More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5012 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  73.56 
 
 		 415 aa  635    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 416 aa  843    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  73.32 
 
 		 415 aa  634  1e-180  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  71.56 
 
 		 422 aa  617  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  74.82 
 
 		 416 aa  620  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  71.63 
 
 		 415 aa  616  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  69.86 
 
 		 418 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  71.39 
 
 		 425 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  70.24 
 
 		 420 aa  584  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  67.39 
 
 		 418 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  64.25 
 
 		 411 aa  494  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  60.44 
 
 		 409 aa  482  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  58 
 
 		 413 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  56.9 
 
 		 416 aa  462  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  57.89 
 
 		 440 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  57.79 
 
 		 413 aa  452  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  55.24 
 
 		 420 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  59.42 
 
 		 405 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  56.42 
 
 		 407 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  50.72 
 
 		 409 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  53.75 
 
 		 410 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  54.61 
 
 		 404 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  53.51 
 
 		 410 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  54.85 
 
 		 410 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  54.13 
 
 		 404 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  50.96 
 
 		 408 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.85 
 
 		 416 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  55.45 
 
 		 406 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  53.14 
 
 		 405 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.86 
 
 		 425 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  51.33 
 
 		 400 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  50.73 
 
 		 416 aa  383  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  42.03 
 
 		 400 aa  328  9e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  43.97 
 
 		 397 aa  293  5e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.5 
 
 		 421 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  43.4 
 
 		 406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.47 
 
 		 421 aa  273  3e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.37 
 
 		 421 aa  273  6e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.37 
 
 		 421 aa  271  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.41 
 
 		 421 aa  265  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.89 
 
 		 421 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.52 
 
 		 407 aa  263  6e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.71 
 
 		 406 aa  260  4e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  40.37 
 
 		 418 aa  256  4e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  35.98 
 
 		 429 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  35.51 
 
 		 429 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  35.51 
 
 		 429 aa  223  6e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  30.73 
 
 		 434 aa  173  5.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  30.62 
 
 		 449 aa  167  4e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  31.32 
 
 		 428 aa  166  8e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  31.14 
 
 		 444 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2322  Phenylacetate--CoA ligase  30.31 
 
 		 449 aa  161  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  29.14 
 
 		 434 aa  160  5e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  31.26 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  31.5 
 
 		 429 aa  154  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  30.92 
 
 		 444 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  30.4 
 
 		 432 aa  154  4e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  32.37 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  30.41 
 
 		 444 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  30.89 
 
 		 433 aa  150  5e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  30.94 
 
 		 429 aa  150  5e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  31.52 
 
 		 433 aa  149  9e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0041  phenylacetate--CoA ligase  31.55 
 
 		 446 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  28.57 
 
 		 430 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  31.1 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  30.15 
 
 		 439 aa  147  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  28.71 
 
 		 433 aa  147  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  31.41 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  27.27 
 
 		 434 aa  146  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2752  phenylacetate-CoA ligase  29.98 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0185722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  28.83 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  31.12 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  28.87 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  29.19 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  31.5 
 
 		 441 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  28.05 
 
 		 433 aa  145  2e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  31.73 
 
 		 438 aa  144  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  31.91 
 
 		 442 aa  145  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  28.92 
 
 		 439 aa  144  4e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  31.2 
 
 		 448 aa  144  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  28.47 
 
 		 432 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  31.82 
 
 		 436 aa  143  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  29.83 
 
 		 440 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  29.83 
 
 		 440 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  31.15 
 
 		 439 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  30.21 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  28.05 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  27.94 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  29.55 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  27.7 
 
 		 439 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  28.97 
 
 		 433 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  30.51 
 
 		 446 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  30.49 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  29.31 
 
 		 436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0901  phenylacetate-CoA ligase  29.67 
 
 		 445 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3367  phenylacetate-CoA ligase  29.73 
 
 		 443 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322757  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  30.75 
 
 		 440 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3117  phenylacetate-CoA ligase  30.79 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0603128  normal  0.0548798 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  28.65 
 
 		 428 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  29.5 
 
 		 440 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>