More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3280 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
299 aa  591  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.362258 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.98 
 
 
295 aa  344  8.999999999999999e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.63 
 
 
295 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.373471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.63 
 
 
295 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.33498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.38 
 
 
295 aa  340  2e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.114191  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.81 
 
 
309 aa  338  5e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.173675  normal  0.186298 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4556  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.07 
 
 
295 aa  338  5e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.097517 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 
287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181549  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
262 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.106606  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
262 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
262 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.421633  normal  0.112004 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
271 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4264  hypothetical protein  54.48 
 
 
151 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306344  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 
298 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
286 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.12 
 
 
248 aa  112  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.98 
 
 
247 aa  112  9e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  40.72 
 
 
261 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.72 
 
 
261 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  31.47 
 
 
236 aa  109  5e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
254 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
252 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
255 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336427  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
254 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
252 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
262 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
255 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  35.71 
 
 
288 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.59 
 
 
254 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.95 
 
 
248 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
262 aa  106  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.143414  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
286 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
285 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
262 aa  105  7e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.869283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  39.91 
 
 
243 aa  105  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
246 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.78 
 
 
247 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 
334 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  38.91 
 
 
261 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.94 
 
 
247 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
251 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
261 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
335 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
285 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
286 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.99 
 
 
255 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
335 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  39.46 
 
 
243 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
286 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.37 
 
 
246 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.03 
 
 
251 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
250 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.03 
 
 
251 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  33.46 
 
 
255 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
268 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.03 
 
 
251 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
335 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.81 
 
 
292 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 
285 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.86 
 
 
251 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
293 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.32 
 
 
286 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.05 
 
 
248 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.86 
 
 
249 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.86 
 
 
259 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
288 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 
291 aa  102  9e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
293 aa  101  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 
255 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
251 aa  101  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
249 aa  101  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
285 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
259 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0536617  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
308 aa  100  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
270 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
251 aa  101  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 
247 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
255 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.75 
 
 
251 aa  100  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  34.08 
 
 
265 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
250 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
297 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
295 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 
250 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1817  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 
337 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
288 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.53 
 
 
246 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  39.39 
 
 
254 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.68 
 
 
245 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
333 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
297 aa  100  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
288 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
254 aa  99.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
249 aa  99.4  6e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0459105  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
269 aa  99.8  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
258 aa  99.4  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
247 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
255 aa  99  8e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>