More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3222 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  90.56 
 
 		 445 aa  847    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  72.4 
 
 		 458 aa  678    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  87.3 
 
 		 447 aa  814    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  100 
 
 		 445 aa  915    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0169  phenylacetate--CoA ligase  60.68 
 
 		 433 aa  548  1e-155  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2792  phenylacetate--CoA ligase  58.03 
 
 		 440 aa  524  1e-147  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0409  Phenylacetate--CoA ligase  51.69 
 
 		 447 aa  458  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0103532 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08400  coenzyme F390 synthetase  52.15 
 
 		 447 aa  459  9.999999999999999e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0324519  normal  0.311069 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  40.14 
 
 		 433 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  39.82 
 
 		 434 aa  312  5.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  41.61 
 
 		 438 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  36.78 
 
 		 433 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2278  phenylacetate-CoA ligase  40.6 
 
 		 430 aa  307  2.0000000000000002e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.129528  hitchhiker  0.0000241897 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  36.55 
 
 		 433 aa  306  3e-82  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  37.01 
 
 		 433 aa  307  3e-82  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  40.41 
 
 		 435 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  39.27 
 
 		 432 aa  306  6e-82  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1165  phenylacetate--CoA ligase  35.94 
 
 		 433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  39.5 
 
 		 435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1507  Phenylacetate--CoA ligase  39.81 
 
 		 433 aa  301  2e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  39.59 
 
 		 433 aa  298  1e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2884  phenylacetate--CoA ligase  39.13 
 
 		 434 aa  296  4e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00316572  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  38.44 
 
 		 432 aa  295  8e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  38.58 
 
 		 433 aa  294  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0075  Phenylacetate--CoA ligase  38.22 
 
 		 433 aa  293  3e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  38.72 
 
 		 434 aa  293  3e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  39.36 
 
 		 435 aa  293  3e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  37.61 
 
 		 432 aa  293  4e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  38.72 
 
 		 434 aa  292  9e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  39.27 
 
 		 433 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3091  phenylacetate--CoA ligase  35.83 
 
 		 437 aa  291  1e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000125462  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  39.04 
 
 		 435 aa  290  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  38.81 
 
 		 433 aa  291  2e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  38.9 
 
 		 434 aa  291  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2133  phenylacetate--CoA ligase  39.27 
 
 		 434 aa  290  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00349267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  40.27 
 
 		 433 aa  290  3e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0073  Phenylacetate--CoA ligase  38.44 
 
 		 433 aa  290  4e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  40.87 
 
 		 443 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1218  phenylacetate-CoA ligase  37.58 
 
 		 436 aa  290  5.0000000000000004e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  38.67 
 
 		 432 aa  289  9e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1756  phenylacetate--CoA ligase  38.44 
 
 		 432 aa  289  9e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13410  phenylacetate-CoA ligase  36.59 
 
 		 435 aa  288  1e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1968  phenylacetate-CoA ligase  37.61 
 
 		 433 aa  288  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  41.1 
 
 		 446 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0615  phenylacetate-CoA ligase  37.07 
 
 		 433 aa  287  2e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.893262  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  36.7 
 
 		 434 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1139  Phenylacetate--CoA ligase  39.5 
 
 		 435 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000376262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  37.44 
 
 		 433 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  37.16 
 
 		 432 aa  286  4e-76  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  41.19 
 
 		 444 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0797  Phenylacetate--CoA ligase  36.07 
 
 		 433 aa  286  5e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0861  phenylacetate-CoA ligase  37.16 
 
 		 432 aa  286  5.999999999999999e-76  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354506  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  39.55 
 
 		 429 aa  286  7e-76  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  39.13 
 
 		 434 aa  285  8e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  41.36 
 
 		 432 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  37.44 
 
 		 429 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  39.04 
 
 		 433 aa  284  3.0000000000000004e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  37.5 
 
 		 439 aa  283  6.000000000000001e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0042  Phenylacetate--CoA ligase  37.44 
 
 		 432 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  39.68 
 
 		 437 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  39.14 
 
 		 442 aa  282  1e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  37.16 
 
 		 433 aa  282  1e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  37.99 
 
 		 436 aa  281  2e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  40.73 
 
 		 444 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  37.07 
 
 		 434 aa  280  2e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  36.57 
 
 		 439 aa  280  4e-74  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0669  phenylacetate-CoA ligase  36.84 
 
 		 433 aa  279  9e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  36.24 
 
 		 431 aa  278  1e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  37.67 
 
 		 433 aa  278  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  35.78 
 
 		 434 aa  278  2e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  37.67 
 
 		 433 aa  277  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1590  phenylacetate--CoA ligase  35.55 
 
 		 432 aa  276  5e-73  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  35.88 
 
 		 439 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  36.93 
 
 		 433 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  36.79 
 
 		 428 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0066  phenylacetate--CoA ligase  36.47 
 
 		 432 aa  273  3e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.922632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  38.13 
 
 		 440 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  38.86 
 
 		 430 aa  273  6e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  38.36 
 
 		 440 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  38.13 
 
 		 440 aa  272  9e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  38.13 
 
 		 440 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0815  phenylacetate--CoA ligase  35.84 
 
 		 439 aa  272  1e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.180698  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  38.13 
 
 		 440 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1585  Phenylacetate--CoA ligase  38.5 
 
 		 457 aa  272  1e-71  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0730683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  40.27 
 
 		 444 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  38.75 
 
 		 434 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  37.53 
 
 		 441 aa  271  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  38.13 
 
 		 440 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  36.38 
 
 		 434 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  38.34 
 
 		 432 aa  270  5e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  35.93 
 
 		 428 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  39.04 
 
 		 441 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  37.07 
 
 		 433 aa  269  7e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  36.47 
 
 		 435 aa  269  7e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  36.61 
 
 		 436 aa  268  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  37.67 
 
 		 440 aa  268  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1578  Phenylacetate--CoA ligase  34.62 
 
 		 436 aa  267  4e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.198004 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  35.86 
 
 		 433 aa  267  4e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  35.93 
 
 		 433 aa  266  4e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0227  phenylacetate-CoA ligase  38.25 
 
 		 433 aa  266  5e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>