More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2131 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2131  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 201 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  71.36 
 
 		 196 aa  289  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  71 
 
 		 197 aa  289  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  72.41 
 
 		 200 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  72.77 
 
 		 198 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  72.28 
 
 		 198 aa  280  7.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  71.78 
 
 		 198 aa  280  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  59.9 
 
 		 196 aa  235  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  58.82 
 
 		 205 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1614  riboflavin synthase subunit alpha  58.74 
 
 		 204 aa  232  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  59.43 
 
 		 208 aa  227  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  56.31 
 
 		 203 aa  224  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  54.63 
 
 		 203 aa  223  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  56.73 
 
 		 204 aa  221  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0819  riboflavin synthase subunit alpha  56.25 
 
 		 206 aa  220  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.311255 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1137  riboflavin synthase subunit alpha  56.52 
 
 		 204 aa  215  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0768  riboflavin synthase subunit alpha  54.85 
 
 		 202 aa  214  9e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2107  riboflavin synthase, alpha subunit  55.61 
 
 		 207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0761  riboflavin synthase subunit alpha  54.37 
 
 		 202 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2527  riboflavin synthase subunit alpha  54.37 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.670524  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  55.56 
 
 		 205 aa  208  5e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3007  riboflavin synthase subunit alpha  54.85 
 
 		 202 aa  207  6e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1227  riboflavin synthase, alpha subunit  52.66 
 
 		 202 aa  203  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 207 aa  202  4e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  51.9 
 
 		 207 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2637  riboflavin synthase subunit alpha  54.85 
 
 		 202 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23993  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  52.2 
 
 		 203 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3362  riboflavin synthase, alpha subunit  51.42 
 
 		 212 aa  194  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3167  riboflavin synthase, alpha subunit  51.42 
 
 		 212 aa  193  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5294  riboflavin synthase, alpha subunit  52.63 
 
 		 213 aa  192  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287836  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  49.26 
 
 		 205 aa  192  3e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3491  riboflavin synthase, alpha subunit  50.7 
 
 		 212 aa  190  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.178161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2662  riboflavin synthase subunit alpha  53.4 
 
 		 202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0632112  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4646  riboflavin synthase subunit alpha  50.97 
 
 		 202 aa  188  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864914  normal  0.264101 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2674  riboflavin synthase subunit alpha  51.94 
 
 		 202 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00828025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1817  riboflavin synthase subunit alpha  52.43 
 
 		 202 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35102  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  49.28 
 
 		 210 aa  180  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  50.51 
 
 		 209 aa  179  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  48.74 
 
 		 220 aa  179  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  47.85 
 
 		 209 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3101  riboflavin synthase, alpha subunit  49.01 
 
 		 211 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905036  decreased coverage  0.00949736 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  49.5 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1724  riboflavin synthase subunit alpha  49.51 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.455199  normal  0.104146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  47.76 
 
 		 199 aa  175  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  46.73 
 
 		 221 aa  175  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1534  riboflavin synthase subunit alpha  46.8 
 
 		 201 aa  174  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00190054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  48.74 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 221 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 221 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 221 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 221 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  47 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  45 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 		 201 aa  165  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 220 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 		 219 aa  164  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  46 
 
 		 221 aa  164  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  48.24 
 
 		 220 aa  164  9e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 		 218 aa  164  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 		 218 aa  164  9e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 		 218 aa  164  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  45.23 
 
 		 219 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 219 aa  162  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1541  riboflavin synthase subunit alpha  45.24 
 
 		 209 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 		 220 aa  161  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  46.23 
 
 		 218 aa  161  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 217 aa  161  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  46.23 
 
 		 218 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  46.23 
 
 		 218 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  46.73 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  46 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 		 219 aa  159  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1421  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00972231  normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 219 aa  159  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  45.23 
 
 		 221 aa  159  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3916  riboflavin synthase subunit alpha  49.02 
 
 		 202 aa  159  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 		 221 aa  158  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3463  hypothetical protein  42.79 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3013  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 		 204 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0766  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 		 204 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3066  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 		 204 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2144  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 		 204 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3101  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 		 204 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2014  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 		 204 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2599  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 		 204 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  43.96 
 
 		 209 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  44.5 
 
 		 220 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 220 aa  157  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  46 
 
 		 197 aa  156  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  43.96 
 
 		 209 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0620  riboflavin synthase subunit alpha  43.48 
 
 		 204 aa  155  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1304  riboflavin synthase, alpha subunit  44.44 
 
 		 216 aa  155  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.851086  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  41.71 
 
 		 220 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  45.23 
 
 		 216 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  43.48 
 
 		 209 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  43 
 
 		 209 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  43.48 
 
 		 209 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>