More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4801 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_0656  phenylacetate-CoA ligase  73.44 
 
 		 434 aa  679    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  69.61 
 
 		 444 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0440  phenylacetate-CoA ligase  70.57 
 
 		 436 aa  649    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3824  phenylacetate-CoA ligase  71.72 
 
 		 436 aa  662    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827131  normal  0.36821 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 436 aa  900    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  70.75 
 
 		 432 aa  629  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5526  phenylacetate-CoA ligase  67.98 
 
 		 449 aa  625  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0759485  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1829  phenylacetate-CoA ligase  70.49 
 
 		 444 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.914606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0444  phenylacetate-CoA ligase  70.75 
 
 		 432 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3626  phenylacetate-CoA ligase  70.75 
 
 		 432 aa  620  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0611072  normal  0.539384 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0511  phenylacetate-CoA ligase  70.28 
 
 		 432 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.948349  normal  0.684224 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3634  phenylacetate-CoA ligase  69.39 
 
 		 444 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2566  phenylacetate-CoA ligase  70.28 
 
 		 432 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  70.28 
 
 		 432 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1923  phenylacetate-CoA ligase  70.02 
 
 		 443 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0702505  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3366  phenylacetate-CoA ligase  69.07 
 
 		 431 aa  615  1e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0901  phenylacetate-CoA ligase  69.79 
 
 		 445 aa  614  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2870  phenylacetate-CoA ligase  68.78 
 
 		 442 aa  616  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3490  phenylacetate-CoA ligase  69.58 
 
 		 434 aa  617  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352435  hitchhiker  0.000125806 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  69.81 
 
 		 434 aa  616  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0469  phenylacetate-CoA ligase  70.05 
 
 		 432 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.119457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3367  phenylacetate-CoA ligase  70.02 
 
 		 443 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322757  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  68.63 
 
 		 434 aa  610  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1908  phenylacetate-CoA ligase  67.83 
 
 		 446 aa  608  1e-173  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.26463  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  67.44 
 
 		 448 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2904  phenylacetate-CoA ligase  70.05 
 
 		 432 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3279  phenylacetate-CoA ligase  66.2 
 
 		 439 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2480  phenylacetate-CoA ligase  66.2 
 
 		 439 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3568  phenylacetate-CoA ligase  70.05 
 
 		 432 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172482  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  66.74 
 
 		 440 aa  598  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2617  phenylacetate-CoA ligase  66.2 
 
 		 439 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179563  normal  0.174416 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3550  phenylacetate-CoA ligase  70.05 
 
 		 432 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.489447  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2630  phenylacetate-CoA ligase  65.73 
 
 		 439 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460145  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3577  phenylacetate-CoA ligase  70.05 
 
 		 432 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.306139  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2752  phenylacetate-CoA ligase  69.34 
 
 		 434 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0185722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  65.02 
 
 		 439 aa  600  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1905  phenylacetate-coenzyme A ligase  69.81 
 
 		 432 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.511484  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0539  phenylacetate-coenzyme A ligase  69.81 
 
 		 432 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0321632  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  66.74 
 
 		 440 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0935  phenylacetate-coenzyme A ligase  69.81 
 
 		 432 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26570  phenylacetate-CoA ligase  66.82 
 
 		 448 aa  597  1e-169  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.123505 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2486  phenylacetate-CoA ligase  66.82 
 
 		 450 aa  596  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  66.74 
 
 		 440 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  65.98 
 
 		 439 aa  595  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0638  phenylacetate-CoA ligase  69.81 
 
 		 432 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100652  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  66.74 
 
 		 440 aa  596  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  66.59 
 
 		 436 aa  593  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3017  phenylacetate-CoA ligase  67.92 
 
 		 434 aa  593  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  65.83 
 
 		 440 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  66.06 
 
 		 440 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  65.83 
 
 		 440 aa  589  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3117  phenylacetate-CoA ligase  68.87 
 
 		 434 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0603128  normal  0.0548798 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  65.21 
 
 		 439 aa  586  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0477  phenylacetate-CoA ligase  67.38 
 
 		 427 aa  585  1e-166  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2875  phenylacetyl-CoA-ligase protein  67.45 
 
 		 436 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0228707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3165  phenylacetate-CoA ligase  65.49 
 
 		 434 aa  581  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0404023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1449  phenylacetate-CoA ligase  67.15 
 
 		 429 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  64.73 
 
 		 434 aa  578  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0986  phenylacetate-CoA ligase  64.73 
 
 		 435 aa  578  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  64.88 
 
 		 441 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  64.27 
 
 		 436 aa  577  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0374  phenylacetate-CoA ligase  64.19 
 
 		 441 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000302001  hitchhiker  0.00000497277 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0227  phenylacetate-CoA ligase  63.83 
 
 		 433 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1509  phenylacetate-CoA ligase  62.99 
 
 		 441 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.047551  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0660  phenylacetate-CoA ligase  62.21 
 
 		 431 aa  572  1.0000000000000001e-162  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3082  phenylacetate-CoA ligase  63.79 
 
 		 436 aa  568  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.6719  normal  0.443778 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2247  phenylacetate-CoA ligase  63.32 
 
 		 437 aa  565  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0997438  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1485  phenylacetate-CoA ligase  63.32 
 
 		 437 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1584  phenylacetate-CoA ligase  63.32 
 
 		 437 aa  565  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2257  phenylacetate-CoA ligase  63.32 
 
 		 437 aa  565  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.253945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2189  phenylacetate-CoA ligase  64.22 
 
 		 434 aa  563  1.0000000000000001e-159  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0357047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2034  phenylacetate-CoA ligase  63.4 
 
 		 437 aa  563  1.0000000000000001e-159  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1515  phenylacetate-CoA ligase  63.17 
 
 		 438 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0837149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  61.65 
 
 		 439 aa  556  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6182  phenylacetate-CoA ligase  62.41 
 
 		 435 aa  546  1e-154  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.94828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20330  phenylacetate-CoA ligase  60.88 
 
 		 449 aa  531  1e-149  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3247  phenylacetate-CoA ligase  59.73 
 
 		 444 aa  526  1e-148  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  58.96 
 
 		 444 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3048  phenylacetate-CoA ligase  59.35 
 
 		 456 aa  522  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  58.25 
 
 		 444 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  57.92 
 
 		 446 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  57.55 
 
 		 444 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  55.5 
 
 		 434 aa  494  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  53.38 
 
 		 434 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  53.02 
 
 		 435 aa  489  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  53.38 
 
 		 434 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  53.58 
 
 		 443 aa  485  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  52.21 
 
 		 433 aa  487  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  55.19 
 
 		 433 aa  487  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  53.65 
 
 		 433 aa  486  1e-136  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  54.48 
 
 		 433 aa  484  1e-136  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  55.4 
 
 		 434 aa  483  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0797  Phenylacetate--CoA ligase  54.72 
 
 		 433 aa  484  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  56 
 
 		 437 aa  482  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  53.77 
 
 		 435 aa  479  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  51.99 
 
 		 433 aa  481  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  51.76 
 
 		 435 aa  479  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  52.68 
 
 		 435 aa  477  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1139  Phenylacetate--CoA ligase  54.25 
 
 		 435 aa  475  1e-133  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000376262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2133  phenylacetate--CoA ligase  52.12 
 
 		 434 aa  471  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00349267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>