More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0121 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  100 
 
 		 405 aa  827    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  74.88 
 
 		 406 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  71.85 
 
 		 404 aa  594  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  71.85 
 
 		 405 aa  596  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  72.28 
 
 		 410 aa  585  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  72.03 
 
 		 404 aa  584  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  71.46 
 
 		 400 aa  569  1e-161  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  55.85 
 
 		 413 aa  431  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  53.46 
 
 		 418 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  55.34 
 
 		 416 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  53.32 
 
 		 422 aa  410  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  53.04 
 
 		 415 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  51.82 
 
 		 413 aa  411  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  53.62 
 
 		 415 aa  408  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  53.03 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  53.28 
 
 		 415 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  53.14 
 
 		 416 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  52.08 
 
 		 409 aa  403  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  52.7 
 
 		 407 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  52.31 
 
 		 418 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  52.66 
 
 		 425 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  53.07 
 
 		 440 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  52.77 
 
 		 420 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  54.26 
 
 		 411 aa  386  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  48.67 
 
 		 425 aa  387  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  49.75 
 
 		 408 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  50.12 
 
 		 420 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  48.76 
 
 		 416 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  49.88 
 
 		 410 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  49.01 
 
 		 410 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  46.81 
 
 		 409 aa  362  6e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  46.47 
 
 		 416 aa  352  5.9999999999999994e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  43.38 
 
 		 400 aa  309  5.9999999999999995e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  43.01 
 
 		 397 aa  291  1e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.87 
 
 		 421 aa  259  8e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.32 
 
 		 406 aa  257  3e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.22 
 
 		 407 aa  253  6e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.01 
 
 		 421 aa  251  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  37.5 
 
 		 406 aa  250  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.93 
 
 		 421 aa  248  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.05 
 
 		 418 aa  248  2e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.2 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.2 
 
 		 421 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.12 
 
 		 421 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  35.55 
 
 		 429 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  35.53 
 
 		 429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  36.71 
 
 		 429 aa  227  3e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  29.22 
 
 		 433 aa  172  9e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  33.94 
 
 		 434 aa  172  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  31.91 
 
 		 433 aa  169  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  32.99 
 
 		 433 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  31.91 
 
 		 433 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  33.51 
 
 		 436 aa  166  9e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  31.67 
 
 		 430 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  32.63 
 
 		 435 aa  159  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  30.46 
 
 		 433 aa  159  1e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  31.91 
 
 		 433 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  28.81 
 
 		 428 aa  159  1e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  29.51 
 
 		 429 aa  157  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  33.63 
 
 		 438 aa  158  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  30.38 
 
 		 436 aa  157  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  32.11 
 
 		 434 aa  156  6e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3091  phenylacetate--CoA ligase  29.86 
 
 		 437 aa  156  8e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000125462  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  30.35 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  31.29 
 
 		 432 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  30.03 
 
 		 434 aa  155  2e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  29.74 
 
 		 433 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  30.48 
 
 		 429 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  30.09 
 
 		 432 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  31.05 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  29.86 
 
 		 434 aa  153  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  31.75 
 
 		 423 aa  153  5e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  29.62 
 
 		 428 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  29.47 
 
 		 439 aa  153  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  29.98 
 
 		 433 aa  153  7e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  28.95 
 
 		 439 aa  151  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  29.21 
 
 		 439 aa  150  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  30.45 
 
 		 435 aa  150  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  29.25 
 
 		 433 aa  150  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  29.72 
 
 		 441 aa  149  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  30.26 
 
 		 432 aa  149  7e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  29.37 
 
 		 433 aa  149  7e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  29.03 
 
 		 430 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  29.95 
 
 		 433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  30.19 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  29.25 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  29.65 
 
 		 433 aa  147  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  28.9 
 
 		 434 aa  146  6e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  29.79 
 
 		 447 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  31.12 
 
 		 431 aa  146  7.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  30.18 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  30.89 
 
 		 432 aa  145  9e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06240  phenylacetate-CoA ligase  30.37 
 
 		 436 aa  144  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.57467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1165  phenylacetate--CoA ligase  29.61 
 
 		 433 aa  144  2e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  30.63 
 
 		 433 aa  144  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  29.15 
 
 		 432 aa  144  4e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  29.81 
 
 		 433 aa  143  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4074  phenylacetate-CoA ligase  28.99 
 
 		 437 aa  143  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.073347 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0669  phenylacetate-CoA ligase  30 
 
 		 433 aa  143  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73594  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  29.35 
 
 		 435 aa  142  9e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>