97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1161 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  50.32 
 
 
753 aa  691    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.650204  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
794 aa  1623    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0657  CRISPR-associated helicase Cas3  49.3 
 
 
732 aa  630  1e-179  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.354251  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  46.03 
 
 
722 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1436  CRISPR-associated helicase Cas3  46.07 
 
 
667 aa  549  1e-155  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1295  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  45.69 
 
 
692 aa  528  1e-148  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  38.35 
 
 
731 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  41.51 
 
 
740 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2978  metal dependent phosphohydrolase  41.22 
 
 
745 aa  444  1e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1476  metal dependent phosphohydrolase  36.77 
 
 
728 aa  426  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0102234  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  37.22 
 
 
739 aa  426  1e-118  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0475  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  39.16 
 
 
717 aa  415  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3970  metal dependent phosphohydrolase  40.7 
 
 
792 aa  405  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0498  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  37.76 
 
 
724 aa  400  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0601  metal dependent phosphohydrolase  37.69 
 
 
745 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31630  CRISPR-associated helicase Cas3  40.56 
 
 
661 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1979  metal dependent phosphohydrolase  37.53 
 
 
732 aa  380  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000184282  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  42.71 
 
 
722 aa  365  3e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1941  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  36.81 
 
 
744 aa  363  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.557598  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0828  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.19 
 
 
752 aa  352  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1626  metal dependent phosphohydrolase  36.88 
 
 
782 aa  342  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.869451  normal  0.728835 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  38.21 
 
 
904 aa  322  9.999999999999999e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3901  CRISPR-associated helicase Cas3  37.33 
 
 
825 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3341  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  35.82 
 
 
751 aa  317  5e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.127091  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  38.14 
 
 
772 aa  314  3.9999999999999997e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3519  metal dependent phosphohydrolase  35 
 
 
829 aa  305  3.0000000000000004e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.102828  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1010  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.31 
 
 
824 aa  299  2e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  36.95 
 
 
1084 aa  292  2e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  35.3 
 
 
1078 aa  291  3e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3582  CRISPR-associated helicase Cas3  34.94 
 
 
759 aa  285  3.0000000000000004e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3651  CRISPR-associated helicase Cas3  29.33 
 
 
801 aa  274  6e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0850  hypothetical protein  28.57 
 
 
834 aa  271  4e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  28.22 
 
 
836 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0308  CRISPR-associated helicase Cas3  27.12 
 
 
777 aa  184  6e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  26.01 
 
 
800 aa  181  4e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  28.81 
 
 
776 aa  178  4e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3204  CRISPR-associated helicase Cas3  25.16 
 
 
800 aa  177  7e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0641  CRISPR-associated helicase Cas3  27.51 
 
 
804 aa  171  5e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.674824  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  24.38 
 
 
778 aa  169  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15220  CRISPR-associated helicase Cas3  30.05 
 
 
822 aa  167  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.280278  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  26.59 
 
 
765 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2836  putative helicase  28.67 
 
 
856 aa  165  3e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329885  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  28.61 
 
 
784 aa  162  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  31.1 
 
 
821 aa  160  6e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  24.32 
 
 
820 aa  159  2e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  24.49 
 
 
733 aa  157  7e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1070  CRISPR-associated helicase Cas3  23.06 
 
 
772 aa  157  9e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.894632  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0267  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.86 
 
 
821 aa  156  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  29.64 
 
 
807 aa  153  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1879  CRISPR-associated helicase Cas3  25.29 
 
 
730 aa  153  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  27.74 
 
 
781 aa  152  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24 
 
 
724 aa  151  5e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  23.86 
 
 
651 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  25.07 
 
 
721 aa  147  9e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2186  CRISPR-associated HD domain protein  27.54 
 
 
729 aa  147  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2428  CRISPR-associated helicase Cas3  33.33 
 
 
858 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  27.16 
 
 
783 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  30.67 
 
 
864 aa  139  2e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0794  helicase-like protein  30 
 
 
747 aa  139  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.850322  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3933  CRISPR-associated helicase Cas3  28.15 
 
 
805 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3002  CRISPR-associated helicase Cas3  21.55 
 
 
794 aa  97.4  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.201013  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0396  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  23.67 
 
 
792 aa  96.3  2e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.514257  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1125  CRISPR-associated helicase Cas3  22.86 
 
 
880 aa  95.9  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00422902  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3329  putative helicase  27.44 
 
 
939 aa  94.4  8e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0663  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  20.31 
 
 
738 aa  92.4  3e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.98376  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1805  hypothetical protein  21.55 
 
 
794 aa  90.1  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  24.27 
 
 
783 aa  72.8  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 
795 aa  72.4  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  25.35 
 
 
779 aa  68.9  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  24.93 
 
 
775 aa  67  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  23.74 
 
 
744 aa  67  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  27.39 
 
 
801 aa  64.7  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  25.83 
 
 
1027 aa  64.3  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  24.79 
 
 
762 aa  63.9  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  24.3 
 
 
781 aa  62.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  21.88 
 
 
750 aa  63.5  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.92 
 
 
736 aa  62.4  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  22.25 
 
 
804 aa  62.4  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 
741 aa  59.7  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  35.06 
 
 
750 aa  58.5  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  20.94 
 
 
729 aa  56.2  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1171  CRISPR-associated HD domain-containing protein  24.55 
 
 
316 aa  55.1  0.000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.159368 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  20.75 
 
 
737 aa  55.1  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  23.21 
 
 
726 aa  53.9  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 
799 aa  53.1  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  24.03 
 
 
763 aa  51.2  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  23.89 
 
 
944 aa  49.7  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  19.72 
 
 
741 aa  50.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  25.71 
 
 
901 aa  50.1  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  24.51 
 
 
885 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1141  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  46.94 
 
 
492 aa  46.2  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.607397  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  23.62 
 
 
948 aa  46.6  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2808  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  51.16 
 
 
933 aa  45.8  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2725  hypothetical protein  26.87 
 
 
157 aa  45.8  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1437  hypothetical protein  44.64 
 
 
83 aa  46.2  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4478  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.4 
 
 
967 aa  45.4  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  22.36 
 
 
778 aa  45.1  0.006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>