More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1312 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 221 aa  447  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  67.42 
 
 		 220 aa  299  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  61.99 
 
 		 220 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  61.54 
 
 		 221 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  61.54 
 
 		 221 aa  279  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  61.54 
 
 		 221 aa  279  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  61.54 
 
 		 221 aa  279  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  60.63 
 
 		 219 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  61.09 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  60.18 
 
 		 219 aa  275  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  60.27 
 
 		 217 aa  274  7e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  60.63 
 
 		 220 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0923  riboflavin synthase subunit alpha  57.27 
 
 		 218 aa  273  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  59.28 
 
 		 220 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  59.73 
 
 		 220 aa  272  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  59.36 
 
 		 217 aa  270  9e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1860  riboflavin synthase subunit alpha  57.53 
 
 		 217 aa  269  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0164931  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  58.18 
 
 		 220 aa  268  7e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  59.28 
 
 		 220 aa  264  7e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  58.64 
 
 		 220 aa  259  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  54.75 
 
 		 221 aa  250  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  53.65 
 
 		 232 aa  248  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  53.39 
 
 		 221 aa  248  6e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  57.01 
 
 		 218 aa  248  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  57.01 
 
 		 218 aa  248  6e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  57.01 
 
 		 218 aa  248  7e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  56.56 
 
 		 218 aa  247  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  55.41 
 
 		 217 aa  247  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  55.16 
 
 		 220 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 		 218 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 		 218 aa  241  7e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 		 218 aa  241  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  54.5 
 
 		 218 aa  240  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  54.71 
 
 		 217 aa  239  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  52.97 
 
 		 227 aa  239  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  54.5 
 
 		 218 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  52.49 
 
 		 219 aa  235  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  53.39 
 
 		 220 aa  235  4e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2469  riboflavin synthase subunit alpha  53.81 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.032999 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2140  riboflavin synthase subunit alpha  55.11 
 
 		 223 aa  233  3e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256216 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  55.61 
 
 		 216 aa  230  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  52.7 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  49.32 
 
 		 221 aa  217  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  49.09 
 
 		 219 aa  215  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2384  riboflavin synthase subunit alpha  53.61 
 
 		 200 aa  209  3e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.599759  normal  0.02171 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  48.96 
 
 		 218 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  48.96 
 
 		 218 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  51.78 
 
 		 199 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  48.08 
 
 		 209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  51.72 
 
 		 209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  42.01 
 
 		 218 aa  196  3e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  51.72 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  48.82 
 
 		 210 aa  195  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  51.26 
 
 		 197 aa  193  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  49.5 
 
 		 218 aa  192  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  51.72 
 
 		 209 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 209 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  43.69 
 
 		 217 aa  191  9e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 209 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 209 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0620  riboflavin synthase subunit alpha  49.26 
 
 		 204 aa  190  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2354  riboflavin synthase, alpha subunit  50.96 
 
 		 215 aa  190  1e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0725923  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4063  riboflavin synthase subunit alpha  49.76 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2144  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3066  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2599  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3101  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3013  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0766  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2014  riboflavin synthase subunit alpha  50.99 
 
 		 204 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  48.45 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1541  riboflavin synthase subunit alpha  49.75 
 
 		 209 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3916  riboflavin synthase subunit alpha  48.97 
 
 		 202 aa  188  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2238  riboflavin synthase subunit alpha  44.75 
 
 		 215 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3100  riboflavin synthase subunit alpha  49.5 
 
 		 204 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  50.26 
 
 		 201 aa  186  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1446  riboflavin synthase subunit alpha  43.18 
 
 		 216 aa  186  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  49.74 
 
 		 208 aa  186  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1073  riboflavin synthase subunit alpha  46.43 
 
 		 215 aa  185  6e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  48.45 
 
 		 200 aa  184  7e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  46.91 
 
 		 219 aa  184  7e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18150  riboflavin synthase, alpha subunit  49.5 
 
 		 200 aa  184  8e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0894  riboflavin synthase subunit alpha  48.77 
 
 		 204 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1868  riboflavin synthase subunit alpha  47.78 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  43.54 
 
 		 209 aa  182  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0386  riboflavin synthase subunit alpha  43.84 
 
 		 214 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1847  riboflavin synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 200 aa  181  6e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1907  riboflavin synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 200 aa  181  7e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2436  riboflavin synthase subunit alpha  51.76 
 
 		 203 aa  181  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.399629 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2389  riboflavin synthase subunit alpha  51.76 
 
 		 203 aa  181  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.160272  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07100  riboflavin synthase, alpha subunit  42.86 
 
 		 223 aa  180  1e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.283211 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  41.84 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2430  riboflavin synthase subunit alpha  51.76 
 
 		 203 aa  180  1e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1078  riboflavin synthase subunit alpha  48.76 
 
 		 205 aa  179  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01560  riboflavin synthase, alpha subunit  47.8 
 
 		 204 aa  180  2e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.913253 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2809  riboflavin synthase subunit alpha  40 
 
 		 214 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2693  riboflavin synthase subunit alpha  50.49 
 
 		 205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2833  Riboflavin synthase  47.42 
 
 		 202 aa  179  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.351084  normal  0.0191477 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1875  riboflavin synthase subunit alpha  43.6 
 
 		 221 aa  178  7e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>