More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1557 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 197 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  74.87 
 
 		 196 aa  293  1e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2131  riboflavin synthase subunit alpha  71 
 
 		 201 aa  289  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  71.86 
 
 		 200 aa  283  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  69.19 
 
 		 198 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  69.19 
 
 		 198 aa  271  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  69.7 
 
 		 198 aa  271  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  64.59 
 
 		 208 aa  252  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  59 
 
 		 205 aa  238  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  61.66 
 
 		 196 aa  234  7e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1227  riboflavin synthase, alpha subunit  59.9 
 
 		 202 aa  227  8e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2107  riboflavin synthase, alpha subunit  56.22 
 
 		 207 aa  224  7e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  60.29 
 
 		 204 aa  223  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0768  riboflavin synthase subunit alpha  59.2 
 
 		 202 aa  221  4e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0761  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 202 aa  220  9e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1137  riboflavin synthase subunit alpha  57.43 
 
 		 204 aa  220  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  58.91 
 
 		 205 aa  219  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2527  riboflavin synthase subunit alpha  57.71 
 
 		 202 aa  217  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.670524  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  54.73 
 
 		 203 aa  215  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  56.22 
 
 		 203 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  56.72 
 
 		 203 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0819  riboflavin synthase subunit alpha  57.21 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.311255 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1614  riboflavin synthase subunit alpha  57.71 
 
 		 204 aa  212  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3007  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 		 202 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  55.83 
 
 		 207 aa  209  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  53.77 
 
 		 205 aa  208  4e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2637  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 		 202 aa  203  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23993  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3101  riboflavin synthase, alpha subunit  58.13 
 
 		 211 aa  202  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905036  decreased coverage  0.00949736 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1817  riboflavin synthase subunit alpha  52.97 
 
 		 202 aa  201  7e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35102  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2674  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 		 202 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00828025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5294  riboflavin synthase, alpha subunit  55.45 
 
 		 213 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287836  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4646  riboflavin synthase subunit alpha  51.98 
 
 		 202 aa  197  7e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864914  normal  0.264101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3167  riboflavin synthase, alpha subunit  54.55 
 
 		 212 aa  195  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1724  riboflavin synthase subunit alpha  52.48 
 
 		 209 aa  195  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.455199  normal  0.104146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3362  riboflavin synthase, alpha subunit  53.59 
 
 		 212 aa  194  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 		 207 aa  194  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  52.06 
 
 		 220 aa  193  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3491  riboflavin synthase, alpha subunit  53.59 
 
 		 212 aa  192  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.178161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2662  riboflavin synthase subunit alpha  52.97 
 
 		 202 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0632112  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  51.79 
 
 		 220 aa  188  5e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  51.26 
 
 		 219 aa  180  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  48.99 
 
 		 221 aa  179  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  50.52 
 
 		 209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1534  riboflavin synthase subunit alpha  48.74 
 
 		 201 aa  178  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00190054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  48.26 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  49.23 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  46.46 
 
 		 217 aa  176  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  46.73 
 
 		 221 aa  175  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  175  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  175  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  175  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  174  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  47.18 
 
 		 218 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 220 aa  174  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  48.21 
 
 		 220 aa  174  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1421  riboflavin synthase subunit alpha  47.42 
 
 		 220 aa  173  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00972231  normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  45.96 
 
 		 217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  46.23 
 
 		 217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  48.48 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  48.74 
 
 		 221 aa  171  7.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  47.74 
 
 		 218 aa  170  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2005  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 		 218 aa  170  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0140108  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  47.74 
 
 		 218 aa  170  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  44.67 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2925  riboflavin synthase subunit alpha  47.96 
 
 		 215 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2833  riboflavin synthase subunit alpha  47.96 
 
 		 215 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.226498  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 199 aa  168  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  47.18 
 
 		 215 aa  168  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 220 aa  167  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  46.67 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  46.67 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  45.63 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  44.16 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  45.63 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 220 aa  165  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 		 210 aa  165  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  44.66 
 
 		 209 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 218 aa  164  8e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  47.94 
 
 		 217 aa  163  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2741  riboflavin synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 215 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3463  hypothetical protein  44.95 
 
 		 199 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2946  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 		 205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  44.17 
 
 		 209 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  45.64 
 
 		 219 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  46.15 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  44.17 
 
 		 209 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 216 aa  162  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  46.39 
 
 		 214 aa  161  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3109  riboflavin synthase subunit alpha  45.93 
 
 		 237 aa  161  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719582  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1304  riboflavin synthase, alpha subunit  44.79 
 
 		 216 aa  161  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.851086  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  46.39 
 
 		 214 aa  161  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0714  riboflavin synthase subunit alpha  46.8 
 
 		 217 aa  161  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.854328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  46.15 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  44.62 
 
 		 221 aa  161  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>