More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0378 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
291 aa  585  1e-166  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
298 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.79 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.570438  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3727  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.91 
 
 
279 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1242  short chain dehydrogenase  40.33 
 
 
308 aa  162  9e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
293 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.57979  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
304 aa  158  9e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.607685  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3979  short chain dehydrogenase  36.93 
 
 
304 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0555299  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.68 
 
 
304 aa  157  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.907148 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0592  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
303 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.16 
 
 
307 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.122306  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
309 aa  154  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591318  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0371  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 
305 aa  152  7e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4136  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 
304 aa  152  8.999999999999999e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.210965  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23700  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.27 
 
 
315 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.256635 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.81 
 
 
302 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
308 aa  149  4e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
283 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303989  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1029  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
287 aa  146  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0102  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
304 aa  145  8.000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.440904  hitchhiker  0.000946553 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
304 aa  144  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0115254  normal  0.127014 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0581  short chain dehydrogenase  35.42 
 
 
303 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.952569  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
283 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0585  short chain dehydrogenase  35.4 
 
 
314 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0897  short chain dehydrogenase  35.31 
 
 
304 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2372  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
290 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.46 
 
 
303 aa  138  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2046  glucose/ribitol dehydrogenase  37.46 
 
 
550 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.164018  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
303 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.2 
 
 
280 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0551  short chain dehydrogenase  35.42 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3383  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 
298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.479442 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2751  short chain dehydrogenase  33.67 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424079  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2795  short chain dehydrogenase  33.67 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.145594  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2781  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
322 aa  126  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.067703  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0246  short chain dehydrogenase  33.12 
 
 
351 aa  126  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153805  normal  0.728482 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
277 aa  123  4e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 
284 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
324 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
324 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0229278  normal  0.993733 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1508  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316144  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1549  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
288 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
287 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
286 aa  116  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.838169  normal  0.0136631 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4935  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
287 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
287 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422551  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4906  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.499645 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12303  predicted protein  30.13 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.85 
 
 
250 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  28.85 
 
 
250 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
244 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.24 
 
 
254 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
254 aa  99.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.81 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
291 aa  96.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.977972  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  30.15 
 
 
250 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.5 
 
 
250 aa  93.6  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05161  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  29.28 
 
 
249 aa  93.2  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.426884  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
255 aa  93.2  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.5 
 
 
250 aa  93.6  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.15 
 
 
252 aa  92.8  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
255 aa  92.4  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.24 
 
 
270 aa  92.4  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
287 aa  92.4  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0183767 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
254 aa  92.4  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
254 aa  92.4  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  27.68 
 
 
249 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05091  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  27.68 
 
 
249 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  35.05 
 
 
256 aa  92  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0453  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.98 
 
 
249 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.465318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06560  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
245 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.67 
 
 
250 aa  91.3  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.63 
 
 
245 aa  90.5  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.31 
 
 
249 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
257 aa  90.1  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
268 aa  90.1  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  34.45 
 
 
254 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  34.45 
 
 
254 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  33.6 
 
 
246 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.86 
 
 
246 aa  88.6  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.14 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.424869  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0982  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.28 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.0572265 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
251 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
299 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.362258 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.65 
 
 
249 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
253 aa  88.2  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.7 
 
 
248 aa  87.8  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.58 
 
 
246 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.54 
 
 
247 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  29.18 
 
 
253 aa  87  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
257 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
269 aa  87  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>