More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0676 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0676  putative CapK protein  100 
 
 		 459 aa  946    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0499803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3269  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  62.92 
 
 		 457 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2411  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  60.58 
 
 		 451 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1971  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  59.47 
 
 		 453 aa  551  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0291  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  59.23 
 
 		 453 aa  524  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.326701  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0135  CoA ligase  49.89 
 
 		 450 aa  424  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2519  AMP-dependent synthetase and ligase  46.43 
 
 		 448 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.0166994 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0295  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  41.22 
 
 		 461 aa  302  1e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2035  coenzyme F390 synthetase-like protein  30.85 
 
 		 454 aa  246  9e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1511  CoA ligase  33.71 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.42571  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2311  capsular polysaccharide biosynthesis protein, putative  30.91 
 
 		 464 aa  224  2e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1955  capK related-protein  32.28 
 
 		 453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1793  putative CapK protein  29.98 
 
 		 441 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2310  coenzyme F390 synthetase-like protein  31.18 
 
 		 475 aa  211  2e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3882  CapK related-protein  28.92 
 
 		 480 aa  204  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2316  coenzyme F390 synthetase-like protein  29.65 
 
 		 450 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0836  CapK related-protein  30.42 
 
 		 469 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0689  CapK related-protein  29.41 
 
 		 426 aa  192  2e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0582136  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2454  coenzyme F390 synthetase  29.77 
 
 		 458 aa  189  8e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5015  putative polysaccharide biosynthesis protein  23.95 
 
 		 446 aa  188  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0614  CapK related-protein  29.52 
 
 		 445 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.973847  normal  0.145617 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1950  capK related-protein  29.36 
 
 		 446 aa  177  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1040  coenzyme F390 synthetase-like protein  30.03 
 
 		 436 aa  171  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3795  CapK protein, putative  27.83 
 
 		 475 aa  171  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.217638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2205  Coenzyme F390 synthetase-like protein  27.05 
 
 		 439 aa  170  6e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2526  Coenzyme F390 synthetase-like protein  25.6 
 
 		 437 aa  166  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142234 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1535  CapK protein, putative  28.26 
 
 		 461 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1800  putative polysaccharide biosynthesis protein  27 
 
 		 448 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3567  CapK related-protein  28.5 
 
 		 502 aa  157  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1200  hypothetical protein  26.19 
 
 		 448 aa  146  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0277555  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0441  capsular polysaccharide biosynthesis protein  25.68 
 
 		 468 aa  144  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.356155  normal  0.0209256 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02970  possible capK protein  26.07 
 
 		 435 aa  142  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.240993  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0387  Coenzyme F390 synthetase-like protein  26.1 
 
 		 466 aa  141  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.602394  normal  0.432377 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2647  coenzyme F390 synthetase-like  25.67 
 
 		 467 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13008  possible CapK protein  21.63 
 
 		 463 aa  137  6.0000000000000005e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0922559  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0449  putative capK protein  25.18 
 
 		 446 aa  133  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2299  hypothetical protein  24.14 
 
 		 448 aa  133  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3332  coenzyme F390 synthetase-like  25.12 
 
 		 416 aa  123  9e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.422547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  29.5 
 
 		 438 aa  122  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0582  hypothetical protein  24.72 
 
 		 479 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.661178  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2007  CapK related-protein  23.16 
 
 		 487 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  27.36 
 
 		 432 aa  117  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  26.29 
 
 		 433 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  27.86 
 
 		 436 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  28.53 
 
 		 435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4201  coenzyme F390 synthetase-like  26.86 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.282456  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  26.85 
 
 		 435 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  25.49 
 
 		 433 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  27.61 
 
 		 443 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  26.92 
 
 		 435 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1943  hypothetical protein  23.11 
 
 		 460 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  27.73 
 
 		 433 aa  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  27.73 
 
 		 433 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  28.21 
 
 		 418 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2278  phenylacetate-CoA ligase  27 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.129528  hitchhiker  0.0000241897 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  26.65 
 
 		 433 aa  107  6e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  27.73 
 
 		 442 aa  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0042  Phenylacetate--CoA ligase  25.61 
 
 		 432 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125903 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4305  CapK domain-containing protein  24.55 
 
 		 481 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0698086  normal  0.901449 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1075  phenylacetate--CoA ligase  23.67 
 
 		 429 aa  105  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1798  Phenylacetate--CoA ligase  25.38 
 
 		 427 aa  104  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1074  coenzyme F390 synthetase-like protein  29.66 
 
 		 461 aa  104  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.733782  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2010  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.22 
 
 		 455 aa  104  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.484811  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  27.54 
 
 		 433 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1000  Phenylacetate--CoA ligase  27.44 
 
 		 428 aa  103  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.354493  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  25.89 
 
 		 433 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  27.25 
 
 		 433 aa  103  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  27.3 
 
 		 433 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  25.31 
 
 		 432 aa  102  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  27.06 
 
 		 435 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  26.51 
 
 		 431 aa  102  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  23.53 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  24.41 
 
 		 433 aa  102  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  24.02 
 
 		 434 aa  101  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  25.3 
 
 		 433 aa  102  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0016  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.29 
 
 		 480 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  24.65 
 
 		 435 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  25.88 
 
 		 434 aa  101  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03810  coenzyme F390 synthetase-like protein  22.09 
 
 		 429 aa  100  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2133  phenylacetate--CoA ligase  25.88 
 
 		 434 aa  100  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00349267  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1652  coenzyme F390 synthetase-like  25.86 
 
 		 361 aa  100  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.410876  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  24.19 
 
 		 434 aa  100  8e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  27.11 
 
 		 433 aa  99.8  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  25.88 
 
 		 434 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  34.17 
 
 		 421 aa  99.4  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.58 
 
 		 421 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  24.33 
 
 		 434 aa  97.8  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  27.53 
 
 		 421 aa  97.4  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3212  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.02 
 
 		 460 aa  97.1  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  26.05 
 
 		 434 aa  97.1  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  40 
 
 		 421 aa  96.3  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.18 
 
 		 421 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  24.19 
 
 		 433 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  33.17 
 
 		 421 aa  95.9  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2429  capK domain protein  23.79 
 
 		 476 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00799946  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1165  phenylacetate--CoA ligase  25.53 
 
 		 433 aa  95.5  2e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00696  hypothetical protein  25.73 
 
 		 417 aa  95.5  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0933  phenylacetate-CoA ligase  24.69 
 
 		 428 aa  95.1  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  24.55 
 
 		 434 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2156  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.32 
 
 		 459 aa  94.4  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.295514  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>