294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1793 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1793  putative CapK protein  100 
 
 		 441 aa  903    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1971  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  30.05 
 
 		 453 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0291  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  32.71 
 
 		 453 aa  210  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.326701  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2519  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 448 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.0166994 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0676  putative CapK protein  29.52 
 
 		 459 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0499803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3269  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  29.64 
 
 		 457 aa  196  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1511  CoA ligase  35.35 
 
 		 437 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.42571  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2411  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  30 
 
 		 451 aa  193  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2035  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.7 
 
 		 454 aa  188  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0135  CoA ligase  28.05 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1040  coenzyme F390 synthetase-like protein  30.93 
 
 		 436 aa  178  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02970  possible capK protein  29.89 
 
 		 435 aa  165  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.240993  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1535  CapK protein, putative  30.99 
 
 		 461 aa  160  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0295  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  29.28 
 
 		 461 aa  149  8e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619099  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5015  putative polysaccharide biosynthesis protein  25.7 
 
 		 446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0614  CapK related-protein  26.98 
 
 		 445 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.973847  normal  0.145617 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1800  putative polysaccharide biosynthesis protein  26.84 
 
 		 448 aa  144  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1955  capK related-protein  27.27 
 
 		 453 aa  143  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1950  capK related-protein  28.12 
 
 		 446 aa  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2454  coenzyme F390 synthetase  29.72 
 
 		 458 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13008  possible CapK protein  25.99 
 
 		 463 aa  137  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0922559  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3882  CapK related-protein  26.81 
 
 		 480 aa  137  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2310  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.04 
 
 		 475 aa  137  4e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0689  CapK related-protein  27.04 
 
 		 426 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0582136  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0836  CapK related-protein  27.32 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2311  capsular polysaccharide biosynthesis protein, putative  26.23 
 
 		 464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2205  Coenzyme F390 synthetase-like protein  26.71 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0449  putative capK protein  27.14 
 
 		 446 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3332  coenzyme F390 synthetase-like  26.03 
 
 		 416 aa  123  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.422547  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1943  hypothetical protein  27.06 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2316  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.47 
 
 		 450 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3567  CapK related-protein  27.43 
 
 		 502 aa  121  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0441  capsular polysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 468 aa  117  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.356155  normal  0.0209256 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1200  hypothetical protein  25.72 
 
 		 448 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0277555  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1652  coenzyme F390 synthetase-like  28.15 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.410876  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2647  coenzyme F390 synthetase-like  25 
 
 		 467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2526  Coenzyme F390 synthetase-like protein  22.92 
 
 		 437 aa  110  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142234 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2299  hypothetical protein  24.93 
 
 		 448 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0387  Coenzyme F390 synthetase-like protein  25.06 
 
 		 466 aa  106  9e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.602394  normal  0.432377 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3795  CapK protein, putative  23.77 
 
 		 475 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.217638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0016  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.33 
 
 		 480 aa  92.8  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110032  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2429  capK domain protein  23.57 
 
 		 476 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00799946  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3212  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.8 
 
 		 460 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3245  hypothetical protein  29.1 
 
 		 445 aa  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2999  coenzyme F390 synthetase  29.75 
 
 		 445 aa  89.7  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0176304  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2936  hypothetical protein  29.1 
 
 		 445 aa  89.4  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3014  hypothetical protein  28.69 
 
 		 445 aa  88.6  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3246  hypothetical protein  28.69 
 
 		 445 aa  88.6  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5790  phenylacetate--CoA ligase  26.12 
 
 		 416 aa  87.4  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2997  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.36 
 
 		 468 aa  86.3  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2955  putative adenylate-forming enzyme  28.28 
 
 		 445 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0260622  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0133  Phenylacetate--CoA ligase  25.58 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0426675  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6630  hypothetical protein  29.15 
 
 		 462 aa  83.6  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.997054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2239  coenzyme F390 synthetase-like  27.45 
 
 		 466 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4394  coenzyme F390 synthetase-like protein  33.53 
 
 		 268 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1075  phenylacetate--CoA ligase  23.21 
 
 		 429 aa  80.5  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03810  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.8 
 
 		 429 aa  79.7  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2007  CapK related-protein  25.98 
 
 		 487 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0662  Coenzyme F390 synthetase-like protein  22.4 
 
 		 425 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2156  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.29 
 
 		 459 aa  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.295514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0582  hypothetical protein  34.11 
 
 		 479 aa  77  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.661178  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1074  coenzyme F390 synthetase-like protein  29.08 
 
 		 461 aa  76.6  0.0000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.733782  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3276  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.36 
 
 		 417 aa  75.9  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0875  Coenzyme F390 synthetase-like protein  27.24 
 
 		 563 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00696  hypothetical protein  21.96 
 
 		 417 aa  75.5  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0374  putative adenylate-forming enzyme  29.09 
 
 		 433 aa  75.5  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4305  CapK domain-containing protein  23.64 
 
 		 481 aa  73.2  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0698086  normal  0.901449 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2010  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.49 
 
 		 455 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.484811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  30.67 
 
 		 432 aa  72.8  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2310  Phenylacetate--CoA ligase  29.08 
 
 		 425 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0042  Phenylacetate--CoA ligase  27.17 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125903 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  23.75 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1814  coenzyme F390 synthetase-like protein  30 
 
 		 457 aa  70.9  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  27.63 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0910  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.85 
 
 		 436 aa  70.1  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3613  coenzyme F390 synthetase  29.27 
 
 		 436 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0420369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  28.12 
 
 		 429 aa  69.7  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2125  phenylacetate-CoA ligase  23.23 
 
 		 427 aa  69.3  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4074  phenylacetate-CoA ligase  28.32 
 
 		 437 aa  69.7  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.073347 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0226  coenzyme F390 synthetase  30.73 
 
 		 454 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  26.09 
 
 		 433 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1703  coenzyme F390 synthetase  22.32 
 
 		 472 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1004  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.89 
 
 		 442 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1469  hypothetical protein  27.27 
 
 		 431 aa  68.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  27.93 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3545  coenzyme F390 synthetase-like  25.35 
 
 		 524 aa  68.2  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1919  hypothetical protein  25.5 
 
 		 493 aa  67.8  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1908  hypothetical protein  25.5 
 
 		 493 aa  67.8  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13410  phenylacetate-CoA ligase  23.86 
 
 		 435 aa  67.8  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  24.26 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  30.97 
 
 		 421 aa  67  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  25.32 
 
 		 429 aa  67  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1877  coenzyme F390 synthetase-like protein  22.67 
 
 		 429 aa  67  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  32.67 
 
 		 409 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  30.97 
 
 		 421 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  24.07 
 
 		 435 aa  65.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  30.07 
 
 		 421 aa  64.3  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4139  adenylate-forming enzyme  27.57 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2278  phenylacetate-CoA ligase  29.45 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.129528  hitchhiker  0.0000241897 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  32 
 
 		 434 aa  64.3  0.000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>