200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4139 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4139  adenylate-forming enzyme  100 
 
 		 428 aa  882    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4420  adenylate-forming enzyme  91.33 
 
 		 428 aa  813    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2866  putative adenylate-forming enzyme  71.16 
 
 		 427 aa  610  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.879124 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2104  hypothetical protein  67.61 
 
 		 428 aa  589  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2214  adenylate-forming enzyme  67.61 
 
 		 428 aa  586  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.362513  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2503  hypothetical protein  67.38 
 
 		 428 aa  586  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239215 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1598  hypothetical protein  41.75 
 
 		 424 aa  317  2e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3014  hypothetical protein  40.1 
 
 		 445 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2999  coenzyme F390 synthetase  40.1 
 
 		 445 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0176304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3246  hypothetical protein  40.1 
 
 		 445 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3245  hypothetical protein  40.1 
 
 		 445 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2936  hypothetical protein  39.85 
 
 		 445 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2955  putative adenylate-forming enzyme  38.86 
 
 		 445 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0260622  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0672  putative adenylate-forming enzyme  42.2 
 
 		 426 aa  292  7e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.393226  normal  0.19612 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3110  adenylate-forming enzyme  32.4 
 
 		 430 aa  265  1e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00628752  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002732  coenzyme F390 synthetase  38.48 
 
 		 419 aa  248  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0374  putative adenylate-forming enzyme  36.66 
 
 		 433 aa  230  4e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2997  coenzyme F390 synthetase-like protein  29.67 
 
 		 468 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4216  coenzyme F390 synthetase-like  26.78 
 
 		 456 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0016  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.09 
 
 		 480 aa  98.6  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3212  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.57 
 
 		 460 aa  92.8  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0875  Coenzyme F390 synthetase-like protein  25.15 
 
 		 563 aa  89.4  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2239  coenzyme F390 synthetase-like  25.06 
 
 		 466 aa  89.4  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1703  coenzyme F390 synthetase  24.14 
 
 		 472 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4480  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.89 
 
 		 454 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4311  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.89 
 
 		 454 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0828925  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4211  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.89 
 
 		 454 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.494942  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0449  putative capK protein  25.15 
 
 		 446 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1652  coenzyme F390 synthetase-like  30.3 
 
 		 361 aa  77.4  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.410876  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1074  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.4 
 
 		 461 aa  75.5  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.733782  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3882  CapK related-protein  30.36 
 
 		 480 aa  72.4  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0076  coenzyme F390 synthetase  20.34 
 
 		 442 aa  70.5  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.743579  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2035  coenzyme F390 synthetase-like protein  25.94 
 
 		 454 aa  70.1  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3269  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  25.78 
 
 		 457 aa  69.3  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2647  coenzyme F390 synthetase-like  26.16 
 
 		 467 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2519  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 		 448 aa  67.4  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.0166994 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3795  CapK protein, putative  27 
 
 		 475 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.217638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0135  CoA ligase  31.2 
 
 		 450 aa  66.6  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2454  coenzyme F390 synthetase  25.45 
 
 		 458 aa  66.6  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0582  hypothetical protein  26.47 
 
 		 479 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.661178  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4394  coenzyme F390 synthetase-like protein  28.74 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1793  putative CapK protein  27.57 
 
 		 441 aa  64.3  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0689  CapK related-protein  24 
 
 		 426 aa  63.5  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0582136  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00696  hypothetical protein  31.09 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1955  capK related-protein  25.16 
 
 		 453 aa  62.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6630  hypothetical protein  30 
 
 		 462 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.997054  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5015  putative polysaccharide biosynthesis protein  24.32 
 
 		 446 aa  61.6  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1971  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  25.45 
 
 		 453 aa  61.2  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  28.83 
 
 		 434 aa  61.2  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1919  hypothetical protein  21.84 
 
 		 493 aa  60.1  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2316  coenzyme F390 synthetase-like protein  27.35 
 
 		 450 aa  60.1  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1908  hypothetical protein  21.52 
 
 		 493 aa  59.3  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0676  putative CapK protein  30.08 
 
 		 459 aa  59.3  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0499803  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1535  CapK protein, putative  24.18 
 
 		 461 aa  59.3  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0614  CapK related-protein  26.1 
 
 		 445 aa  58.9  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.973847  normal  0.145617 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  43.64 
 
 		 432 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2526  Coenzyme F390 synthetase-like protein  20.63 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142234 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  25.26 
 
 		 434 aa  58.2  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0387  Coenzyme F390 synthetase-like protein  26.05 
 
 		 466 aa  57.8  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.602394  normal  0.432377 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0836  CapK related-protein  30.77 
 
 		 469 aa  57  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  26.19 
 
 		 432 aa  56.6  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2458  coenzyme F390 synthetase/phenylacetyl-CoA ligase  23.13 
 
 		 451 aa  57  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2311  capsular polysaccharide biosynthesis protein, putative  27.42 
 
 		 464 aa  55.8  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13410  phenylacetate-CoA ligase  31.3 
 
 		 435 aa  55.8  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0797  Phenylacetate--CoA ligase  41.67 
 
 		 433 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0291  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  25.61 
 
 		 453 aa  55.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  38.55 
 
 		 435 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  35.42 
 
 		 434 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  24.7 
 
 		 443 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0039  phenylacetate--CoA ligase  34.48 
 
 		 441 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.728722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  23.64 
 
 		 441 aa  54.7  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0602  coenzyme F390 synthetase  27.63 
 
 		 451 aa  54.3  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0488194  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13008  possible CapK protein  28.4 
 
 		 463 aa  54.3  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0922559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1800  coenzyme F390 synthetase-like  25.63 
 
 		 450 aa  54.3  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0238175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1405  ABC transporter related  23.24 
 
 		 694 aa  53.9  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.112025  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  36.59 
 
 		 435 aa  53.9  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  37.97 
 
 		 434 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  27.88 
 
 		 438 aa  53.5  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1000  Phenylacetate--CoA ligase  26.15 
 
 		 428 aa  53.5  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.354493  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  22.74 
 
 		 432 aa  53.5  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2408  Phenylacetate--CoA ligase  25.61 
 
 		 429 aa  53.5  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0464701 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  26.88 
 
 		 432 aa  53.1  0.000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0052  Phenylacetate--CoA ligase  25.95 
 
 		 441 aa  53.1  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  25.45 
 
 		 433 aa  53.1  0.000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0040  Phenylacetate--CoA ligase  25.95 
 
 		 441 aa  53.1  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.373743  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1943  hypothetical protein  25.77 
 
 		 460 aa  52.8  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2411  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapK  25.61 
 
 		 451 aa  53.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3083  phenylacetate--CoA ligase  23.51 
 
 		 423 aa  53.1  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0036  phenylacetate-CoA ligase  25.95 
 
 		 441 aa  53.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  36.71 
 
 		 431 aa  52.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3091  phenylacetate--CoA ligase  26.6 
 
 		 437 aa  52.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000125462  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2310  coenzyme F390 synthetase-like protein  26.67 
 
 		 475 aa  53.1  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1200  hypothetical protein  25.71 
 
 		 448 aa  52.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0277555  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  29.37 
 
 		 447 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1925  hypothetical protein  24.26 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.132933  normal  0.100536 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  24.71 
 
 		 433 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1511  CoA ligase  26.75 
 
 		 437 aa  52.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.42571  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  25.75 
 
 		 432 aa  52  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2205  Coenzyme F390 synthetase-like protein  31.9 
 
 		 439 aa  51.2  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2792  phenylacetate--CoA ligase  28.05 
 
 		 440 aa  51.2  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>