126543  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  43.53 
 
 		 190 aa  131  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2985  peptide deformylase  43.04 
 
 		 181 aa  129  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26070  peptide deformylase  39.39 
 
 		 192 aa  128  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5192  peptide deformylase  42.07 
 
 		 213 aa  127  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0341702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0569  peptide deformylase  43.5 
 
 		 197 aa  126  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0559  peptide deformylase  43.5 
 
 		 197 aa  126  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.489462 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0581  peptide deformylase  43.5 
 
 		 197 aa  126  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28634  hitchhiker  0.00744017 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10790  peptide deformylase  44.97 
 
 		 191 aa  125  3e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00525841  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0732  peptide deformylase  40.68 
 
 		 197 aa  125  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635565  normal  0.587652 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0583  peptide deformylase  45.06 
 
 		 178 aa  124  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10434  peptide deformylase  41.24 
 
 		 197 aa  124  6e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0367345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0014  peptide deformylase  42.42 
 
 		 230 aa  123  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2660  peptide deformylase  37.25 
 
 		 230 aa  123  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.729564  normal  0.0430884 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7321  Peptide deformylase  41.14 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09360  peptide deformylase  43.71 
 
 		 188 aa  121  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34550  peptide deformylase  40.59 
 
 		 183 aa  120  9e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0175  peptide deformylase  40.11 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.94792 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0427  peptide deformylase  39.41 
 
 		 195 aa  118  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.62292  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3853  peptide deformylase  39.33 
 
 		 150 aa  117  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1468  peptide deformylase  38.85 
 
 		 164 aa  117  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0116921  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5928  Peptide deformylase  38.71 
 
 		 159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.375256  normal  0.0170344 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1591  peptide deformylase  37.93 
 
 		 172 aa  114  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0687  peptide deformylase  38.26 
 
 		 167 aa  114  5e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.132535  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0857  peptide deformylase  38.93 
 
 		 154 aa  114  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0562  peptide deformylase  41.67 
 
 		 185 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_666  peptide deformylase  37.58 
 
 		 167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0240694  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1726  peptide deformylase  37.8 
 
 		 221 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1715  peptide deformylase  39.58 
 
 		 147 aa  112  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5021  peptide deformylase  40.49 
 
 		 225 aa  112  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106509  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0760  peptide deformylase  36.91 
 
 		 167 aa  111  4.0000000000000004e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0435683  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1593  peptide deformylase  41.18 
 
 		 154 aa  111  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  40.82 
 
 		 177 aa  110  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2492  peptide deformylase  41.18 
 
 		 163 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2532  peptide deformylase  38.61 
 
 		 162 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1997  peptide deformylase  39.58 
 
 		 147 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3120  peptide deformylase  42.47 
 
 		 177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0660  peptide deformylase  39.88 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5601  Peptide deformylase  39.13 
 
 		 182 aa  108  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131759  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3731  peptide deformylase  37.5 
 
 		 198 aa  107  6e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.535737  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3881  peptide deformylase  39.19 
 
 		 156 aa  107  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000146602 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3718  peptide deformylase  39.19 
 
 		 156 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.193094  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4005  peptide deformylase  39.19 
 
 		 156 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2519  peptide deformylase  37.58 
 
 		 158 aa  106  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000745148  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0897  peptide deformylase  37.75 
 
 		 155 aa  106  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0279496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  35.85 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1174  peptide deformylase  37.04 
 
 		 162 aa  106  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.234676  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09890  peptide deformylase  39.04 
 
 		 154 aa  106  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  38.85 
 
 		 167 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3910  peptide deformylase  38.51 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3608  peptide deformylase  38.51 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3626  peptide deformylase  38.51 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0022378  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3915  peptide deformylase  38.51 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000407704  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1320  peptide deformylase  39.02 
 
 		 167 aa  105  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.369931  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1440  peptide deformylase  40.43 
 
 		 153 aa  105  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0015  peptide deformylase  40.14 
 
 		 167 aa  105  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2314  peptide deformylase  35.76 
 
 		 164 aa  104  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.566498  hitchhiker  0.000541845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  36.75 
 
 		 178 aa  104  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09550  peptide deformylase  35.12 
 
 		 213 aa  103  8e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.255264  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3690  peptide deformylase  37.84 
 
 		 156 aa  103  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0358  peptide deformylase  36.9 
 
 		 227 aa  103  9e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1277  peptide deformylase  37.84 
 
 		 156 aa  103  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.507985 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  35.37 
 
 		 169 aa  103  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1952  peptide deformylase  37.41 
 
 		 157 aa  103  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  37.74 
 
 		 170 aa  102  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  37.74 
 
 		 170 aa  102  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  37.16 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3966  peptide deformylase  37.84 
 
 		 156 aa  103  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1039  peptide deformylase  34.81 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0514  peptide deformylase  38.1 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.312606  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0818  peptide deformylase  35.54 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  35.93 
 
 		 168 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1062  peptide deformylase  35.62 
 
 		 157 aa  101  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>