More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2223 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  92.08 
 
 		 410 aa  746    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  92.08 
 
 		 404 aa  747    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  100 
 
 		 404 aa  816    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  74.01 
 
 		 405 aa  598  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  71.85 
 
 		 405 aa  594  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  71.53 
 
 		 400 aa  559  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  70 
 
 		 406 aa  553  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  55.12 
 
 		 415 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  54.88 
 
 		 413 aa  427  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  56.66 
 
 		 416 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  53.12 
 
 		 418 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  54.61 
 
 		 416 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  53.41 
 
 		 415 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  53.41 
 
 		 415 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  52.86 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  53.75 
 
 		 425 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  54.01 
 
 		 418 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  52.3 
 
 		 416 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  50.49 
 
 		 409 aa  389  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  51.11 
 
 		 407 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  52.71 
 
 		 440 aa  391  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  51.81 
 
 		 420 aa  386  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  50.74 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  53.9 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  50.12 
 
 		 410 aa  378  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  49.51 
 
 		 413 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.54 
 
 		 408 aa  371  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  44.55 
 
 		 425 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  50.24 
 
 		 420 aa  363  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  45.06 
 
 		 416 aa  355  7.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  44.94 
 
 		 409 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  47.41 
 
 		 416 aa  349  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  38.86 
 
 		 400 aa  288  2e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  42.82 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  42.3 
 
 		 406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  41.78 
 
 		 407 aa  266  5.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  40.99 
 
 		 406 aa  262  6e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  36.97 
 
 		 429 aa  249  7e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.37 
 
 		 421 aa  248  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  36.73 
 
 		 429 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.8 
 
 		 421 aa  248  2e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.96 
 
 		 421 aa  243  5e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.78 
 
 		 421 aa  239  5e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.45 
 
 		 421 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  34.72 
 
 		 421 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  34.55 
 
 		 418 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  37.35 
 
 		 429 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  28.27 
 
 		 433 aa  160  3e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  30.42 
 
 		 436 aa  160  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  30.63 
 
 		 434 aa  156  7e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  31.18 
 
 		 436 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  32.48 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  33.73 
 
 		 438 aa  155  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  30.83 
 
 		 428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  30.23 
 
 		 434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  28.8 
 
 		 433 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  30.45 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  30.73 
 
 		 433 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  30.68 
 
 		 432 aa  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0939  Phenylacetate--CoA ligase  31.87 
 
 		 432 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  32.91 
 
 		 434 aa  150  3e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  30.46 
 
 		 433 aa  150  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  31.58 
 
 		 430 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  30.95 
 
 		 433 aa  150  5e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  28.24 
 
 		 432 aa  149  9e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  31.12 
 
 		 433 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  30.77 
 
 		 433 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  30.08 
 
 		 423 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  30.4 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  30.75 
 
 		 441 aa  146  5e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1165  phenylacetate--CoA ligase  31.55 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  29.46 
 
 		 433 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  29.57 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  29.95 
 
 		 444 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  29.08 
 
 		 433 aa  144  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  29.89 
 
 		 432 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  29.74 
 
 		 430 aa  144  3e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  28.38 
 
 		 439 aa  144  3e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  28.88 
 
 		 432 aa  143  6e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  27.88 
 
 		 433 aa  142  8e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  31.8 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  30.69 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  26.17 
 
 		 428 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1578  Phenylacetate--CoA ligase  29.33 
 
 		 436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.198004 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1968  phenylacetate-CoA ligase  29.9 
 
 		 433 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  29.85 
 
 		 439 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0075  Phenylacetate--CoA ligase  29.79 
 
 		 433 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13410  phenylacetate-CoA ligase  28.51 
 
 		 435 aa  140  4.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  29.74 
 
 		 433 aa  139  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3091  phenylacetate--CoA ligase  28.78 
 
 		 437 aa  140  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000125462  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  28.12 
 
 		 439 aa  139  7e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  28.4 
 
 		 429 aa  139  7e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  30.34 
 
 		 432 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  30.25 
 
 		 433 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  29.41 
 
 		 429 aa  138  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  29.34 
 
 		 444 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0041  phenylacetate--CoA ligase  31.91 
 
 		 446 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0669  phenylacetate-CoA ligase  29.74 
 
 		 433 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73594  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  29.59 
 
 		 444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  32.28 
 
 		 431 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>