More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0220 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0266  putative phenylacetate-CoA ligase  80.68 
 
 		 416 aa  698    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0220  putative phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 420 aa  860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0464  putative phenylacetate-CoA ligase  59.86 
 
 		 415 aa  498  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0455  putative phenylacetate-CoA ligase  59.86 
 
 		 415 aa  498  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.647769  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1153  putative phenylacetate-CoA ligase  58.89 
 
 		 415 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0598  putative phenylacetate-CoA ligase  57.75 
 
 		 422 aa  477  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0563  putative phenylacetate-CoA ligase  58.95 
 
 		 418 aa  474  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311753 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3441  putative phenylacetate-CoA ligase  59.24 
 
 		 420 aa  471  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362161 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3536  putative phenylacetate-CoA ligase  56.53 
 
 		 418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.756955  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3613  putative phenylacetate-CoA ligase  58.99 
 
 		 416 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5012  putative phenylacetate-CoA ligase  56.9 
 
 		 416 aa  464  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0781  putative phenylacetate-CoA ligase  56.46 
 
 		 425 aa  455  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0255  putative phenylacetate-CoA ligase  56.04 
 
 		 409 aa  449  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3504  putative phenylacetate-CoA ligase  57.66 
 
 		 413 aa  448  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2719  putative phenylacetate-CoA ligase  56.56 
 
 		 413 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3359  phenylacetate--CoA ligase  59.71 
 
 		 411 aa  441  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1866  coenzyme F390 synthetase  54.7 
 
 		 440 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2605  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  51.2 
 
 		 408 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0121  phenylacetate-CoA ligase, putative  52.06 
 
 		 405 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0054  phenylacetate-CoA ligase, putative  51.57 
 
 		 405 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1837  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.49 
 
 		 425 aa  394  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0779546  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3131  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  49.88 
 
 		 409 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.244322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2223  coenzyme F390 synthetase-like protein  52.42 
 
 		 404 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2311  putative phenylacetate-CoA ligase  51.09 
 
 		 410 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3411  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  47.24 
 
 		 416 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.79511  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0294  putative phenylacetate-CoA ligase  50.61 
 
 		 410 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5720  putative phenylacetate-CoA ligase  49.51 
 
 		 407 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.776613  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0382  phenylacetate-CoA ligase  52.67 
 
 		 406 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0948  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  50.36 
 
 		 404 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2273  putative anaerobic phenylacetate CoA ligase  50.61 
 
 		 410 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4001  phenylacetate-CoA ligase, putative  49.28 
 
 		 400 aa  362  5.0000000000000005e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5040  putative phenylacetate-CoA ligase  46.1 
 
 		 416 aa  354  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000398  coenzyme F390 synthetase  44.58 
 
 		 400 aa  340  2e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1592  putative phenylacetate-coenzyme A ligase  42.93 
 
 		 397 aa  287  2e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3347  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  42.01 
 
 		 421 aa  270  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.84 
 
 		 421 aa  268  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2446  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.65 
 
 		 421 aa  265  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0540  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.93 
 
 		 421 aa  262  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000138329  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0319  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  37.41 
 
 		 421 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000219032  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2429  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.9 
 
 		 406 aa  259  8e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.756333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0628  coenzyme F390 synthetase-like protein  39.16 
 
 		 407 aa  257  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0540  coenzyme F390 synthetase-like protein  40.21 
 
 		 406 aa  257  3e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0136  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.69 
 
 		 421 aa  255  8e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0413194 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2287  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  36.9 
 
 		 418 aa  241  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.534483  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  34.51 
 
 		 429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  33.57 
 
 		 429 aa  228  2e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0940  AMP-binding enzyme  33.41 
 
 		 429 aa  209  6e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  28.5 
 
 		 429 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  27.74 
 
 		 434 aa  145  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  26.95 
 
 		 428 aa  144  3e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0709  phenylacetate--CoA ligase  31.75 
 
 		 433 aa  143  6e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0797552 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0760  phenylacetate-CoA ligase  27.53 
 
 		 438 aa  143  7e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  27.98 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  27.52 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  28.33 
 
 		 433 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  28.44 
 
 		 423 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  30.26 
 
 		 438 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  29.4 
 
 		 433 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1826  Phenylacetate--CoA ligase  29.47 
 
 		 430 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  28.87 
 
 		 436 aa  139  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  29.05 
 
 		 436 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2986  phenylacetate-CoA ligase  28.29 
 
 		 435 aa  139  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.199718  normal  0.0181609 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  27.09 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  29.04 
 
 		 436 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  28.86 
 
 		 442 aa  137  5e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  26.97 
 
 		 434 aa  136  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  28.77 
 
 		 434 aa  136  8e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1585  Phenylacetate--CoA ligase  28.86 
 
 		 457 aa  136  8e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0730683 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0637  phenylacetate--CoA ligase  27.58 
 
 		 414 aa  135  9e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1325  phenylacetate--CoA ligase  27.1 
 
 		 415 aa  135  9e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.878403  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0060  Phenylacetate--CoA ligase  28.33 
 
 		 413 aa  135  9e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  31.09 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  31.09 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  27.75 
 
 		 434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  31.09 
 
 		 440 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  31.09 
 
 		 440 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0972  phenylacetate-CoA ligase  28.01 
 
 		 432 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  28.67 
 
 		 440 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  31.09 
 
 		 440 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  28.5 
 
 		 430 aa  133  5e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  31.09 
 
 		 440 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  27.41 
 
 		 439 aa  133  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1316  phenylacetate--CoA ligase  27.34 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1392  coenzyme F390 synthetase  26.85 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000346033  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  27.79 
 
 		 432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  29.35 
 
 		 447 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  27.14 
 
 		 434 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  27.25 
 
 		 432 aa  130  3e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3944  phenylacetate-CoA ligase  27.17 
 
 		 439 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  27.29 
 
 		 432 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  28.23 
 
 		 441 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02550  phenylacetate-CoA ligase  27.14 
 
 		 412 aa  129  7.000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.856632  hitchhiker  0.000124946 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2432  Phenylacetate--CoA ligase  28.47 
 
 		 428 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.028462 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  27.25 
 
 		 432 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1456  phenylacetate-CoA ligase  24.3 
 
 		 433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.386345 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  27.69 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  27.38 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1360  phenylacetate-CoA ligase  26.68 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.292224  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  29.26 
 
 		 431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3117  phenylacetate-CoA ligase  29.13 
 
 		 434 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0603128  normal  0.0548798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>