More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3441 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 420 aa  842    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  75.18 
 
 		 415 aa  644    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  74.94 
 
 		 415 aa  643    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  75.96 
 
 		 416 aa  626  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  72.42 
 
 		 418 aa  623  1e-177  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  72.08 
 
 		 415 aa  613  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  72.04 
 
 		 418 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  71.84 
 
 		 425 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  70.24 
 
 		 416 aa  597  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  70.26 
 
 		 422 aa  595  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  67.31 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  60.99 
 
 		 413 aa  495  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  59.43 
 
 		 416 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  59.18 
 
 		 409 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  60.53 
 
 		 440 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  57.58 
 
 		 420 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  57.58 
 
 		 413 aa  454  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  55.64 
 
 		 407 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  55.16 
 
 		 410 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  54.92 
 
 		 410 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  51.55 
 
 		 409 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  56.04 
 
 		 405 aa  421  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  57.18 
 
 		 406 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  50.36 
 
 		 408 aa  411  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  49.41 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  52.77 
 
 		 405 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  51.93 
 
 		 410 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  51.81 
 
 		 404 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  49.02 
 
 		 425 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  52.66 
 
 		 404 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  51.55 
 
 		 400 aa  385  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  48.43 
 
 		 416 aa  360  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  43.57 
 
 		 400 aa  340  4e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  43.72 
 
 		 397 aa  295  1e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.62 
 
 		 421 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.6 
 
 		 406 aa  272  8.000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.35 
 
 		 407 aa  269  5e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.89 
 
 		 421 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  40.22 
 
 		 421 aa  266  4e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.36 
 
 		 406 aa  265  8.999999999999999e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.43 
 
 		 418 aa  265  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.14 
 
 		 421 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.96 
 
 		 421 aa  256  6e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.68 
 
 		 421 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  34.97 
 
 		 429 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  35.05 
 
 		 429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  35.05 
 
 		 429 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  29.98 
 
 		 428 aa  167  4e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  34.82 
 
 		 433 aa  161  2e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  36.3 
 
 		 438 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  31.94 
 
 		 440 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  32.18 
 
 		 440 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  32.18 
 
 		 440 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  31.48 
 
 		 440 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  31.94 
 
 		 440 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  31.94 
 
 		 440 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  31.2 
 
 		 430 aa  153  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  31.94 
 
 		 440 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  29.3 
 
 		 432 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  32.9 
 
 		 434 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3165  phenylacetate-CoA ligase  31.69 
 
 		 434 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0404023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2752  phenylacetate-CoA ligase  30.59 
 
 		 434 aa  150  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0185722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  33.88 
 
 		 433 aa  149  6e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2875  phenylacetyl-CoA-ligase protein  32.16 
 
 		 436 aa  149  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0228707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  30.05 
 
 		 429 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  29.22 
 
 		 434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  33.96 
 
 		 433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  32.58 
 
 		 448 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  29.72 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  32.33 
 
 		 439 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  32.06 
 
 		 434 aa  146  6e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3490  phenylacetate-CoA ligase  32.12 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352435  hitchhiker  0.000125806 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  32.57 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3117  phenylacetate-CoA ligase  31.53 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0603128  normal  0.0548798 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  28.94 
 
 		 423 aa  146  8.000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0469  phenylacetate-CoA ligase  31.04 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.119457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  30.65 
 
 		 439 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  31.55 
 
 		 441 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  30.56 
 
 		 439 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  31.61 
 
 		 436 aa  145  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  31.34 
 
 		 444 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  30.52 
 
 		 434 aa  144  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  30.14 
 
 		 436 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1908  phenylacetate-CoA ligase  32.49 
 
 		 446 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.26463  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  31.14 
 
 		 436 aa  144  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3017  phenylacetate-CoA ligase  31.38 
 
 		 434 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3626  phenylacetate-CoA ligase  32.64 
 
 		 432 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0611072  normal  0.539384 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1392  coenzyme F390 synthetase  33.22 
 
 		 413 aa  143  5e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000346033  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2566  phenylacetate-CoA ligase  32.38 
 
 		 432 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0444  phenylacetate-CoA ligase  31.04 
 
 		 432 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  32.38 
 
 		 432 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  30.81 
 
 		 434 aa  143  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  32.12 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  30.23 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0511  phenylacetate-CoA ligase  31.87 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.948349  normal  0.684224 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  31.34 
 
 		 444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  31.76 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  30.41 
 
 		 436 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0440  phenylacetate-CoA ligase  30.34 
 
 		 436 aa  140  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  29.02 
 
 		 429 aa  140  6e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>