128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3341 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3341  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  100 
 
 		 751 aa  1505    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.127091  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3582  CRISPR-associated helicase Cas3  48.65 
 
 		 759 aa  635  1e-180  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0498  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  36.82 
 
 		 724 aa  391  1e-107  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1476  metal dependent phosphohydrolase  30.25 
 
 		 728 aa  345  2e-93  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0102234  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0475  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  35 
 
 		 717 aa  342  2e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2978  metal dependent phosphohydrolase  35.49 
 
 		 745 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  34 
 
 		 731 aa  333  5e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0657  CRISPR-associated helicase Cas3  33.76 
 
 		 732 aa  332  2e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.354251  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  37.6 
 
 		 740 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  33.33 
 
 		 753 aa  323  6e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.650204  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  33.98 
 
 		 722 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1979  metal dependent phosphohydrolase  35.98 
 
 		 732 aa  318  3e-85  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000184282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  36.51 
 
 		 904 aa  317  5e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.82 
 
 		 794 aa  317  5e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1626  metal dependent phosphohydrolase  35.1 
 
 		 782 aa  310  5.9999999999999995e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.869451  normal  0.728835 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  31.72 
 
 		 739 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3901  CRISPR-associated helicase Cas3  32.04 
 
 		 825 aa  302  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3970  metal dependent phosphohydrolase  34.95 
 
 		 792 aa  298  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  34.33 
 
 		 1084 aa  298  2e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0828  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  35.85 
 
 		 752 aa  293  5e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1436  CRISPR-associated helicase Cas3  37.5 
 
 		 667 aa  291  4e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  35.55 
 
 		 772 aa  286  7e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1295  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.06 
 
 		 692 aa  281  2e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  34.7 
 
 		 1078 aa  278  3e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3519  metal dependent phosphohydrolase  29.84 
 
 		 829 aa  276  8e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.102828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31630  CRISPR-associated helicase Cas3  34.07 
 
 		 661 aa  276  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0601  metal dependent phosphohydrolase  33.24 
 
 		 745 aa  272  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1010  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.76 
 
 		 824 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  33.47 
 
 		 722 aa  265  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1941  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.47 
 
 		 744 aa  260  6e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.557598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0850  hypothetical protein  26.91 
 
 		 834 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3651  CRISPR-associated helicase Cas3  29.08 
 
 		 801 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  25.07 
 
 		 765 aa  190  7e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.69 
 
 		 820 aa  190  1e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1070  CRISPR-associated helicase Cas3  23.37 
 
 		 772 aa  187  7e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.894632  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0641  CRISPR-associated helicase Cas3  28.73 
 
 		 804 aa  187  8e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.674824  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  26.81 
 
 		 836 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  24.87 
 
 		 784 aa  178  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15220  CRISPR-associated helicase Cas3  25.12 
 
 		 822 aa  177  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.280278  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  28.77 
 
 		 800 aa  172  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0267  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.41 
 
 		 821 aa  172  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  27.84 
 
 		 807 aa  170  8e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.09 
 
 		 724 aa  169  2e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 		 778 aa  169  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  29.77 
 
 		 776 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3204  CRISPR-associated helicase Cas3  23.59 
 
 		 800 aa  165  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0308  CRISPR-associated helicase Cas3  28.87 
 
 		 777 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  27.7 
 
 		 781 aa  162  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2186  CRISPR-associated HD domain protein  30.73 
 
 		 729 aa  162  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  31.01 
 
 		 821 aa  160  8e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  28.9 
 
 		 783 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2428  CRISPR-associated helicase Cas3  30.68 
 
 		 858 aa  155  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  26.24 
 
 		 721 aa  154  7e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0794  helicase-like protein  31.48 
 
 		 747 aa  150  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.850322  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  24.61 
 
 		 733 aa  150  1.0000000000000001e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  22.73 
 
 		 651 aa  140  6e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1879  CRISPR-associated helicase Cas3  27.88 
 
 		 730 aa  140  7.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  30.96 
 
 		 864 aa  137  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2836  putative helicase  31.77 
 
 		 856 aa  126  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3933  CRISPR-associated helicase Cas3  27.92 
 
 		 805 aa  117  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3329  putative helicase  27.77 
 
 		 939 aa  112  3e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0396  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  23.84 
 
 		 792 aa  109  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.514257  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1805  hypothetical protein  25.5 
 
 		 794 aa  108  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1125  CRISPR-associated helicase Cas3  24.12 
 
 		 880 aa  102  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00422902  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0663  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  20.9 
 
 		 738 aa  102  4e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.98376  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  28.42 
 
 		 750 aa  92  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3002  CRISPR-associated helicase Cas3  26.35 
 
 		 794 aa  90.9  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.201013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  26.22 
 
 		 775 aa  90.5  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  25.43 
 
 		 726 aa  88.2  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  27.07 
 
 		 762 aa  84  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  25.52 
 
 		 737 aa  82.8  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.93 
 
 		 750 aa  77  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  30.69 
 
 		 922 aa  75.5  0.000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  25.56 
 
 		 804 aa  70.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  25.72 
 
 		 899 aa  70.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  28.01 
 
 		 779 aa  70.1  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  26.79 
 
 		 860 aa  69.7  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  28.65 
 
 		 799 aa  70.1  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.99 
 
 		 736 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  25.38 
 
 		 763 aa  68.6  0.0000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  23.46 
 
 		 741 aa  68.2  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  22 
 
 		 744 aa  67.8  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  23.93 
 
 		 741 aa  68.2  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  27.7 
 
 		 783 aa  67.4  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  27.96 
 
 		 860 aa  66.6  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  26.48 
 
 		 905 aa  64.3  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  26.59 
 
 		 594 aa  62.8  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  26.76 
 
 		 781 aa  62.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  27.29 
 
 		 901 aa  62  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  27.93 
 
 		 801 aa  60.5  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  21.94 
 
 		 764 aa  60.1  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  27.57 
 
 		 854 aa  60.1  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  27.59 
 
 		 795 aa  60.5  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  27 
 
 		 1027 aa  59.7  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  25.11 
 
 		 729 aa  59.3  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  26.58 
 
 		 871 aa  59.7  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 		 917 aa  58.9  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  25.41 
 
 		 929 aa  57.8  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  26.33 
 
 		 919 aa  57.4  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  24.61 
 
 		 854 aa  55.8  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>