More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0060 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
293 aa  592  1e-168  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.53 
 
 
308 aa  384  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.99 
 
 
298 aa  382  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.33 
 
 
297 aa  361  7.0000000000000005e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.31 
 
 
292 aa  346  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.58 
 
 
300 aa  346  3e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.42 
 
 
297 aa  343  2.9999999999999997e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
285 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.95 
 
 
285 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.22 
 
 
285 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.36 
 
 
286 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35800  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  62.01 
 
 
285 aa  332  3e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.82 
 
 
298 aa  331  8e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.88 
 
 
339 aa  330  1e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.84 
 
 
304 aa  330  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.91 
 
 
298 aa  329  3e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.03 
 
 
285 aa  328  7e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  58.63 
 
 
285 aa  328  8e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.09 
 
 
286 aa  328  9e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 
285 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.93 
 
 
286 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.6 
 
 
333 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.85 
 
 
285 aa  326  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.66 
 
 
285 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
299 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.58 
 
 
285 aa  325  6e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.03 
 
 
285 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.19 
 
 
288 aa  324  9e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.25 
 
 
335 aa  324  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  56.01 
 
 
297 aa  323  1e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.21 
 
 
334 aa  323  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  57.34 
 
 
294 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  57.34 
 
 
294 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  57.34 
 
 
294 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  57.34 
 
 
294 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.4 
 
 
288 aa  323  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  57.39 
 
 
307 aa  322  4e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.85 
 
 
285 aa  322  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
286 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.16 
 
 
337 aa  322  6e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  57.34 
 
 
294 aa  322  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.95 
 
 
335 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.64 
 
 
311 aa  320  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.35 
 
 
285 aa  321  9.999999999999999e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  55.82 
 
 
328 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.82 
 
 
328 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.49 
 
 
292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.93 
 
 
288 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  56.27 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
301 aa  319  3e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.99 
 
 
286 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
333 aa  318  7e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  56.38 
 
 
288 aa  318  9e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  55.94 
 
 
294 aa  317  1e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  55.94 
 
 
294 aa  317  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  55.94 
 
 
294 aa  317  1e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  55.94 
 
 
294 aa  317  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.59 
 
 
294 aa  316  3e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  55.59 
 
 
294 aa  316  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  55.59 
 
 
294 aa  316  3e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  55.59 
 
 
294 aa  315  6e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.68 
 
 
286 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.99 
 
 
306 aa  314  9.999999999999999e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 
285 aa  313  1.9999999999999998e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 
286 aa  312  3.9999999999999997e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.066838  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 
280 aa  311  6.999999999999999e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.93 
 
 
335 aa  311  9e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.93 
 
 
335 aa  311  9e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.07 
 
 
286 aa  311  1e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.95 
 
 
297 aa  310  2e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
290 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
290 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
290 aa  309  4e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.09 
 
 
309 aa  306  2.0000000000000002e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.11 
 
 
285 aa  306  2.0000000000000002e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
340 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.46 
 
 
292 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.3 
 
 
286 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3897  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  53.87 
 
 
294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  53.79 
 
 
286 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.93 
 
 
299 aa  302  6.000000000000001e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05560  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  56.49 
 
 
303 aa  301  1e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.38 
 
 
285 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.23 
 
 
285 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0858  Short-chain alcohol dehydrogenase  54.55 
 
 
289 aa  300  3e-80  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
285 aa  299  4e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.45 
 
 
285 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.45 
 
 
285 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.31 
 
 
284 aa  295  4e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.9 
 
 
285 aa  295  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  55 
 
 
313 aa  295  8e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
291 aa  295  8e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.86 
 
 
306 aa  294  1e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
285 aa  291  7e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
288 aa  291  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
296 aa  290  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
285 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
287 aa  288  6e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.24 
 
 
284 aa  288  1e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.38 
 
 
285 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>