More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0112 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0112  transcriptional regulator, AsnC family  100 
 
 		 153 aa  312  9.999999999999999e-85  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1426  transcriptional regulator  67.86 
 
 		 144 aa  207  3e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01030  transcriptional regulator, AsnC family  48.2 
 
 		 152 aa  136  8.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2660  AsnC family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 150 aa  133  8e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0584883  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1813  AsnC family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 182 aa  133  9e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.401161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5843  putative transcriptional regulator, AsnC family  47.86 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.594324 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13320  AsnC family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2333  transcriptional regulator, AsnC family  47.79 
 
 		 143 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.073767  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5321  transcriptional regulator, AsnC family  46.43 
 
 		 149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2259  transcriptional regulator, AsnC family  44.29 
 
 		 149 aa  125  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000534286  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2274  AsnC family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 136 aa  122  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000321724  hitchhiker  0.000620833 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2941  transcriptional regulator, AsnC family  45.71 
 
 		 158 aa  122  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000077861  hitchhiker  0.000100592 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21870  transcriptional regulator, AsnC family  45.83 
 
 		 151 aa  121  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16811  normal  0.0441488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4172  AsnC family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 147 aa  120  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0000168558  normal  0.252141 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14050  transcriptional regulator, AsnC family  46.4 
 
 		 156 aa  120  9.999999999999999e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00148538  normal  0.352313 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3176  transcriptional regulator, AsnC family  41.43 
 
 		 156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000000237369  hitchhiker  0.000000000657439 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1645  AsnC family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 156 aa  115  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13365  normal  0.462855 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1288  AsnC family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 166 aa  114  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.15459  normal  0.240254 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1271  AsnC family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 166 aa  114  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4797  AsnC family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 159 aa  114  6e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.099377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2378  AsnC family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 168 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258345  hitchhiker  0.0022466 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2259  AsnC/Lrp family regulatory protein  42.14 
 
 		 165 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.25142  normal  0.0557918 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2696  transcriptional regulator, AsnC family  44.12 
 
 		 161 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201688  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6708  transcriptional regulator, AsnC family  40.43 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1298  AsnC family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 160 aa  101  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.408697  normal  0.183979 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4567  transcriptional regulator, AsnC family  41.55 
 
 		 167 aa  100  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8068  transcriptional regulator, AsnC family  36.88 
 
 		 156 aa  96.3  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0818  transcriptional regulator, AsnC family  34.75 
 
 		 152 aa  94.7  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4090  AsnC/Lrp family regulatory protein  38.3 
 
 		 152 aa  85.9  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.475727 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4510  AsnC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 152 aa  85.9  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.00650672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4299  helix-turn-helix, Fis-type  35.77 
 
 		 155 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0440878  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1555  regulatory protein AsnC/Lrp family  36.17 
 
 		 156 aa  79.7  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.469049 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4114  Transcription regulator, AsnC-type-like protein  34.04 
 
 		 144 aa  80.1  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1321  AsnC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 153 aa  79.7  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4922  AsnC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.56737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06912  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 171 aa  77  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5348  transcriptional regulator, AsnC family  33.56 
 
 		 156 aa  75.5  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2148  transcriptional regulator, AsnC family  36.62 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6058  transcriptional regulator, AsnC family  34.07 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1476  AsnC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 170 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0190904  normal  0.108555 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5584  transcriptional regulator, AsnC family  32.39 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0172  transcriptional regulator, AsnC family  33.83 
 
 		 172 aa  75.5  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5688  putative transcriptional regulator, AsnC family  31.97 
 
 		 160 aa  75.5  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0161632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1770  AsnC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 156 aa  75.5  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.137786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3993  transcriptional regulator, AsnC family  31.58 
 
 		 155 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3914  AsnC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 170 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4454  AsnC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 170 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05356  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 160 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0634  AsnC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 162 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00290535  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0688  AsnC family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000000313702  unclonable  0.000000226618 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0669  transcriptional regulator, AsnC family  32.61 
 
 		 153 aa  73.6  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.51735  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0159  transcriptional regulator, AsnC family  33.33 
 
 		 153 aa  72.8  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.288383  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04777  transcription regulator protein  33.06 
 
 		 164 aa  72  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05660  transcription regulator protein  33.06 
 
 		 164 aa  72  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0018  transcriptional regulator, AsnC family  34.68 
 
 		 156 aa  72.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.38788  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2275  AsnC/Lrp family regulatory protein  38.68 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.444267  normal  0.0654851 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2396  AsnC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 162 aa  72.4  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.371515  decreased coverage  0.00000671119 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3569  transcriptional regulator, AsnC family  31.65 
 
 		 152 aa  72  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0705  AsnC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 156 aa  72  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2266  AsnC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.400993  normal  0.321257 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3118  AsnC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 161 aa  71.6  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2774  AsnC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.587297 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3210  transcriptional regulator, AsnC family  31.88 
 
 		 161 aa  71.2  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4616  transcriptional regulator, AsnC family  31.91 
 
 		 175 aa  70.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.527388 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0270  transcriptional regulator, AsnC family  30.47 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000296177  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5850  AsnC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 153 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2140  transcriptional regulator, AsnC family  33.06 
 
 		 154 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.526818  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3888  AsnC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 153 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000552  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 151 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4349  AsnC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 153 aa  70.9  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1694  AsnC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 158 aa  70.5  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.43137  normal  0.666184 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3786  transcriptional regulator, AsnC family  33.56 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.173454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4570  putative transcriptional regulator, AsnC family  34.88 
 
 		 151 aa  70.5  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.411943  normal  0.0415278 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3847  AsnC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 164 aa  70.5  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04743  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 160 aa  70.5  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2050  AsnC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 150 aa  70.1  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1179  transcriptional regulator, AsnC family  32.61 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000178537 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0723  proline dehydrogenase transcriptional activator  33.33 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3737  transcriptional regulator, AsnC family  37.96 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.659957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3944  AsnC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.134648  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4324  transcriptional regulator AsnC family  31.29 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0666799  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3495  AsnC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302787 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0789  transcriptional regulator, AsnC family  31.65 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5506  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 155 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63240  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 155 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3008  transcriptional regulator, AsnC family  32.41 
 
 		 158 aa  68.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.213082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1503  AsnC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781241  normal  0.23651 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2213  regulatory proteins, AsnC/Lrp  36.43 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.214008  normal  0.442221 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2738  AsnC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.579335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3966  transcriptional regulator, AsnC family  30.08 
 
 		 155 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1679  AsnC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 154 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0065  AsnC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 157 aa  68.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0019  transcriptional regulator, AsnC family  33.87 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3252  AsnC family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1447  transcriptional regulator, AsnC family  36.8 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190932  normal  0.829418 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0065  AsnC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0481565  normal  0.0654338 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1414  transcriptional regulator, AsnC family  31.71 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3163  AsnC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 150 aa  67.4  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0831  AsnC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 174 aa  67.4  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.161964  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3929  transcriptional regulator, AsnC family  31.71 
 
 		 150 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>