More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2429 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2429  capK domain protein  100 
 
 		 476 aa  998    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00799946  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4305  CapK domain-containing protein  47.8 
 
 		 481 aa  385  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0698086  normal  0.901449 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3269  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  25.92 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0135  CoA ligase  25.39 
 
 		 450 aa  121  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0689  CapK related-protein  26.48 
 
 		 426 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0582136  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1971  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  24.72 
 
 		 453 aa  120  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0836  CapK related-protein  26.59 
 
 		 469 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0291  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  25.23 
 
 		 453 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.326701  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2519  AMP-dependent synthetase and ligase  24.72 
 
 		 448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.0166994 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1535  CapK protein, putative  25.81 
 
 		 461 aa  103  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1511  CoA ligase  25.24 
 
 		 437 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.42571  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2311  capsular polysaccharide biosynthesis protein, putative  24.19 
 
 		 464 aa  102  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2411  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  25.23 
 
 		 451 aa  99  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3882  CapK related-protein  23.95 
 
 		 480 aa  99  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2205  Coenzyme F390 synthetase-like protein  25.92 
 
 		 439 aa  97.4  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5015  putative polysaccharide biosynthesis protein  24.07 
 
 		 446 aa  95.1  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2035  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.68 
 
 		 454 aa  94.4  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2316  coenzyme F390 synthetase-like protein  23.56 
 
 		 450 aa  94.4  4e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13008  possible CapK protein  26.64 
 
 		 463 aa  94.4  4e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0922559  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2310  coenzyme F390 synthetase-like protein  22.88 
 
 		 475 aa  93.6  7e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2454  coenzyme F390 synthetase  24.71 
 
 		 458 aa  92  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0449  putative capK protein  25.12 
 
 		 446 aa  92  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1793  putative CapK protein  23.57 
 
 		 441 aa  92  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1074  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.06 
 
 		 461 aa  92  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.733782  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0016  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.58 
 
 		 480 aa  91.7  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  29.36 
 
 		 432 aa  90.9  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2526  Coenzyme F390 synthetase-like protein  22.09 
 
 		 437 aa  89  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142234 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1040  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.17 
 
 		 436 aa  87.4  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1139  Phenylacetate--CoA ligase  26.8 
 
 		 435 aa  87.4  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000376262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1578  Phenylacetate--CoA ligase  26.75 
 
 		 436 aa  87  7e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.198004 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0676  putative CapK protein  23.84 
 
 		 459 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0499803  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  25.98 
 
 		 442 aa  85.5  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  24.34 
 
 		 445 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02970  possible capK protein  27.76 
 
 		 435 aa  84.3  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.240993  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06240  phenylacetate-CoA ligase  25.45 
 
 		 436 aa  84  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.57467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  25.33 
 
 		 434 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  25.59 
 
 		 439 aa  82.8  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13410  phenylacetate-CoA ligase  27.13 
 
 		 435 aa  82.8  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  24.95 
 
 		 458 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1955  capK related-protein  24.76 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  26.32 
 
 		 448 aa  80.9  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2884  phenylacetate--CoA ligase  27.25 
 
 		 434 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00316572  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1950  capK related-protein  23.96 
 
 		 446 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  25.46 
 
 		 432 aa  80.1  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  25.98 
 
 		 443 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1132  Phenylacetate--CoA ligase  26.67 
 
 		 418 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  25.81 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2792  phenylacetate--CoA ligase  26.41 
 
 		 440 aa  79  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  26.09 
 
 		 439 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  26.24 
 
 		 433 aa  79  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3332  coenzyme F390 synthetase-like  23.69 
 
 		 416 aa  79  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.422547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1968  phenylacetate-CoA ligase  24.66 
 
 		 433 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1507  Phenylacetate--CoA ligase  24.69 
 
 		 433 aa  78.2  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  26.1 
 
 		 444 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  24.72 
 
 		 445 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3165  phenylacetate-CoA ligase  25.68 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0404023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0073  Phenylacetate--CoA ligase  24.8 
 
 		 433 aa  77.8  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0075  Phenylacetate--CoA ligase  25.33 
 
 		 433 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  24.18 
 
 		 447 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  24.77 
 
 		 440 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3212  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.82 
 
 		 460 aa  77  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1943  hypothetical protein  24.55 
 
 		 460 aa  77  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0797  Phenylacetate--CoA ligase  24.83 
 
 		 433 aa  77  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  26.3 
 
 		 434 aa  77  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  25.23 
 
 		 440 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0042  Phenylacetate--CoA ligase  24.04 
 
 		 432 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125903 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  25.6 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0409  Phenylacetate--CoA ligase  26.76 
 
 		 447 aa  76.3  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0103532 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  26.33 
 
 		 434 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0133  Phenylacetate--CoA ligase  27.62 
 
 		 436 aa  76.6  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0426675  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  25.84 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0066  phenylacetate--CoA ligase  26.14 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.922632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  26.38 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  26.78 
 
 		 444 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  25.23 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  25.23 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  25.23 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  25.33 
 
 		 431 aa  75.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2897  Phenylacetate--CoA ligase  25 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  26.28 
 
 		 434 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  25.19 
 
 		 433 aa  74.3  0.000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1798  Phenylacetate--CoA ligase  24.77 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2299  hypothetical protein  22.83 
 
 		 448 aa  74.3  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  25.36 
 
 		 434 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4074  phenylacetate-CoA ligase  26.76 
 
 		 437 aa  74.3  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.073347 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0374  putative adenylate-forming enzyme  28.4 
 
 		 433 aa  73.9  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1509  phenylacetate-CoA ligase  24.21 
 
 		 441 aa  73.9  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.047551  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1756  phenylacetate--CoA ligase  28.28 
 
 		 432 aa  73.9  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  27.3 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  24.77 
 
 		 440 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  24.74 
 
 		 434 aa  73.2  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1703  coenzyme F390 synthetase  23.4 
 
 		 472 aa  73.2  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3490  phenylacetate-CoA ligase  25.68 
 
 		 434 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352435  hitchhiker  0.000125806 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  26.91 
 
 		 433 aa  73.2  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0295  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  26.01 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  23.47 
 
 		 433 aa  72.8  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1200  hypothetical protein  23.83 
 
 		 448 aa  72.8  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0277555  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  26.32 
 
 		 429 aa  73.2  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0861  phenylacetate-CoA ligase  26.35 
 
 		 432 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354506  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0441  capsular polysaccharide biosynthesis protein  25.36 
 
 		 468 aa  72.8  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.356155  normal  0.0209256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>