More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3727 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3727  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
279 aa  579  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
298 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
324 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0229278  normal  0.993733 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
324 aa  209  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
286 aa  209  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
322 aa  205  5e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.067703  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4906  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.499645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0183767 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
293 aa  188  7e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.57979  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12303  predicted protein  37.54 
 
 
334 aa  187  2e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1549  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 
288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1508  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
288 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316144  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
308 aa  176  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.570438  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
287 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4935  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
287 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
287 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422551  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3979  short chain dehydrogenase  37.68 
 
 
304 aa  175  8e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0555299  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0102  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 
304 aa  172  7.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.440904  hitchhiker  0.000946553 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
307 aa  170  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.122306  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
304 aa  170  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.607685  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
286 aa  170  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.838169  normal  0.0136631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0897  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
304 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
303 aa  168  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4136  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.210965  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1029  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0581  short chain dehydrogenase  35.99 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.952569  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
309 aa  163  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591318  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0585  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
303 aa  163  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1242  short chain dehydrogenase  36.01 
 
 
308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.42 
 
 
304 aa  162  8.000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.907148 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0592  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 
303 aa  161  9e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0371  short chain dehydrogenase  34.83 
 
 
305 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
302 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
277 aa  154  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0115254  normal  0.127014 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2372  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
291 aa  152  4e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0246  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
351 aa  153  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153805  normal  0.728482 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0551  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
303 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
283 aa  149  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3383  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 
298 aa  149  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.479442 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
305 aa  149  6e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303989  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
287 aa  148  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23700  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  30.14 
 
 
315 aa  145  9e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.256635 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2046  glucose/ribitol dehydrogenase  35.25 
 
 
550 aa  145  9e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.164018  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2781  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
307 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
308 aa  140  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.13 
 
 
283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
284 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 
291 aa  138  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.977972  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2751  short chain dehydrogenase  31.86 
 
 
307 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424079  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2795  short chain dehydrogenase  31.86 
 
 
307 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.145594  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
270 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
270 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
270 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
280 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.95 
 
 
268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.208676  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.85 
 
 
272 aa  125  5e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0705302  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
279 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.424869  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.15 
 
 
246 aa  94.4  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
244 aa  90.5  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
245 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
255 aa  89  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.13 
 
 
245 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.23 
 
 
246 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3873  short chain dehydrogenase  29.55 
 
 
273 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
255 aa  86.7  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.17 
 
 
247 aa  86.3  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
251 aa  85.9  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
289 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307947  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1337  short chain dehydrogenase  30.48 
 
 
269 aa  85.5  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.08 
 
 
246 aa  85.5  8e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.805429  normal  0.439717 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.7 
 
 
257 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.09 
 
 
270 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3295  short chain dehydrogenase  26.67 
 
 
272 aa  85.5  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  32.06 
 
 
254 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.91 
 
 
244 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.293604  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.317605  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
271 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.15 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3871  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3816  short chain dehydrogenase  26.92 
 
 
273 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.651668  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16540  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  27.9 
 
 
280 aa  84  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3900  short chain dehydrogenase  26.57 
 
 
273 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1333  short chain dehydrogenase  30.14 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.114191  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.95 
 
 
241 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0022  short chain dehydrogenase  28.32 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.74 
 
 
292 aa  82.8  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.79 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3760  short chain dehydrogenase  26.57 
 
 
273 aa  82.4  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.601387  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  28.57 
 
 
252 aa  82  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 
254 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 
254 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 
284 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.282253  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.72 
 
 
253 aa  82  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>