More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0295 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0295  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  100 
 
 		 461 aa  912    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3269  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  43.41 
 
 		 457 aa  331  2e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2411  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  40.09 
 
 		 451 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0676  putative CapK protein  39.82 
 
 		 459 aa  311  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0499803  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1971  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  38.98 
 
 		 453 aa  300  4e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0291  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  39.91 
 
 		 453 aa  278  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.326701  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2519  AMP-dependent synthetase and ligase  40.98 
 
 		 448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.0166994 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0135  CoA ligase  37.39 
 
 		 450 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1511  CoA ligase  36.83 
 
 		 437 aa  241  2.9999999999999997e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.42571  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1955  capK related-protein  32.02 
 
 		 453 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0836  CapK related-protein  31.87 
 
 		 469 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2035  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.09 
 
 		 454 aa  179  8e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0614  CapK related-protein  33.41 
 
 		 445 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.973847  normal  0.145617 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2311  capsular polysaccharide biosynthesis protein, putative  27.93 
 
 		 464 aa  173  6.999999999999999e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2310  coenzyme F390 synthetase-like protein  29.46 
 
 		 475 aa  168  2e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5015  putative polysaccharide biosynthesis protein  26.54 
 
 		 446 aa  167  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3882  CapK related-protein  29.95 
 
 		 480 aa  166  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0689  CapK related-protein  29.2 
 
 		 426 aa  163  7e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0582136  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3567  CapK related-protein  31.66 
 
 		 502 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1793  putative CapK protein  29.28 
 
 		 441 aa  157  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1800  putative polysaccharide biosynthesis protein  28.54 
 
 		 448 aa  157  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2647  coenzyme F390 synthetase-like  29.75 
 
 		 467 aa  157  4e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2205  Coenzyme F390 synthetase-like protein  28.6 
 
 		 439 aa  154  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1040  coenzyme F390 synthetase-like protein  23.82 
 
 		 436 aa  146  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2316  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.95 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13008  possible CapK protein  22.27 
 
 		 463 aa  136  6.0000000000000005e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0922559  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1950  capK related-protein  28.83 
 
 		 446 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0449  putative capK protein  27.8 
 
 		 446 aa  133  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1535  CapK protein, putative  29.83 
 
 		 461 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2454  coenzyme F390 synthetase  27.25 
 
 		 458 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2526  Coenzyme F390 synthetase-like protein  23.87 
 
 		 437 aa  130  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142234 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3332  coenzyme F390 synthetase-like  27.78 
 
 		 416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.422547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3795  CapK protein, putative  26.62 
 
 		 475 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.217638  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02970  possible capK protein  26.65 
 
 		 435 aa  118  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.240993  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0387  Coenzyme F390 synthetase-like protein  25.23 
 
 		 466 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.602394  normal  0.432377 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0472  putative capK protein  20.37 
 
 		 459 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000021402  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2299  hypothetical protein  24.89 
 
 		 448 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1200  hypothetical protein  26.08 
 
 		 448 aa  100  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0277555  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1943  hypothetical protein  25.5 
 
 		 460 aa  97.4  5e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0441  capsular polysaccharide biosynthesis protein  24.86 
 
 		 468 aa  96.7  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.356155  normal  0.0209256 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1652  coenzyme F390 synthetase-like  26.65 
 
 		 361 aa  91.7  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.410876  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0582  hypothetical protein  25.86 
 
 		 479 aa  91.3  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.661178  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2007  CapK related-protein  23.72 
 
 		 487 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4201  coenzyme F390 synthetase-like  28.7 
 
 		 457 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.282456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0933  phenylacetate-CoA ligase  26.8 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0875  Coenzyme F390 synthetase-like protein  21.19 
 
 		 563 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1703  coenzyme F390 synthetase  23.76 
 
 		 472 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  27.95 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  28.79 
 
 		 432 aa  79.7  0.00000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00696  hypothetical protein  22.83 
 
 		 417 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1798  Phenylacetate--CoA ligase  25.68 
 
 		 427 aa  79.7  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  24.5 
 
 		 438 aa  79  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  28.1 
 
 		 445 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0409  Phenylacetate--CoA ligase  27.45 
 
 		 447 aa  76.3  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0103532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2429  capK domain protein  24.06 
 
 		 476 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00799946  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6630  hypothetical protein  27.11 
 
 		 462 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.997054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0901  phenylacetate-CoA ligase  29.5 
 
 		 445 aa  75.1  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  26.2 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0016  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.95 
 
 		 480 aa  73.6  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2408  Phenylacetate--CoA ligase  30.27 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0464701 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3406  coenzyme F390 synthetase-like protein  29.89 
 
 		 478 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.684455  normal  0.102946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  28.5 
 
 		 458 aa  72.8  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08400  coenzyme F390 synthetase  26.25 
 
 		 447 aa  72  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0324519  normal  0.311069 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1074  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.24 
 
 		 461 aa  71.6  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.733782  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3613  coenzyme F390 synthetase  27.68 
 
 		 436 aa  70.9  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0420369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  25.62 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3367  phenylacetate-CoA ligase  26.87 
 
 		 443 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322757  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  33.76 
 
 		 440 aa  70.9  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5526  phenylacetate-CoA ligase  26.4 
 
 		 449 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0759485  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0169  phenylacetate--CoA ligase  26.03 
 
 		 433 aa  69.7  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1908  phenylacetate-CoA ligase  25.75 
 
 		 446 aa  69.3  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.26463  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2409  phenylacetate-CoA ligase  27.35 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  26.48 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3366  phenylacetate-CoA ligase  25.77 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  28.78 
 
 		 432 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  23.01 
 
 		 433 aa  67  0.0000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  23.98 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1721  Phenylacetate--CoA ligase  26.96 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  24.38 
 
 		 439 aa  66.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  25.56 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4415  coenzyme F390 synthetase-like protein  30.8 
 
 		 480 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.992937  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1615  Coenzyme F390 synthetase-like protein  28.17 
 
 		 461 aa  66.6  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3212  coenzyme F390 synthetase-like protein  34.54 
 
 		 460 aa  65.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  29.23 
 
 		 416 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  27.42 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4074  phenylacetate-CoA ligase  31.78 
 
 		 437 aa  65.1  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.073347 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0910  coenzyme F390 synthetase-like protein  23.21 
 
 		 436 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3110  adenylate-forming enzyme  25.31 
 
 		 430 aa  64.7  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00628752  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  25.86 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  25.11 
 
 		 432 aa  63.5  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1814  coenzyme F390 synthetase-like protein  22.57 
 
 		 457 aa  63.5  0.000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  25.61 
 
 		 441 aa  63.5  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  22.88 
 
 		 448 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0986  phenylacetate-CoA ligase  24.62 
 
 		 435 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0539  phenylacetate--CoA ligase  26.4 
 
 		 477 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.757808  decreased coverage  0.00138843 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0227  phenylacetate-CoA ligase  24.15 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  35.21 
 
 		 397 aa  62.8  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2051  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  23.83 
 
 		 433 aa  62  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433372  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  24.78 
 
 		 443 aa  62  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1303  Phenylacetate--CoA ligase  28.27 
 
 		 437 aa  61.6  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>