More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4290 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_4290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
283 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.88 
 
 
283 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.53 
 
 
287 aa  520  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.14 
 
 
280 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2372  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.14 
 
 
290 aa  388  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.22 
 
 
284 aa  347  9e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
298 aa  192  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3979  short chain dehydrogenase  40 
 
 
304 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0555299  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0102  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
304 aa  178  9e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.440904  hitchhiker  0.000946553 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
309 aa  178  9e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591318  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
308 aa  178  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.570438  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
304 aa  172  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.607685  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
293 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.57979  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
303 aa  171  9e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1242  short chain dehydrogenase  40.34 
 
 
308 aa  171  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0371  short chain dehydrogenase  38.51 
 
 
305 aa  169  6e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.58 
 
 
307 aa  169  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.122306  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0897  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 
304 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0592  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
303 aa  166  4e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1029  short chain dehydrogenase  35 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3383  short chain dehydrogenase  41.55 
 
 
298 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.479442 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0581  short chain dehydrogenase  37 
 
 
303 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.952569  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2781  short chain dehydrogenase  37.42 
 
 
307 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0246  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 
351 aa  158  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153805  normal  0.728482 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2751  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
307 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424079  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2795  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
307 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.145594  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0585  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 
314 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.31 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303989  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0551  short chain dehydrogenase  36 
 
 
303 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4136  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 
304 aa  149  7e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.210965  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3727  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.13 
 
 
279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23700  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.35 
 
 
315 aa  144  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.256635 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2046  glucose/ribitol dehydrogenase  36.27 
 
 
550 aa  143  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.164018  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
291 aa  139  4.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
304 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0115254  normal  0.127014 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  34.24 
 
 
304 aa  137  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.907148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1508  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316144  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
322 aa  125  5e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.067703  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4906  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 
327 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.499645 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
286 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
324 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0229278  normal  0.993733 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.16 
 
 
324 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12303  predicted protein  30.13 
 
 
334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1549  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
288 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
287 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4935  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
287 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
287 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422551  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
277 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 
287 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0183767 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
286 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.838169  normal  0.0136631 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1745  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.66 
 
 
250 aa  90.5  3e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  27.31 
 
 
250 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  25.75 
 
 
250 aa  89.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.67 
 
 
291 aa  89.4  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.977972  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  25.75 
 
 
250 aa  89  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.45 
 
 
251 aa  88.2  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.44 
 
 
246 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.13 
 
 
252 aa  86.7  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.78 
 
 
250 aa  85.9  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.78 
 
 
250 aa  85.9  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
258 aa  85.9  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  26.7 
 
 
263 aa  85.5  9e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
244 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 
270 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 
270 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 
270 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.7 
 
 
246 aa  81.6  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  27.98 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  26.18 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05091  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  26.18 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05161  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  26.41 
 
 
249 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.426884  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.77 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  26.7 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.49 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1299  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  29.8 
 
 
928 aa  79.7  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
250 aa  79.7  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.323528  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1549  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.32 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.755021  normal  0.0732126 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0453  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  25.75 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.465318  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
257 aa  79  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06521  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  28.14 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.57 
 
 
248 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.88 
 
 
268 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.208676  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  27.12 
 
 
263 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  25.77 
 
 
263 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  28.84 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  27.68 
 
 
257 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  31.33 
 
 
254 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  25.69 
 
 
260 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.05 
 
 
247 aa  75.9  0.0000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.84 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 
244 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  26.27 
 
 
263 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>