More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2252 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 200 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  73.74 
 
 		 196 aa  291  3e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  72.73 
 
 		 198 aa  287  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  72.22 
 
 		 198 aa  286  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  71.86 
 
 		 197 aa  283  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2131  riboflavin synthase subunit alpha  72.41 
 
 		 201 aa  282  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  71 
 
 		 198 aa  275  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  60.19 
 
 		 208 aa  241  5e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  62.56 
 
 		 196 aa  240  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  59.31 
 
 		 205 aa  239  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1227  riboflavin synthase, alpha subunit  59.5 
 
 		 202 aa  232  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  58.25 
 
 		 204 aa  226  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  55.5 
 
 		 203 aa  224  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  55.45 
 
 		 203 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_004310  BR0768  riboflavin synthase subunit alpha  56.65 
 
 		 202 aa  218  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0819  riboflavin synthase subunit alpha  57.35 
 
 		 206 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.311255 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2527  riboflavin synthase subunit alpha  56.72 
 
 		 202 aa  218  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.670524  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0761  riboflavin synthase subunit alpha  56.16 
 
 		 202 aa  218  7e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1614  riboflavin synthase subunit alpha  56.5 
 
 		 204 aa  217  7.999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  57.71 
 
 		 205 aa  217  8.999999999999998e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1137  riboflavin synthase subunit alpha  56.28 
 
 		 204 aa  216  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2107  riboflavin synthase, alpha subunit  56.06 
 
 		 207 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2637  riboflavin synthase subunit alpha  55.45 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23993  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3007  riboflavin synthase subunit alpha  54.68 
 
 		 202 aa  210  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  53.23 
 
 		 207 aa  210  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  56.65 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3362  riboflavin synthase, alpha subunit  54.59 
 
 		 212 aa  207  6e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4646  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 		 202 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864914  normal  0.264101 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1817  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 		 202 aa  206  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35102  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3167  riboflavin synthase, alpha subunit  54.59 
 
 		 212 aa  204  8e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5294  riboflavin synthase, alpha subunit  53.4 
 
 		 213 aa  202  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287836  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3491  riboflavin synthase, alpha subunit  54.15 
 
 		 212 aa  201  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.178161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3101  riboflavin synthase, alpha subunit  54.73 
 
 		 211 aa  201  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905036  decreased coverage  0.00949736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  52 
 
 		 203 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2674  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 		 202 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00828025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2662  riboflavin synthase subunit alpha  52.97 
 
 		 202 aa  194  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0632112  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 205 aa  193  1e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  55.22 
 
 		 227 aa  193  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1724  riboflavin synthase subunit alpha  53 
 
 		 209 aa  192  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.455199  normal  0.104146 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1534  riboflavin synthase subunit alpha  47.5 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00190054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  47.47 
 
 		 220 aa  177  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  48.22 
 
 		 221 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  48.22 
 
 		 221 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  48.22 
 
 		 221 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  48.22 
 
 		 221 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  46.46 
 
 		 221 aa  174  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 219 aa  174  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  48.73 
 
 		 220 aa  174  8e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  48.24 
 
 		 216 aa  174  9e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  49.75 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  49.24 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  47.47 
 
 		 215 aa  172  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3109  riboflavin synthase subunit alpha  48.31 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719582  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  48.22 
 
 		 220 aa  171  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  46.53 
 
 		 217 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  47.55 
 
 		 210 aa  171  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  45.54 
 
 		 219 aa  171  9e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  48.22 
 
 		 220 aa  170  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  47.72 
 
 		 219 aa  169  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  45.32 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  49.75 
 
 		 220 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  45.32 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  45.32 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  45.32 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  45.59 
 
 		 221 aa  168  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  49.24 
 
 		 220 aa  168  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  46.19 
 
 		 221 aa  168  5e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  44.16 
 
 		 200 aa  168  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1304  riboflavin synthase, alpha subunit  45.05 
 
 		 216 aa  167  7e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.851086  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  45.92 
 
 		 220 aa  167  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  44.83 
 
 		 218 aa  167  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  44.33 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3094  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.112712 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1421  riboflavin synthase subunit alpha  46.94 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00972231  normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  47.26 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  44.33 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  44.33 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  44.78 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2005  riboflavin synthase subunit alpha  41 
 
 		 218 aa  165  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0140108  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  45.96 
 
 		 217 aa  165  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2925  riboflavin synthase subunit alpha  44.78 
 
 		 215 aa  165  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 209 aa  165  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 		 201 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2946  riboflavin synthase subunit alpha  48.29 
 
 		 205 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0853  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 200 aa  164  5.9999999999999996e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1857  riboflavin synthase subunit alpha  48.47 
 
 		 220 aa  164  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.978588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  43.84 
 
 		 218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0663  riboflavin synthase subunit alpha  46.34 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.197144 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0707  riboflavin synthase subunit alpha  46.34 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0752596  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2833  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.226498  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 208 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 199 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  45.37 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  45.89 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  45.89 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 219 aa  161  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1446  riboflavin synthase subunit alpha  43.94 
 
 		 216 aa  161  6e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  46.7 
 
 		 221 aa  161  6e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  44.93 
 
 		 209 aa  161  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>