More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0246 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0246  short chain dehydrogenase  100 
 
 
351 aa  694    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153805  normal  0.728482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2781  short chain dehydrogenase  72.08 
 
 
307 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2751  short chain dehydrogenase  71.43 
 
 
307 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424079  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.26 
 
 
308 aa  421  1e-117  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2795  short chain dehydrogenase  71.43 
 
 
307 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.145594  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.42 
 
 
308 aa  377  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.570438  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0897  short chain dehydrogenase  60.19 
 
 
304 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4136  short chain dehydrogenase  61.78 
 
 
304 aa  367  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.210965  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1242  short chain dehydrogenase  62.03 
 
 
308 aa  363  2e-99  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3979  short chain dehydrogenase  62.66 
 
 
304 aa  363  2e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0555299  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0581  short chain dehydrogenase  61.46 
 
 
303 aa  359  4e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.952569  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.58 
 
 
309 aa  359  4e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591318  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1029  short chain dehydrogenase  57.28 
 
 
304 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0585  short chain dehydrogenase  63.12 
 
 
314 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0371  short chain dehydrogenase  61.9 
 
 
305 aa  355  5e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0551  short chain dehydrogenase  63.46 
 
 
303 aa  345  8e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0592  short chain dehydrogenase  58.68 
 
 
303 aa  344  1e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.87 
 
 
304 aa  329  4e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0115254  normal  0.127014 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2046  glucose/ribitol dehydrogenase  59.55 
 
 
550 aa  318  1e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.164018  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
305 aa  316  4e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303989  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0102  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57 
 
 
304 aa  299  6e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.440904  hitchhiker  0.000946553 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  51.57 
 
 
304 aa  297  2e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.907148 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3383  short chain dehydrogenase  55.9 
 
 
298 aa  279  5e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.479442 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
303 aa  272  6e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.52 
 
 
307 aa  269  5e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.122306  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.58 
 
 
302 aa  269  5.9999999999999995e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.56 
 
 
304 aa  268  8.999999999999999e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.607685  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.82 
 
 
303 aa  266  4e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.33 
 
 
293 aa  266  5.999999999999999e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.57979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23700  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  49.01 
 
 
315 aa  261  8.999999999999999e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.256635 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
298 aa  202  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
283 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.39 
 
 
287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2372  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
290 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3727  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
279 aa  153  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
283 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
324 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0229278  normal  0.993733 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 
324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
284 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0183767 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
286 aa  129  7.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1508  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
288 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316144  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
322 aa  120  3e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.067703  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
291 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12303  predicted protein  28.8 
 
 
334 aa  113  5e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4935  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838835  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422551  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1549  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
288 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4906  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
327 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.499645 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.93 
 
 
291 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.977972  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
286 aa  107  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.838169  normal  0.0136631 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.33 
 
 
277 aa  105  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
270 aa  92.8  7e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
270 aa  92.8  7e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
270 aa  92.8  7e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.44 
 
 
248 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.96 
 
 
255 aa  79.3  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  27.51 
 
 
264 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
239 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
268 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.208676  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.77 
 
 
262 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.52 
 
 
254 aa  76.3  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0198421 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.57 
 
 
247 aa  75.5  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
272 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0705302  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  29.65 
 
 
267 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
257 aa  73.6  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 
262 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
279 aa  72.4  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.151774  normal  0.0467336 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  31.67 
 
 
267 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
254 aa  72  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.507432  normal  0.250737 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
242 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.37 
 
 
237 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12310  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  29.81 
 
 
270 aa  72  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.3676  normal  0.223065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.28 
 
 
264 aa  71.2  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 
254 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.62 
 
 
264 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.616501 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  25.68 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 
263 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.93 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  25.22 
 
 
259 aa  70.1  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  29.88 
 
 
268 aa  69.3  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  30.52 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  27.06 
 
 
255 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.12 
 
 
248 aa  68.9  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.53 
 
 
260 aa  69.3  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
273 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.42 
 
 
256 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  28.44 
 
 
261 aa  68.9  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.85 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  28.69 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.23 
 
 
251 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
254 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.54 
 
 
248 aa  68.6  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
256 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.028348 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.49 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>