More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5720 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 407 aa  817    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  71.25 
 
 		 410 aa  588  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  71.25 
 
 		 410 aa  578  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  58.25 
 
 		 413 aa  451  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  56.42 
 
 		 416 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  54.85 
 
 		 415 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  55.1 
 
 		 416 aa  432  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  55.64 
 
 		 420 aa  432  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  54.9 
 
 		 440 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  54.61 
 
 		 415 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  52.93 
 
 		 409 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  53.64 
 
 		 425 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  52.98 
 
 		 422 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  53.88 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  50.48 
 
 		 416 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  53.85 
 
 		 418 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  54.43 
 
 		 409 aa  418  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  50.72 
 
 		 425 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  53.9 
 
 		 418 aa  414  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  58.29 
 
 		 411 aa  410  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  52.7 
 
 		 405 aa  409  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  51.46 
 
 		 408 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  50.99 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  53.33 
 
 		 405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  50.61 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  51.11 
 
 		 404 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  51.6 
 
 		 404 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  51.6 
 
 		 410 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  52.85 
 
 		 406 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  49.39 
 
 		 413 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  50 
 
 		 400 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  47.8 
 
 		 420 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  44.67 
 
 		 400 aa  333  3e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  40.27 
 
 		 397 aa  280  3e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.92 
 
 		 421 aa  267  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.32 
 
 		 421 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.8 
 
 		 421 aa  266  4e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.59 
 
 		 421 aa  257  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.82 
 
 		 421 aa  256  5e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.35 
 
 		 421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  37.96 
 
 		 406 aa  242  7.999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.38 
 
 		 418 aa  242  9e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  33.49 
 
 		 429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  35.77 
 
 		 406 aa  229  8e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  33.49 
 
 		 429 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  34.68 
 
 		 429 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  36.12 
 
 		 407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  32.71 
 
 		 432 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  29.6 
 
 		 428 aa  161  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  30.97 
 
 		 432 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  29.21 
 
 		 429 aa  155  1e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  31.31 
 
 		 428 aa  154  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  28.83 
 
 		 434 aa  151  2e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  28.99 
 
 		 434 aa  150  4e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  32.99 
 
 		 448 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  30.27 
 
 		 429 aa  147  3e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  29.4 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  30.1 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0939  Phenylacetate--CoA ligase  30.61 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  30.38 
 
 		 439 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  30.95 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  31.22 
 
 		 438 aa  144  3e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  32.58 
 
 		 440 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  32.58 
 
 		 440 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  29.14 
 
 		 430 aa  143  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  31.9 
 
 		 440 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  29.48 
 
 		 445 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  30.36 
 
 		 433 aa  143  5e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  31.43 
 
 		 440 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  32.8 
 
 		 440 aa  143  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  30.27 
 
 		 433 aa  143  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  32.66 
 
 		 436 aa  143  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  32.32 
 
 		 440 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  32.94 
 
 		 436 aa  142  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  28.74 
 
 		 423 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  30.69 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  29.9 
 
 		 436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  29.26 
 
 		 447 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  29.38 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  30.26 
 
 		 433 aa  140  3e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  28.5 
 
 		 430 aa  139  7e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  28.24 
 
 		 445 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  28.64 
 
 		 434 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  31.54 
 
 		 458 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  31.05 
 
 		 440 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  28.92 
 
 		 433 aa  137  4e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  30.18 
 
 		 434 aa  136  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  28.92 
 
 		 433 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2409  phenylacetate-CoA ligase  29.64 
 
 		 426 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  29.81 
 
 		 433 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0075  Phenylacetate--CoA ligase  28.74 
 
 		 433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  33.33 
 
 		 441 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  31.82 
 
 		 434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0469  phenylacetate-CoA ligase  31.82 
 
 		 432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.119457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1968  phenylacetate-CoA ligase  28.24 
 
 		 433 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0901  phenylacetate-CoA ligase  30.71 
 
 		 445 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2189  phenylacetate-CoA ligase  32.67 
 
 		 434 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0357047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  29.09 
 
 		 436 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3367  phenylacetate-CoA ligase  30.51 
 
 		 443 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322757  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  27.88 
 
 		 432 aa  133  5e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>