More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0553 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 255 aa  518  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  41.43 
 
 		 254 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 259 aa  185  5e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.46 
 
 		 255 aa  182  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 		 255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2043  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 		 254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000170009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 263 aa  177  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 		 252 aa  176  5e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1400  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0683679  normal  0.781218 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 265 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4719  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 		 257 aa  169  4e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 		 262 aa  169  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6803  hypothetical protein  40.49 
 
 		 259 aa  169  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 		 254 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 270 aa  168  7e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 		 249 aa  168  7e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 256 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 		 256 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 253 aa  166  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0335723  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 		 257 aa  166  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  39.77 
 
 		 265 aa  166  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 		 241 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4196  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 252 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 267 aa  164  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5468  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.107727 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3552  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.4 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4815  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.6 
 
 		 247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.943755 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  36.51 
 
 		 263 aa  163  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.8 
 
 		 258 aa  162  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2818  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2791  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298424  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2835  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2568  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 		 251 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 		 257 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 		 257 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 254 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 254 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 257 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.77 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.78 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1573  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1629  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.974158  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 253 aa  159  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1526  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0339  short chain dehydrogenase  36 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 		 248 aa  159  5e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 251 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 252 aa  159  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 		 245 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.25 
 
 		 253 aa  158  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 		 255 aa  158  6e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.4 
 
 		 258 aa  158  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1298  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.14 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.145366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.89 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.68 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 		 265 aa  156  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>