More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1274 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  90.91 
 
 		 220 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  83.71 
 
 		 221 aa  372  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  82.35 
 
 		 221 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  80.91 
 
 		 218 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  80.91 
 
 		 218 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  80.91 
 
 		 218 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  81 
 
 		 218 aa  350  7e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  79.55 
 
 		 218 aa  348  4e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  79.55 
 
 		 218 aa  348  5e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  79.55 
 
 		 218 aa  348  5e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  79.09 
 
 		 218 aa  347  7e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  79.09 
 
 		 218 aa  346  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  78.18 
 
 		 219 aa  338  2.9999999999999998e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  75 
 
 		 217 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  75.91 
 
 		 217 aa  327  6e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0923  riboflavin synthase subunit alpha  58.9 
 
 		 218 aa  267  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  58.37 
 
 		 220 aa  256  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  55.96 
 
 		 217 aa  254  6e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  56.42 
 
 		 217 aa  252  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  58.11 
 
 		 221 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  58.11 
 
 		 221 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  58.11 
 
 		 221 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  58.11 
 
 		 221 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  57.47 
 
 		 219 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  57.47 
 
 		 219 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  56.56 
 
 		 220 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1860  riboflavin synthase subunit alpha  53.21 
 
 		 217 aa  243  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0164931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  56.11 
 
 		 220 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  55.66 
 
 		 220 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  53.65 
 
 		 232 aa  239  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  55.66 
 
 		 220 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  56.11 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  53.39 
 
 		 221 aa  235  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  56.62 
 
 		 220 aa  229  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  54.5 
 
 		 220 aa  229  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  51.14 
 
 		 220 aa  228  8e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  52.97 
 
 		 219 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  50.48 
 
 		 216 aa  212  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  48.87 
 
 		 221 aa  209  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2140  riboflavin synthase subunit alpha  50.22 
 
 		 223 aa  207  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256216 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2469  riboflavin synthase subunit alpha  48.88 
 
 		 223 aa  206  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.032999 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2384  riboflavin synthase subunit alpha  53.5 
 
 		 200 aa  206  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.599759  normal  0.02171 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  50.91 
 
 		 221 aa  201  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  46.79 
 
 		 218 aa  198  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  46.79 
 
 		 218 aa  198  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  47.03 
 
 		 216 aa  188  7e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  47.95 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  45.25 
 
 		 220 aa  185  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  47.94 
 
 		 200 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  47.03 
 
 		 214 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  48.26 
 
 		 201 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  46.12 
 
 		 214 aa  180  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  44.55 
 
 		 217 aa  179  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  45.21 
 
 		 215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  44.75 
 
 		 217 aa  176  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  41.89 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  48.6 
 
 		 209 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  39.45 
 
 		 218 aa  176  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  48.72 
 
 		 209 aa  174  8e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  43.58 
 
 		 219 aa  174  9e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  49.03 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  39.64 
 
 		 217 aa  174  9.999999999999999e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  45.5 
 
 		 209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0167  riboflavin synthase subunit alpha  41.7 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 218 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  49.28 
 
 		 209 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4063  riboflavin synthase subunit alpha  47.14 
 
 		 211 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  48.51 
 
 		 199 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  48.56 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1847  riboflavin synthase subunit alpha  47.42 
 
 		 200 aa  171  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  49.04 
 
 		 209 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  49.04 
 
 		 209 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07100  riboflavin synthase, alpha subunit  39.73 
 
 		 223 aa  170  2e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.283211 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1221  riboflavin synthase subunit alpha  40.18 
 
 		 226 aa  169  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.464139  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1446  riboflavin synthase subunit alpha  38.64 
 
 		 216 aa  169  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1750  riboflavin synthase, alpha subunit  42.47 
 
 		 213 aa  168  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.206972  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2809  riboflavin synthase subunit alpha  42.01 
 
 		 214 aa  168  6e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.352562  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  41.75 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1907  riboflavin synthase subunit alpha  46.91 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2238  riboflavin synthase subunit alpha  40.37 
 
 		 215 aa  167  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  46 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2182  riboflavin synthase subunit alpha  43.64 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000398274  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3916  riboflavin synthase subunit alpha  45.27 
 
 		 202 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0894  riboflavin synthase subunit alpha  45.81 
 
 		 204 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  46.92 
 
 		 210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2448  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 		 217 aa  165  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0620  riboflavin synthase subunit alpha  45.59 
 
 		 204 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 197 aa  165  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2809  riboflavin synthase subunit alpha  36.99 
 
 		 214 aa  164  9e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2946  riboflavin synthase subunit alpha  46.57 
 
 		 205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  45.69 
 
 		 196 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3100  riboflavin synthase subunit alpha  45.81 
 
 		 204 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  41.09 
 
 		 205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2078  riboflavin synthase, alpha subunit  37.9 
 
 		 216 aa  162  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00424988  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1868  riboflavin synthase subunit alpha  46.43 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1541  riboflavin synthase subunit alpha  45.41 
 
 		 209 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 		 197 aa  161  8.000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  45.19 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>