More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3536 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  77.99 
 
 		 415 aa  664    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  78.23 
 
 		 415 aa  665    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  74.64 
 
 		 415 aa  642    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 418 aa  857    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  76.54 
 
 		 422 aa  650    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  80.19 
 
 		 416 aa  665    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  74.64 
 
 		 425 aa  634  1e-180  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  69.86 
 
 		 416 aa  607  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  72.04 
 
 		 420 aa  597  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  69.38 
 
 		 418 aa  588  1e-167  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  65.62 
 
 		 411 aa  508  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  58.29 
 
 		 416 aa  481  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  57.72 
 
 		 413 aa  480  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  57.69 
 
 		 409 aa  464  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 413 aa  451  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  54.63 
 
 		 420 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  57.87 
 
 		 440 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  55.29 
 
 		 405 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  53.12 
 
 		 404 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  53.46 
 
 		 405 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  53.85 
 
 		 407 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  53.37 
 
 		 404 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  52.64 
 
 		 410 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  52.29 
 
 		 410 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  52.64 
 
 		 410 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  54.7 
 
 		 406 aa  403  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  51.08 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.14 
 
 		 416 aa  388  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  48.43 
 
 		 409 aa  388  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  45.5 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  46.65 
 
 		 408 aa  379  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  45.39 
 
 		 416 aa  345  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  42.11 
 
 		 400 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  42.29 
 
 		 397 aa  290  2e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.76 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.59 
 
 		 421 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.28 
 
 		 421 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.35 
 
 		 421 aa  266  5e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.28 
 
 		 421 aa  264  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.88 
 
 		 418 aa  263  6e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.44 
 
 		 421 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.65 
 
 		 406 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.39 
 
 		 406 aa  258  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.8 
 
 		 407 aa  258  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  34.27 
 
 		 429 aa  236  4e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  34.27 
 
 		 429 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  34.98 
 
 		 429 aa  227  4e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  30.09 
 
 		 428 aa  171  2e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  33 
 
 		 444 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  34.95 
 
 		 434 aa  164  3e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  29.34 
 
 		 434 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  32.56 
 
 		 444 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  32.05 
 
 		 444 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  30.71 
 
 		 423 aa  155  2e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  33.06 
 
 		 446 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  30.97 
 
 		 430 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  30.45 
 
 		 429 aa  153  7e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  31.25 
 
 		 434 aa  152  8e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  29.9 
 
 		 433 aa  150  4e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  31.13 
 
 		 448 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  29.66 
 
 		 432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  29.58 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  29.47 
 
 		 449 aa  147  4.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  27.01 
 
 		 433 aa  147  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  28.08 
 
 		 429 aa  146  6e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2322  Phenylacetate--CoA ligase  30.58 
 
 		 449 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  29.72 
 
 		 440 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  29.72 
 
 		 440 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  29.48 
 
 		 440 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  28.87 
 
 		 440 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  28.2 
 
 		 432 aa  144  4e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  32.1 
 
 		 434 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  29.25 
 
 		 440 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  26.54 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  26.78 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  26.34 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  29.06 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  28.85 
 
 		 437 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  29.56 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  29.01 
 
 		 440 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  31.33 
 
 		 438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  31.17 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  28.26 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  28.4 
 
 		 440 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  30.38 
 
 		 436 aa  140  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  30.46 
 
 		 434 aa  140  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3017  phenylacetate-CoA ligase  31.15 
 
 		 434 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  27.38 
 
 		 434 aa  139  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  28.24 
 
 		 432 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  30.41 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  30.68 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  28.02 
 
 		 430 aa  138  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2408  Phenylacetate--CoA ligase  31.09 
 
 		 429 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0464701 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0986  phenylacetate-CoA ligase  28.74 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0637  phenylacetate--CoA ligase  27.54 
 
 		 414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  27.87 
 
 		 435 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  29.18 
 
 		 436 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  27.82 
 
 		 435 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2566  phenylacetate-CoA ligase  30.43 
 
 		 432 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  30.43 
 
 		 432 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>