More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2570 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
298 aa  606  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.34 
 
 
304 aa  262  4.999999999999999e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.607685  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.5 
 
 
307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.122306  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
308 aa  229  4e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.570438  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3727  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.76 
 
 
279 aa  228  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1242  short chain dehydrogenase  44.56 
 
 
308 aa  228  9e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0897  short chain dehydrogenase  42.37 
 
 
304 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.59 
 
 
303 aa  224  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.23 
 
 
303 aa  222  6e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.12 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.57979  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3979  short chain dehydrogenase  43.73 
 
 
304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0555299  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4136  short chain dehydrogenase  43.73 
 
 
304 aa  220  3e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.210965  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0102  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
304 aa  219  6e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.440904  hitchhiker  0.000946553 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1029  short chain dehydrogenase  40.68 
 
 
304 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43 
 
 
309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591318  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0371  short chain dehydrogenase  42.62 
 
 
305 aa  216  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2751  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424079  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2795  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.145594  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2781  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
307 aa  212  7e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0592  short chain dehydrogenase  42.95 
 
 
303 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.79 
 
 
286 aa  204  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0581  short chain dehydrogenase  42.09 
 
 
303 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.952569  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3383  short chain dehydrogenase  46.85 
 
 
298 aa  202  7e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.479442 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0585  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2372  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0246  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 
351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153805  normal  0.728482 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.06 
 
 
322 aa  197  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.067703  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
302 aa  195  7e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
304 aa  194  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0115254  normal  0.127014 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
305 aa  191  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303989  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
283 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1508  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
288 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316144  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.87 
 
 
308 aa  191  1e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2046  glucose/ribitol dehydrogenase  42.76 
 
 
550 aa  189  5e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.164018  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0551  short chain dehydrogenase  41.08 
 
 
303 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
287 aa  186  4e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.09 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.01 
 
 
324 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0229278  normal  0.993733 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23700  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  41.11 
 
 
315 aa  183  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.256635 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4906  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
327 aa  180  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.499645 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1549  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
288 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.16 
 
 
304 aa  171  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.907148 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
291 aa  169  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.75 
 
 
284 aa  169  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12303  predicted protein  34.78 
 
 
334 aa  169  7e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4935  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
287 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
287 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422551  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
287 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
291 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.977972  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.99 
 
 
277 aa  159  5e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
280 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
286 aa  158  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.838169  normal  0.0136631 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
287 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0183767 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
270 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
270 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
270 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.208676  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0705302  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.81 
 
 
248 aa  106  4e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.64 
 
 
246 aa  105  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.64 
 
 
248 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.58 
 
 
244 aa  99.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.84 
 
 
252 aa  99.4  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.4 
 
 
247 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.91 
 
 
247 aa  97.1  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.15 
 
 
251 aa  97.1  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
264 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.616501 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 
280 aa  96.3  6e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.18 
 
 
249 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.45 
 
 
245 aa  95.9  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.41 
 
 
246 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.02 
 
 
246 aa  95.1  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 
269 aa  94.7  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0684  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.78 
 
 
249 aa  94  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.63 
 
 
295 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 
244 aa  92.8  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.41 
 
 
248 aa  92.8  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.84 
 
 
247 aa  92.4  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
295 aa  92.4  9e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.373471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
295 aa  92.4  9e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.33498 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
253 aa  92  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.66 
 
 
246 aa  92  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  29.39 
 
 
254 aa  91.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  28.74 
 
 
254 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3760  short chain dehydrogenase  29.01 
 
 
273 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.601387  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 
249 aa  91.7  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 
289 aa  92  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1603  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.27 
 
 
246 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0440497  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 
279 aa  90.9  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.424869  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.8 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.11 
 
 
245 aa  91.3  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.1 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.52 
 
 
246 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.63 
 
 
253 aa  91.7  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.02 
 
 
248 aa  90.5  3e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
272 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.15 
 
 
309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.173675  normal  0.186298 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  28.29 
 
 
252 aa  90.1  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1374  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.48 
 
 
247 aa  90.1  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>