More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2107 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2107  riboflavin synthase, alpha subunit  100 
 
 		 207 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1227  riboflavin synthase, alpha subunit  71.29 
 
 		 202 aa  297  7e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  65.69 
 
 		 207 aa  260  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5294  riboflavin synthase, alpha subunit  64.73 
 
 		 213 aa  254  9e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287836  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3007  riboflavin synthase subunit alpha  60.5 
 
 		 202 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3101  riboflavin synthase, alpha subunit  63.5 
 
 		 211 aa  244  9e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905036  decreased coverage  0.00949736 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4646  riboflavin synthase subunit alpha  63 
 
 		 202 aa  243  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864914  normal  0.264101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3491  riboflavin synthase, alpha subunit  62.93 
 
 		 212 aa  240  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.178161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1817  riboflavin synthase subunit alpha  60 
 
 		 202 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35102  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3362  riboflavin synthase, alpha subunit  62.44 
 
 		 212 aa  238  4e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3167  riboflavin synthase, alpha subunit  62.44 
 
 		 212 aa  238  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2637  riboflavin synthase subunit alpha  61 
 
 		 202 aa  237  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23993  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2674  riboflavin synthase subunit alpha  59 
 
 		 202 aa  231  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00828025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1724  riboflavin synthase subunit alpha  59.5 
 
 		 209 aa  229  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.455199  normal  0.104146 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1137  riboflavin synthase subunit alpha  59.61 
 
 		 204 aa  226  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2527  riboflavin synthase subunit alpha  56.44 
 
 		 202 aa  225  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.670524  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1614  riboflavin synthase subunit alpha  58.42 
 
 		 204 aa  225  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  56.22 
 
 		 197 aa  224  8e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2662  riboflavin synthase subunit alpha  58 
 
 		 202 aa  224  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0632112  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_004310  BR0768  riboflavin synthase subunit alpha  55.45 
 
 		 202 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  56.28 
 
 		 203 aa  222  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0761  riboflavin synthase subunit alpha  55.45 
 
 		 202 aa  221  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  57.07 
 
 		 196 aa  221  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  57.79 
 
 		 203 aa  217  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  57.71 
 
 		 203 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  56.5 
 
 		 198 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0819  riboflavin synthase subunit alpha  56.28 
 
 		 206 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.311255 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  56.06 
 
 		 200 aa  215  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2131  riboflavin synthase subunit alpha  55.61 
 
 		 201 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  52.28 
 
 		 205 aa  210  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  55 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  54.5 
 
 		 198 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  52.55 
 
 		 196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  54.11 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  49.76 
 
 		 207 aa  197  7e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  53.2 
 
 		 205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  47.6 
 
 		 204 aa  193  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1534  riboflavin synthase subunit alpha  51.01 
 
 		 201 aa  187  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00190054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 205 aa  185  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  50.51 
 
 		 209 aa  177  9e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  48.26 
 
 		 219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  50 
 
 		 220 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  45.18 
 
 		 221 aa  169  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  46.19 
 
 		 220 aa  168  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  46.94 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  46.94 
 
 		 214 aa  167  7e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  46.19 
 
 		 219 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  44.61 
 
 		 217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2833  riboflavin synthase subunit alpha  49.25 
 
 		 215 aa  164  8e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.226498  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  45.69 
 
 		 219 aa  164  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 219 aa  164  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  45.92 
 
 		 216 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  45.67 
 
 		 220 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2925  riboflavin synthase subunit alpha  49.25 
 
 		 215 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2741  riboflavin synthase subunit alpha  48.26 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  46.31 
 
 		 197 aa  162  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 		 199 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  46.19 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  47.96 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  42.72 
 
 		 215 aa  160  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  48.74 
 
 		 219 aa  160  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  47.96 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1981  riboflavin synthase subunit alpha  44.33 
 
 		 216 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  42.99 
 
 		 209 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  47.24 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  42.86 
 
 		 210 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3463  hypothetical protein  44.22 
 
 		 199 aa  159  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  46.19 
 
 		 220 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4063  riboflavin synthase subunit alpha  44.08 
 
 		 211 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  45.18 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  44.16 
 
 		 200 aa  158  5e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  39.9 
 
 		 217 aa  157  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  46.63 
 
 		 217 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  46.5 
 
 		 200 aa  157  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  39.15 
 
 		 220 aa  156  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  42.86 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1372  riboflavin synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 199 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.336061  normal  0.17313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  41.79 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  43.48 
 
 		 218 aa  156  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2182  riboflavin synthase subunit alpha  43.37 
 
 		 215 aa  155  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000398274  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  45.27 
 
 		 201 aa  155  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  44.16 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2779  riboflavin synthase, alpha subunit  39.6 
 
 		 211 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  43.72 
 
 		 221 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  38.46 
 
 		 217 aa  154  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  40.64 
 
 		 232 aa  154  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15720  riboflavin synthase, alpha subunit  44.39 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2092  riboflavin synthase subunit alpha  47.9 
 
 		 187 aa  153  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2996  riboflavin synthase, alpha subunit  43.27 
 
 		 202 aa  153  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.427798  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1847  riboflavin synthase subunit alpha  42.65 
 
 		 200 aa  153  2e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  45.37 
 
 		 209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  43.5 
 
 		 217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1907  riboflavin synthase subunit alpha  42.65 
 
 		 200 aa  152  4e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  43.06 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>