More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0054 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  100 
 
 		 405 aa  815    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  74.01 
 
 		 404 aa  598  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  71.85 
 
 		 405 aa  596  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  73.27 
 
 		 410 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  72.77 
 
 		 404 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  70.65 
 
 		 406 aa  553  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  67.74 
 
 		 400 aa  532  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  58.15 
 
 		 413 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  59.42 
 
 		 416 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  57.14 
 
 		 440 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  56.04 
 
 		 415 aa  432  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  58.75 
 
 		 416 aa  428  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  57.91 
 
 		 411 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  55.29 
 
 		 418 aa  422  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  55.9 
 
 		 425 aa  423  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  57.21 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  57.21 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  55.71 
 
 		 422 aa  420  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  56.04 
 
 		 420 aa  414  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  54.7 
 
 		 418 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  53.79 
 
 		 409 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  51.69 
 
 		 416 aa  401  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  53.16 
 
 		 413 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  53.33 
 
 		 407 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  54.21 
 
 		 410 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  53.47 
 
 		 410 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  48.89 
 
 		 408 aa  381  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  49.39 
 
 		 420 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  46.51 
 
 		 425 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.06 
 
 		 409 aa  367  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.2 
 
 		 416 aa  358  9.999999999999999e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  46.78 
 
 		 416 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  41.77 
 
 		 400 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  43.94 
 
 		 397 aa  289  6e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.11 
 
 		 421 aa  258  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  39.11 
 
 		 421 aa  257  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.47 
 
 		 421 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.32 
 
 		 406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.68 
 
 		 418 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.71 
 
 		 421 aa  250  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.25 
 
 		 407 aa  249  5e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  38.44 
 
 		 406 aa  249  5e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  36.19 
 
 		 429 aa  249  6e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  36.41 
 
 		 429 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  38.21 
 
 		 421 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  35.27 
 
 		 421 aa  243  3e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  35.93 
 
 		 429 aa  227  4e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  28.47 
 
 		 433 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  31.93 
 
 		 438 aa  162  7e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0750  phenylacetate--CoA ligase  29.86 
 
 		 429 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.564813  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  30.93 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  30.52 
 
 		 441 aa  150  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  28.24 
 
 		 428 aa  150  3e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  32.14 
 
 		 433 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  29.89 
 
 		 434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  28.47 
 
 		 435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  29.92 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  30.1 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  28.83 
 
 		 433 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  28.57 
 
 		 429 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  28.57 
 
 		 433 aa  145  9e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  29.85 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  30.51 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  28.17 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  30.21 
 
 		 432 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  32.05 
 
 		 433 aa  144  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  32.23 
 
 		 434 aa  144  4e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  30.39 
 
 		 430 aa  143  6e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  28.68 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  27.85 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  30.18 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3091  phenylacetate--CoA ligase  29.4 
 
 		 437 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000125462  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  28.68 
 
 		 439 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0060  Phenylacetate--CoA ligase  32.65 
 
 		 413 aa  140  6e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  30.13 
 
 		 436 aa  139  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  29.74 
 
 		 433 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  28.95 
 
 		 439 aa  139  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  27.4 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  28.4 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  27.75 
 
 		 436 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  28.61 
 
 		 433 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  27.45 
 
 		 433 aa  138  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  29.34 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2123  Phenylacetate--CoA ligase  29.89 
 
 		 433 aa  138  2e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  29.19 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  27.23 
 
 		 433 aa  137  4e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  29.93 
 
 		 439 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0939  Phenylacetate--CoA ligase  29.37 
 
 		 432 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  29.79 
 
 		 428 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  26.94 
 
 		 432 aa  136  6.0000000000000005e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  29.36 
 
 		 434 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  29.37 
 
 		 433 aa  135  9e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1165  phenylacetate--CoA ligase  28.53 
 
 		 433 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  27.06 
 
 		 432 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4320  phenylacetate--CoA ligase  31.59 
 
 		 444 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  26.77 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0073  Phenylacetate--CoA ligase  28.67 
 
 		 433 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  29.36 
 
 		 432 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  28.61 
 
 		 435 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  27.93 
 
 		 435 aa  133  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>