More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1837 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  100 
 
 		 425 aa  880    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  70.46 
 
 		 416 aa  607  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  61.02 
 
 		 409 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  57.63 
 
 		 408 aa  498  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  51.07 
 
 		 413 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  50.72 
 
 		 407 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  48.55 
 
 		 410 aa  411  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  51.93 
 
 		 409 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  50.97 
 
 		 440 aa  405  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  47.86 
 
 		 416 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  47.1 
 
 		 410 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  49.52 
 
 		 411 aa  392  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  46.9 
 
 		 415 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  48.34 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  49.25 
 
 		 420 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  46.19 
 
 		 415 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  49.27 
 
 		 413 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  46.19 
 
 		 415 aa  390  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  45.5 
 
 		 425 aa  388  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  48.06 
 
 		 418 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  48.67 
 
 		 405 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  45.75 
 
 		 422 aa  385  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  50 
 
 		 416 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  45.5 
 
 		 418 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  46.54 
 
 		 420 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  53.59 
 
 		 400 aa  374  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  47.2 
 
 		 416 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  46.51 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  44.55 
 
 		 404 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  45.86 
 
 		 400 aa  363  4e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  46.63 
 
 		 406 aa  358  9.999999999999999e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  46.31 
 
 		 404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  46.17 
 
 		 410 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.02 
 
 		 421 aa  281  2e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.55 
 
 		 421 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.8 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  39.49 
 
 		 397 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.78 
 
 		 406 aa  269  7e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.24 
 
 		 406 aa  269  7e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  34.84 
 
 		 421 aa  267  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.08 
 
 		 421 aa  266  4e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  34.84 
 
 		 421 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.68 
 
 		 407 aa  260  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.43 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  33.57 
 
 		 429 aa  233  5e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  32.16 
 
 		 429 aa  229  5e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  33.56 
 
 		 429 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  29.98 
 
 		 434 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  30.19 
 
 		 434 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  30.14 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  30.11 
 
 		 436 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  29.67 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  30.47 
 
 		 433 aa  150  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  29.4 
 
 		 442 aa  150  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  30.89 
 
 		 430 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  30.02 
 
 		 435 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  28.9 
 
 		 428 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  30 
 
 		 439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  30.13 
 
 		 428 aa  145  9e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  29.11 
 
 		 434 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  30.13 
 
 		 432 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  30.49 
 
 		 436 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  30.69 
 
 		 433 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  28.26 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0939  Phenylacetate--CoA ligase  29.83 
 
 		 432 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  29.07 
 
 		 440 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  28.64 
 
 		 439 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  28.72 
 
 		 444 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  28.64 
 
 		 439 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  29.07 
 
 		 440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  28.57 
 
 		 440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  29.07 
 
 		 440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  29.14 
 
 		 439 aa  137  4e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  28.32 
 
 		 440 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  28.06 
 
 		 444 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  29.74 
 
 		 435 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  28.61 
 
 		 439 aa  135  9e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  28.82 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  29.35 
 
 		 431 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  28.82 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  28.46 
 
 		 436 aa  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  29.14 
 
 		 441 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  29.32 
 
 		 446 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  28.87 
 
 		 444 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  28.47 
 
 		 438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  30.29 
 
 		 448 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  28.25 
 
 		 443 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0013  phenylacetate--CoA ligase  31.04 
 
 		 427 aa  134  3e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  27.69 
 
 		 434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0060  Phenylacetate--CoA ligase  28.61 
 
 		 413 aa  133  5e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  29.32 
 
 		 434 aa  133  6e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  29.02 
 
 		 433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  28.72 
 
 		 432 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2322  Phenylacetate--CoA ligase  27 
 
 		 449 aa  130  5.0000000000000004e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  28.09 
 
 		 433 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  28.61 
 
 		 432 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  27.2 
 
 		 433 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1829  phenylacetate-CoA ligase  27.96 
 
 		 444 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.914606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02550  phenylacetate-CoA ligase  27.85 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.856632  hitchhiker  0.000124946 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  26.65 
 
 		 449 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>