More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4201 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4201  coenzyme F390 synthetase-like  100 
 
 		 457 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.282456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1971  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  28.82 
 
 		 453 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3269  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  29.88 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3567  CapK related-protein  27.53 
 
 		 502 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2411  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  32.78 
 
 		 451 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0836  CapK related-protein  26.62 
 
 		 469 aa  106  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2311  capsular polysaccharide biosynthesis protein, putative  26.11 
 
 		 464 aa  105  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0676  putative CapK protein  26.86 
 
 		 459 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0499803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2205  Coenzyme F390 synthetase-like protein  29.3 
 
 		 439 aa  103  8e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0614  CapK related-protein  29.49 
 
 		 445 aa  99.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.973847  normal  0.145617 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2035  coenzyme F390 synthetase-like protein  24.3 
 
 		 454 aa  96.7  9e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2310  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.81 
 
 		 475 aa  95.9  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5015  putative polysaccharide biosynthesis protein  22.01 
 
 		 446 aa  94  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0291  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  28.37 
 
 		 453 aa  92  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.326701  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1040  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.63 
 
 		 436 aa  89.7  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1535  CapK protein, putative  24.94 
 
 		 461 aa  87.8  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0135  CoA ligase  27.54 
 
 		 450 aa  88.2  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2454  coenzyme F390 synthetase  27.32 
 
 		 458 aa  87.8  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4305  CapK domain-containing protein  25.6 
 
 		 481 aa  87.4  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0698086  normal  0.901449 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1511  CoA ligase  26.4 
 
 		 437 aa  87.4  5e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.42571  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3882  CapK related-protein  23.97 
 
 		 480 aa  85.5  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2316  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.26 
 
 		 450 aa  85.5  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26570  phenylacetate-CoA ligase  24.16 
 
 		 448 aa  84  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.123505 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2007  CapK related-protein  25.06 
 
 		 487 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3795  CapK protein, putative  25.79 
 
 		 475 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.217638  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1950  capK related-protein  26.43 
 
 		 446 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1955  capK related-protein  26.2 
 
 		 453 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2519  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 448 aa  79.7  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.0166994 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1615  Coenzyme F390 synthetase-like protein  26.85 
 
 		 461 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2526  Coenzyme F390 synthetase-like protein  26.8 
 
 		 437 aa  75.9  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142234 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0689  CapK related-protein  25 
 
 		 426 aa  76.3  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0582136  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3332  coenzyme F390 synthetase-like  26.96 
 
 		 416 aa  76.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.422547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  25.88 
 
 		 444 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2486  phenylacetate-CoA ligase  26.69 
 
 		 450 aa  75.1  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0227  phenylacetate-CoA ligase  25.58 
 
 		 433 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0469  phenylacetate-CoA ligase  26.18 
 
 		 432 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.119457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0875  Coenzyme F390 synthetase-like protein  24.42 
 
 		 563 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0444  phenylacetate-CoA ligase  25.91 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  26.3 
 
 		 434 aa  75.1  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2566  phenylacetate-CoA ligase  25.76 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  25.76 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1798  Phenylacetate--CoA ligase  25.49 
 
 		 427 aa  73.9  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0039  phenylacetate--CoA ligase  26.89 
 
 		 441 aa  73.6  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.728722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0295  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  28.7 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0511  phenylacetate-CoA ligase  25.76 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.948349  normal  0.684224 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0477  phenylacetate-CoA ligase  27.87 
 
 		 427 aa  73.2  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3626  phenylacetate-CoA ligase  25.82 
 
 		 432 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0611072  normal  0.539384 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  25.94 
 
 		 438 aa  72  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1392  coenzyme F390 synthetase  24.76 
 
 		 413 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000346033  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  23.51 
 
 		 433 aa  72.4  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1010  Phenylacetate--CoA ligase  28.79 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.45626  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0449  putative capK protein  26.77 
 
 		 446 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2904  phenylacetate-CoA ligase  24.8 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_811  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  26.4 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  27.98 
 
 		 439 aa  71.6  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02550  phenylacetate-CoA ligase  26.87 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.856632  hitchhiker  0.000124946 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3048  phenylacetate-CoA ligase  25.9 
 
 		 456 aa  70.9  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  26.07 
 
 		 432 aa  70.9  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0824  phenylacetate--CoA ligase  24.8 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0660  phenylacetate-CoA ligase  26.12 
 
 		 431 aa  70.5  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0638  phenylacetate-CoA ligase  24.93 
 
 		 432 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100652  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0539  phenylacetate-coenzyme A ligase  24.93 
 
 		 432 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0321632  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0935  phenylacetate-coenzyme A ligase  24.93 
 
 		 432 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1905  phenylacetate-coenzyme A ligase  24.93 
 
 		 432 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.511484  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  26.96 
 
 		 439 aa  70.1  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3366  phenylacetate-CoA ligase  26.77 
 
 		 431 aa  69.7  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  27.05 
 
 		 435 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  26.57 
 
 		 439 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0060  Phenylacetate--CoA ligase  24.41 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1074  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.96 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.733782  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3824  phenylacetate-CoA ligase  26.8 
 
 		 436 aa  69.3  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827131  normal  0.36821 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0571  phenylacetate--CoA ligase  29.07 
 
 		 432 aa  69.7  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1000  Phenylacetate--CoA ligase  26.74 
 
 		 428 aa  68.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.354493  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02970  possible capK protein  22.19 
 
 		 435 aa  68.6  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.240993  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3577  phenylacetate-CoA ligase  24.93 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.306139  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3550  phenylacetate-CoA ligase  24.93 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.489447  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2617  phenylacetate-CoA ligase  25.07 
 
 		 439 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179563  normal  0.174416 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1800  putative polysaccharide biosynthesis protein  23.18 
 
 		 448 aa  68.6  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2257  phenylacetate-CoA ligase  24.14 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.253945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0374  phenylacetate-CoA ligase  26.99 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000302001  hitchhiker  0.00000497277 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  26.25 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0950  phenylacetate-CoA ligase  27.04 
 
 		 433 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000041107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5526  phenylacetate-CoA ligase  26.06 
 
 		 449 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0759485  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1485  phenylacetate-CoA ligase  24.14 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2247  phenylacetate-CoA ligase  24.14 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0997438  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  25.37 
 
 		 433 aa  67.8  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3279  phenylacetate-CoA ligase  24.78 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1449  phenylacetate-CoA ligase  26.4 
 
 		 429 aa  67.4  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1584  phenylacetate-CoA ligase  24.14 
 
 		 437 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0052  Phenylacetate--CoA ligase  25.82 
 
 		 441 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3568  phenylacetate-CoA ligase  24.66 
 
 		 432 aa  67  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172482  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  24.59 
 
 		 434 aa  67  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0040  Phenylacetate--CoA ligase  25.82 
 
 		 441 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.373743  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  27.03 
 
 		 458 aa  67  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0036  phenylacetate-CoA ligase  25.82 
 
 		 441 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0460  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  29.73 
 
 		 421 aa  67  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2480  phenylacetate-CoA ligase  24.78 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0437  Phenylacetate--CoA ligase  25.47 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.288534  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  25.54 
 
 		 442 aa  66.2  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  27.22 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>