More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0515 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 221 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 221 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  99.55 
 
 		 221 aa  440  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 221 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  89.14 
 
 		 220 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  89.14 
 
 		 220 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  87.33 
 
 		 220 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  86.36 
 
 		 219 aa  387  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  87.78 
 
 		 220 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  85.91 
 
 		 219 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  85 
 
 		 219 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  69.09 
 
 		 220 aa  307  1.0000000000000001e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  68.04 
 
 		 220 aa  298  5e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0923  riboflavin synthase subunit alpha  61.19 
 
 		 218 aa  280  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  61.54 
 
 		 221 aa  279  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  61.82 
 
 		 220 aa  279  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  61.54 
 
 		 221 aa  271  7e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  269  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  269  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  269  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  269  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  61.36 
 
 		 217 aa  267  8e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  60.81 
 
 		 220 aa  267  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  60.91 
 
 		 218 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  60.91 
 
 		 217 aa  266  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  60.45 
 
 		 218 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  59.63 
 
 		 217 aa  263  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1860  riboflavin synthase subunit alpha  58.26 
 
 		 217 aa  264  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0164931  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  59.63 
 
 		 217 aa  261  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  60.73 
 
 		 227 aa  259  3e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  58.37 
 
 		 219 aa  258  6e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  57.47 
 
 		 221 aa  256  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  57.08 
 
 		 219 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  55.25 
 
 		 220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  60.09 
 
 		 221 aa  251  6e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  61.73 
 
 		 216 aa  250  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  58.11 
 
 		 220 aa  250  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  57.01 
 
 		 221 aa  241  7.999999999999999e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  53.02 
 
 		 232 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2469  riboflavin synthase subunit alpha  53.81 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.032999 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2140  riboflavin synthase subunit alpha  54.22 
 
 		 223 aa  228  5e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256216 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  53.64 
 
 		 218 aa  222  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  53.64 
 
 		 218 aa  222  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  54.12 
 
 		 200 aa  209  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2384  riboflavin synthase subunit alpha  55.15 
 
 		 200 aa  209  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.599759  normal  0.02171 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  55.44 
 
 		 199 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  52.27 
 
 		 218 aa  207  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  51.55 
 
 		 208 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  42.2 
 
 		 218 aa  199  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1847  riboflavin synthase subunit alpha  51.76 
 
 		 200 aa  199  3e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  53.54 
 
 		 197 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1907  riboflavin synthase subunit alpha  51.76 
 
 		 200 aa  199  3e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2809  riboflavin synthase subunit alpha  41.82 
 
 		 214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  48.04 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  51.03 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  52.82 
 
 		 208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1016  riboflavin synthase subunit alpha  43.18 
 
 		 214 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 		 201 aa  194  7e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  46.4 
 
 		 217 aa  192  4e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3942  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 214 aa  192  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  49.55 
 
 		 217 aa  191  8e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  49.01 
 
 		 209 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4019  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3852  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3866  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4134  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4332  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  48.76 
 
 		 210 aa  189  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4221  riboflavin synthase subunit alpha  41.82 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  49.01 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  46.58 
 
 		 215 aa  188  4e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2238  riboflavin synthase subunit alpha  45.87 
 
 		 215 aa  188  7e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  47.03 
 
 		 214 aa  188  7e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1875  riboflavin synthase subunit alpha  51.21 
 
 		 221 aa  188  7e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  46.58 
 
 		 214 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0620  riboflavin synthase subunit alpha  48.51 
 
 		 204 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  48.51 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0894  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4180  riboflavin synthase subunit alpha  41.82 
 
 		 214 aa  186  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1868  riboflavin synthase subunit alpha  49.5 
 
 		 220 aa  186  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4244  riboflavin synthase subunit alpha  41.82 
 
 		 214 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07100  riboflavin synthase, alpha subunit  44.2 
 
 		 223 aa  186  4e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.283211 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  48.02 
 
 		 209 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  49.01 
 
 		 209 aa  185  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  48.02 
 
 		 209 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3100  riboflavin synthase subunit alpha  49.5 
 
 		 204 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  43.69 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  48.18 
 
 		 217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1981  riboflavin synthase subunit alpha  44.04 
 
 		 216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0547  riboflavin synthase subunit alpha  43.84 
 
 		 217 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  49.22 
 
 		 196 aa  182  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4063  riboflavin synthase subunit alpha  47.03 
 
 		 211 aa  181  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0531  riboflavin synthase subunit alpha  43.84 
 
 		 217 aa  181  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.990747  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0766  riboflavin synthase subunit alpha  47.76 
 
 		 204 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2014  riboflavin synthase subunit alpha  47.76 
 
 		 204 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3066  riboflavin synthase subunit alpha  47.76 
 
 		 204 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3013  riboflavin synthase subunit alpha  47.76 
 
 		 204 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>