More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0490 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
265 aa  538  9.999999999999999e-153  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  80.38 
 
 
270 aa  453  1.0000000000000001e-126  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  84.15 
 
 
262 aa  452  1.0000000000000001e-126  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  75.47 
 
 
263 aa  416  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  60.84 
 
 
263 aa  332  3e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  59.47 
 
 
264 aa  311  7.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
257 aa  259  4e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  46.54 
 
 
254 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  46.54 
 
 
254 aa  244  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  45.77 
 
 
254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 
254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  45.77 
 
 
254 aa  240  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.77 
 
 
254 aa  240  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  45.77 
 
 
254 aa  240  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  45.14 
 
 
254 aa  240  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  45.53 
 
 
289 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  45.77 
 
 
254 aa  240  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  45.14 
 
 
254 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  45.38 
 
 
254 aa  238  5.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  45.31 
 
 
258 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
272 aa  229  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  44.06 
 
 
255 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
255 aa  224  9e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  42.58 
 
 
257 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  42.53 
 
 
254 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
254 aa  221  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
256 aa  221  8e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
257 aa  219  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
257 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.14 
 
 
255 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
269 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
257 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
257 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
256 aa  215  8e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
256 aa  214  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
255 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.7 
 
 
258 aa  208  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.58 
 
 
257 aa  206  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
255 aa  204  9e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
253 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 
254 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.53 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.7 
 
 
258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.31 
 
 
255 aa  198  6e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.31 
 
 
258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.49 
 
 
259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 
256 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  40.87 
 
 
255 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
261 aa  195  8.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.36 
 
 
251 aa  194  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  42.19 
 
 
252 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  42.41 
 
 
251 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  41.76 
 
 
251 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.29 
 
 
258 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  42.64 
 
 
254 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  41.02 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.966986 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
265 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
256 aa  182  7e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
257 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.61 
 
 
251 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.61 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.61 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.86 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  41.47 
 
 
253 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
261 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
261 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2913  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.71 
 
 
261 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.12178  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  41.34 
 
 
261 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  41.73 
 
 
261 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.25 
 
 
251 aa  176  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  41.73 
 
 
261 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.73 
 
 
261 aa  176  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.94 
 
 
261 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
260 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.39 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.7 
 
 
253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.7 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.7 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000566262 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.15 
 
 
253 aa  172  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.15 
 
 
253 aa  172  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2989  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.15 
 
 
253 aa  172  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0709919  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.7 
 
 
253 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 
251 aa  170  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2624  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.13 
 
 
248 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000523839  unclonable  0.000000000127004 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.31 
 
 
253 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.34 
 
 
248 aa  169  5e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2293  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.13 
 
 
248 aa  168  7e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000712528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>