More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1614 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1614  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 204 aa  414  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  83.17 
 
 		 203 aa  358  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  82.27 
 
 		 203 aa  357  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0819  riboflavin synthase subunit alpha  81.28 
 
 		 206 aa  348  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.311255 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2527  riboflavin synthase subunit alpha  74.26 
 
 		 202 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.670524  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0768  riboflavin synthase subunit alpha  73.27 
 
 		 202 aa  311  5.999999999999999e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0761  riboflavin synthase subunit alpha  73.27 
 
 		 202 aa  309  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1137  riboflavin synthase subunit alpha  69.8 
 
 		 204 aa  293  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  62.69 
 
 		 205 aa  258  4e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  61.58 
 
 		 203 aa  239  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2131  riboflavin synthase subunit alpha  58.74 
 
 		 201 aa  232  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  59 
 
 		 196 aa  228  7e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2107  riboflavin synthase, alpha subunit  58.42 
 
 		 207 aa  225  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5294  riboflavin synthase, alpha subunit  59.05 
 
 		 213 aa  221  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287836  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3007  riboflavin synthase subunit alpha  58.91 
 
 		 202 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  60 
 
 		 198 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1227  riboflavin synthase, alpha subunit  58 
 
 		 202 aa  219  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  57.56 
 
 		 207 aa  218  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  56.5 
 
 		 200 aa  217  8.999999999999998e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3362  riboflavin synthase, alpha subunit  56.8 
 
 		 212 aa  217  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3167  riboflavin synthase, alpha subunit  56.31 
 
 		 212 aa  215  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3491  riboflavin synthase, alpha subunit  56.31 
 
 		 212 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.178161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  57.5 
 
 		 198 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  58 
 
 		 198 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  57.71 
 
 		 197 aa  212  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2637  riboflavin synthase subunit alpha  57.92 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23993  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3101  riboflavin synthase, alpha subunit  58.54 
 
 		 211 aa  209  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905036  decreased coverage  0.00949736 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2674  riboflavin synthase subunit alpha  56.16 
 
 		 202 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00828025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4646  riboflavin synthase subunit alpha  55.12 
 
 		 202 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864914  normal  0.264101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  51.78 
 
 		 196 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1534  riboflavin synthase subunit alpha  52.5 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00190054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  51.9 
 
 		 208 aa  194  9e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2662  riboflavin synthase subunit alpha  51.98 
 
 		 202 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0632112  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1817  riboflavin synthase subunit alpha  53.2 
 
 		 202 aa  191  6e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35102  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  50.72 
 
 		 204 aa  191  8e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  49.76 
 
 		 205 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1724  riboflavin synthase subunit alpha  52.48 
 
 		 209 aa  185  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.455199  normal  0.104146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  48.31 
 
 		 205 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  47.03 
 
 		 217 aa  163  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  44.44 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  43.94 
 
 		 216 aa  162  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  45.77 
 
 		 215 aa  162  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  48.22 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  44.12 
 
 		 220 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2833  riboflavin synthase subunit alpha  45.77 
 
 		 215 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.226498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2741  riboflavin synthase subunit alpha  45.77 
 
 		 215 aa  157  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  45.96 
 
 		 219 aa  157  9e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2925  riboflavin synthase subunit alpha  45.27 
 
 		 215 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  40.2 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  41.67 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  44 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  43.94 
 
 		 220 aa  154  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 219 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  42.86 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  43.94 
 
 		 221 aa  152  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  42.25 
 
 		 209 aa  151  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  43.41 
 
 		 210 aa  151  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  42.42 
 
 		 220 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 220 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  42.93 
 
 		 200 aa  149  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  39.11 
 
 		 218 aa  149  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 197 aa  148  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  39.22 
 
 		 220 aa  148  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  41.79 
 
 		 199 aa  148  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  41.67 
 
 		 219 aa  147  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  39.81 
 
 		 232 aa  147  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2602  riboflavin synthase, alpha subunit  41.87 
 
 		 205 aa  147  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1304  riboflavin synthase, alpha subunit  41.95 
 
 		 216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.851086  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2238  riboflavin synthase subunit alpha  39.11 
 
 		 215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  40.4 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  41.26 
 
 		 217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  41.15 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  40.59 
 
 		 208 aa  145  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2005  riboflavin synthase subunit alpha  40.1 
 
 		 218 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0140108  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 208 aa  144  7.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  36.27 
 
 		 220 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  42.23 
 
 		 209 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  38.05 
 
 		 217 aa  142  5e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 200 aa  142  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2809  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 214 aa  141  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.352562  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0547  riboflavin synthase subunit alpha  36.63 
 
 		 217 aa  140  9e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2078  riboflavin synthase, alpha subunit  39.18 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00424988  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  42.23 
 
 		 209 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1446  riboflavin synthase subunit alpha  41.12 
 
 		 216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0531  riboflavin synthase subunit alpha  36.63 
 
 		 217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.990747  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1847  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1907  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  42.71 
 
 		 218 aa  139  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  42.71 
 
 		 218 aa  139  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3916  riboflavin synthase subunit alpha  40.39 
 
 		 202 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  41.75 
 
 		 209 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0386  riboflavin synthase subunit alpha  37.95 
 
 		 214 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2144  riboflavin synthase subunit alpha  40.76 
 
 		 204 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3066  riboflavin synthase subunit alpha  40.76 
 
 		 204 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2599  riboflavin synthase subunit alpha  40.76 
 
 		 204 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>