More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3007 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3007  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 
202 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2637  riboflavin synthase subunit alpha  90.1 
 
 
202 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23993  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2674  riboflavin synthase subunit alpha  87.62 
 
 
202 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00828025  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4646  riboflavin synthase subunit alpha  76.24 
 
 
202 aa  323  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864914  normal  0.264101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2662  riboflavin synthase subunit alpha  77.72 
 
 
202 aa  321  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0632112  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1817  riboflavin synthase subunit alpha  75.74 
 
 
202 aa  311  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35102  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1724  riboflavin synthase subunit alpha  72.14 
 
 
209 aa  289  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.455199  normal  0.104146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2107  riboflavin synthase, alpha subunit  60.5 
 
 
207 aa  245  4e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1227  riboflavin synthase, alpha subunit  59.9 
 
 
202 aa  244  6.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1137  riboflavin synthase subunit alpha  59.2 
 
 
204 aa  223  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  58.82 
 
 
203 aa  222  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1614  riboflavin synthase subunit alpha  58.91 
 
 
204 aa  220  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  57 
 
 
207 aa  219  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0761  riboflavin synthase subunit alpha  54.19 
 
 
202 aa  214  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2527  riboflavin synthase subunit alpha  54.19 
 
 
202 aa  213  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.670524  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0819  riboflavin synthase subunit alpha  55.94 
 
 
206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.311255 
 
 
-
 
NC_004310  BR0768  riboflavin synthase subunit alpha  53.69 
 
 
202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 
203 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  54.68 
 
 
200 aa  210  9e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0632  riboflavin synthase subunit alpha  52.71 
 
 
205 aa  209  3e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.149991  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 
197 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 
203 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2131  riboflavin synthase subunit alpha  54.85 
 
 
201 aa  207  6e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5294  riboflavin synthase, alpha subunit  54.33 
 
 
213 aa  207  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287836  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3167  riboflavin synthase, alpha subunit  54.55 
 
 
212 aa  206  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3101  riboflavin synthase, alpha subunit  55.45 
 
 
211 aa  204  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905036  decreased coverage  0.00949736 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  53 
 
 
196 aa  204  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3362  riboflavin synthase, alpha subunit  53.59 
 
 
212 aa  204  8e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3491  riboflavin synthase, alpha subunit  53.11 
 
 
212 aa  203  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.178161  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  54.73 
 
 
198 aa  201  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1534  riboflavin synthase subunit alpha  52.48 
 
 
201 aa  201  7e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00190054  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  52.45 
 
 
205 aa  194  7e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  52.74 
 
 
198 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  52.74 
 
 
198 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  48.79 
 
 
205 aa  190  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 
196 aa  190  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  52.13 
 
 
208 aa  190  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  49.76 
 
 
204 aa  190  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 
207 aa  183  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  43.72 
 
 
221 aa  174  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 
219 aa  168  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  46.27 
 
 
219 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  46.77 
 
 
219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  46.23 
 
 
219 aa  163  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 
216 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  43.48 
 
 
232 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  45.73 
 
 
220 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  49 
 
 
209 aa  160  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  45.73 
 
 
216 aa  160  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 
220 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  45.23 
 
 
220 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1446  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 
216 aa  159  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  43.22 
 
 
220 aa  158  6e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  43.78 
 
 
220 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  46.23 
 
 
227 aa  157  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  43.56 
 
 
220 aa  156  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  43.84 
 
 
215 aa  155  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  42.71 
 
 
221 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  42.71 
 
 
221 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  42.71 
 
 
221 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  42.71 
 
 
221 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3094  riboflavin synthase subunit alpha  43.94 
 
 
230 aa  154  8e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.112712 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  40.2 
 
 
217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2833  riboflavin synthase subunit alpha  43.35 
 
 
215 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.226498  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  43.07 
 
 
220 aa  152  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 
217 aa  152  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3463  hypothetical protein  41.09 
 
 
199 aa  151  5.9999999999999996e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 
214 aa  151  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2925  riboflavin synthase subunit alpha  42.86 
 
 
215 aa  150  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 
214 aa  150  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  40.2 
 
 
217 aa  149  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0714  riboflavin synthase subunit alpha  43.41 
 
 
217 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.854328  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2182  riboflavin synthase subunit alpha  41.41 
 
 
215 aa  149  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000398274  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  41.29 
 
 
200 aa  149  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1421  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 
220 aa  149  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00972231  normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  43.78 
 
 
199 aa  148  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 
217 aa  148  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2741  riboflavin synthase subunit alpha  42.36 
 
 
215 aa  148  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 
217 aa  148  7e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  37.81 
 
 
220 aa  148  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  41.21 
 
 
221 aa  147  9e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0923  riboflavin synthase subunit alpha  38.69 
 
 
218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2140  riboflavin synthase subunit alpha  44 
 
 
223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256216 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  42.03 
 
 
209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  40.8 
 
 
208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1541  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 
209 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  42.23 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  41.71 
 
 
197 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 
218 aa  145  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2469  riboflavin synthase subunit alpha  43 
 
 
223 aa  146  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.032999 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2078  riboflavin synthase, alpha subunit  42.56 
 
 
216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00424988  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 
218 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  41.29 
 
 
218 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  43.72 
 
 
218 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  43.28 
 
 
217 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 
218 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  41.58 
 
 
201 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  40.67 
 
 
209 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2946  riboflavin synthase subunit alpha  41.46 
 
 
205 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  40.2 
 
 
208 aa  144  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>