More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0294 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  89.27 
 
 		 410 aa  728    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 410 aa  813    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  71.25 
 
 		 407 aa  561  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  53.64 
 
 		 415 aa  428  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  53.64 
 
 		 415 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  53.51 
 
 		 416 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  51.95 
 
 		 409 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  55.66 
 
 		 413 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  52.64 
 
 		 418 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  55.16 
 
 		 420 aa  408  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  53.4 
 
 		 425 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  54.77 
 
 		 416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.24 
 
 		 416 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  52.66 
 
 		 415 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  50.12 
 
 		 422 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.1 
 
 		 425 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  50 
 
 		 408 aa  393  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  53.47 
 
 		 405 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  50.25 
 
 		 440 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  52.18 
 
 		 418 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  50.5 
 
 		 416 aa  388  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  50.74 
 
 		 404 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  51.23 
 
 		 410 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  55.42 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  50.74 
 
 		 404 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  49.39 
 
 		 416 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  52.35 
 
 		 409 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  49.01 
 
 		 405 aa  366  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  49.14 
 
 		 413 aa  363  4e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  51.47 
 
 		 406 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  48.18 
 
 		 420 aa  356  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  48.27 
 
 		 400 aa  339  4e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  45.41 
 
 		 400 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  42.59 
 
 		 397 aa  287  2e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.01 
 
 		 421 aa  277  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.29 
 
 		 421 aa  272  6e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.29 
 
 		 421 aa  272  8.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.56 
 
 		 421 aa  271  1e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.05 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.08 
 
 		 421 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.89 
 
 		 418 aa  259  7e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.53 
 
 		 406 aa  249  9e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  33.01 
 
 		 429 aa  237  2e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  33.97 
 
 		 429 aa  236  7e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  36.39 
 
 		 406 aa  231  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  36.59 
 
 		 407 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  33.65 
 
 		 429 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  28.85 
 
 		 428 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  30.3 
 
 		 434 aa  163  6e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  31.46 
 
 		 432 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  32.32 
 
 		 432 aa  157  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  30.05 
 
 		 429 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  30.11 
 
 		 433 aa  156  6e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  31.99 
 
 		 428 aa  155  9e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  31.46 
 
 		 430 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  30.24 
 
 		 434 aa  155  1e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  31.06 
 
 		 434 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  30.62 
 
 		 432 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  31.62 
 
 		 436 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  28.74 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  29.23 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  28.92 
 
 		 429 aa  152  1e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  29.86 
 
 		 434 aa  150  3e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  31.59 
 
 		 444 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  28.85 
 
 		 439 aa  149  9e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  30.69 
 
 		 433 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  29.86 
 
 		 445 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  32.23 
 
 		 436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  29.34 
 
 		 439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  31.93 
 
 		 438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  30.56 
 
 		 445 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0939  Phenylacetate--CoA ligase  30.61 
 
 		 432 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  28.09 
 
 		 430 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  29.59 
 
 		 439 aa  145  9e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  28.11 
 
 		 433 aa  144  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  31.15 
 
 		 449 aa  143  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  30.42 
 
 		 433 aa  143  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  30.48 
 
 		 444 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  30.16 
 
 		 433 aa  142  8e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  29.21 
 
 		 433 aa  142  9e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0637  phenylacetate--CoA ligase  28.19 
 
 		 414 aa  142  9e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  31.2 
 
 		 434 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  30.67 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  29.63 
 
 		 447 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  30.21 
 
 		 436 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  31.18 
 
 		 446 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27480  phenylacetate-CoA ligase  31.99 
 
 		 412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  30.73 
 
 		 435 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  28.13 
 
 		 433 aa  140  6e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  32.42 
 
 		 437 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  30.39 
 
 		 444 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2189  phenylacetate-CoA ligase  35.42 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0357047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  32.87 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  30.75 
 
 		 458 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0041  phenylacetate--CoA ligase  32.53 
 
 		 446 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2322  Phenylacetate--CoA ligase  30.97 
 
 		 449 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1316  phenylacetate--CoA ligase  28.01 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3367  phenylacetate-CoA ligase  31.32 
 
 		 443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322757  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  29.15 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  28.86 
 
 		 435 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>