More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3504 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 413 aa  835    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  61.96 
 
 		 415 aa  502  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  60.99 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  61 
 
 		 425 aa  487  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  60.71 
 
 		 415 aa  488  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  60.77 
 
 		 415 aa  486  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  58.12 
 
 		 422 aa  482  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  60.39 
 
 		 416 aa  481  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  57.72 
 
 		 418 aa  480  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  64.58 
 
 		 411 aa  471  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  59.12 
 
 		 440 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  58 
 
 		 416 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  59.23 
 
 		 418 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  58.6 
 
 		 409 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  58.47 
 
 		 416 aa  463  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  56.42 
 
 		 413 aa  450  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  58.15 
 
 		 405 aa  446  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  56.04 
 
 		 408 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  53.38 
 
 		 409 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  58.25 
 
 		 407 aa  438  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  56.22 
 
 		 420 aa  430  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  55.85 
 
 		 405 aa  431  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  54.88 
 
 		 404 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  50.95 
 
 		 416 aa  422  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  54.52 
 
 		 410 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  54.52 
 
 		 404 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  51.07 
 
 		 425 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  55.66 
 
 		 410 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  55.18 
 
 		 410 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  56.2 
 
 		 406 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  54.03 
 
 		 400 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  48.54 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  46.31 
 
 		 400 aa  352  5.9999999999999994e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  42.45 
 
 		 397 aa  280  3e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.11 
 
 		 421 aa  260  3e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.75 
 
 		 406 aa  256  3e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.44 
 
 		 421 aa  256  5e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.17 
 
 		 421 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  38.79 
 
 		 407 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.5 
 
 		 421 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.23 
 
 		 421 aa  250  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  38.04 
 
 		 406 aa  249  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.46 
 
 		 418 aa  248  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.61 
 
 		 421 aa  246  4e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  34.36 
 
 		 429 aa  224  2e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  34.3 
 
 		 429 aa  223  6e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  34.36 
 
 		 429 aa  213  7e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  29.46 
 
 		 428 aa  160  5e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  33.51 
 
 		 436 aa  154  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  29.78 
 
 		 434 aa  153  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  31.17 
 
 		 436 aa  151  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  33.06 
 
 		 448 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3626  phenylacetate-CoA ligase  32.98 
 
 		 432 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0611072  normal  0.539384 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  29.58 
 
 		 429 aa  149  8e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  29.79 
 
 		 433 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0511  phenylacetate-CoA ligase  32.98 
 
 		 432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.948349  normal  0.684224 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0469  phenylacetate-CoA ligase  32.72 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.119457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2566  phenylacetate-CoA ligase  32.98 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  32.98 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  30.86 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  28.77 
 
 		 434 aa  146  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  31.15 
 
 		 436 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  32.71 
 
 		 432 aa  147  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0444  phenylacetate-CoA ligase  32.45 
 
 		 432 aa  146  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  34.09 
 
 		 440 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  34.09 
 
 		 440 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  28.4 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  34.09 
 
 		 440 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  34.09 
 
 		 440 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  28.29 
 
 		 439 aa  145  1e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  29.36 
 
 		 444 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  33.52 
 
 		 440 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  27.6 
 
 		 439 aa  145  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  27.76 
 
 		 439 aa  144  4e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  33.52 
 
 		 440 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  28.71 
 
 		 434 aa  143  6e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  29.1 
 
 		 441 aa  142  8e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  31.87 
 
 		 434 aa  142  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  28.82 
 
 		 439 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  31.37 
 
 		 438 aa  142  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  31.4 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  33.52 
 
 		 440 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  29.92 
 
 		 433 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  29.02 
 
 		 429 aa  141  3e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0656  phenylacetate-CoA ligase  32.78 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  29.92 
 
 		 433 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  29.57 
 
 		 430 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1392  coenzyme F390 synthetase  28.67 
 
 		 413 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000346033  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27480  phenylacetate-CoA ligase  30.47 
 
 		 412 aa  140  4.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  31.16 
 
 		 439 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1360  phenylacetate-CoA ligase  29.62 
 
 		 414 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.292224  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  29.31 
 
 		 439 aa  139  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  28.93 
 
 		 423 aa  139  1e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0986  phenylacetate-CoA ligase  29.68 
 
 		 435 aa  139  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  28.72 
 
 		 433 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3490  phenylacetate-CoA ligase  30.61 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352435  hitchhiker  0.000125806 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  30.03 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0637  phenylacetate--CoA ligase  28.1 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2189  phenylacetate-CoA ligase  31.94 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0357047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  29.13 
 
 		 444 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>