More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3109 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3109  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 237 aa  477  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719582  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2667  riboflavin synthase subunit alpha  77.56 
 
 		 214 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2916  riboflavin synthase subunit alpha  74.29 
 
 		 219 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0248627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2884  riboflavin synthase subunit alpha  72.95 
 
 		 214 aa  301  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.95813  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2946  riboflavin synthase subunit alpha  70.44 
 
 		 205 aa  284  8e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3100  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0894  riboflavin synthase subunit alpha  64.88 
 
 		 204 aa  249  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  63.41 
 
 		 209 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  62.86 
 
 		 209 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  63.41 
 
 		 209 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  64.53 
 
 		 209 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  62.44 
 
 		 209 aa  244  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  62.44 
 
 		 209 aa  244  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0620  riboflavin synthase subunit alpha  63.41 
 
 		 204 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 210 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2599  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3066  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2144  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2014  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3101  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1541  riboflavin synthase subunit alpha  62.93 
 
 		 209 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3013  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0766  riboflavin synthase subunit alpha  63.9 
 
 		 204 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4063  riboflavin synthase subunit alpha  60.98 
 
 		 211 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  60.39 
 
 		 209 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0707  riboflavin synthase subunit alpha  61.58 
 
 		 217 aa  231  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0752596  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0663  riboflavin synthase subunit alpha  61.58 
 
 		 217 aa  231  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.197144 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0714  riboflavin synthase subunit alpha  60.1 
 
 		 217 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.854328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0271  riboflavin synthase subunit alpha  58.17 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.800098  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0299  riboflavin synthase subunit alpha  56.87 
 
 		 204 aa  214  7e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.931154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  55.83 
 
 		 201 aa  201  7e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  54.85 
 
 		 199 aa  193  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3916  riboflavin synthase subunit alpha  51.96 
 
 		 202 aa  192  5e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  51.22 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  50.24 
 
 		 197 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  46.83 
 
 		 220 aa  175  6e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 		 219 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  51.69 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  45.63 
 
 		 221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  50.49 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  45.41 
 
 		 220 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  48.29 
 
 		 221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  48.31 
 
 		 200 aa  172  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  48.82 
 
 		 204 aa  169  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2444  riboflavin synthase subunit alpha  49.51 
 
 		 205 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  45.45 
 
 		 218 aa  168  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  45.45 
 
 		 218 aa  168  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1860  riboflavin synthase subunit alpha  45.89 
 
 		 217 aa  167  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0164931  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  45.19 
 
 		 217 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  49.51 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  48.11 
 
 		 208 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  48.06 
 
 		 219 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  48.06 
 
 		 220 aa  165  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2990  riboflavin synthase subunit alpha  49.52 
 
 		 205 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.039425 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  47.57 
 
 		 219 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 		 198 aa  164  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  49.51 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  48.53 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  44.71 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  43.96 
 
 		 217 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0167  riboflavin synthase subunit alpha  44.93 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  44.93 
 
 		 219 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 		 220 aa  162  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  45.93 
 
 		 197 aa  161  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 		 220 aa  161  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3112  riboflavin synthase, alpha subunit  47.62 
 
 		 208 aa  161  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 		 198 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  47.06 
 
 		 196 aa  160  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3463  hypothetical protein  44.39 
 
 		 199 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  46.83 
 
 		 198 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 		 218 aa  159  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  46.6 
 
 		 220 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1078  riboflavin synthase subunit alpha  45.37 
 
 		 205 aa  159  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2858  riboflavin synthase subunit alpha  46.19 
 
 		 207 aa  159  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.650896  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  47.06 
 
 		 220 aa  159  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2078  riboflavin synthase, alpha subunit  43.41 
 
 		 216 aa  159  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00424988  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  44.8 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  46.12 
 
 		 219 aa  159  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 		 218 aa  159  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  43.9 
 
 		 218 aa  157  9e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  43.9 
 
 		 218 aa  157  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  45.41 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0731  riboflavin synthase subunit alpha  44.08 
 
 		 232 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  43.9 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  43.41 
 
 		 218 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  43.9 
 
 		 218 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2448  riboflavin synthase subunit alpha  48.34 
 
 		 217 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  44.5 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  42.34 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  43.6 
 
 		 217 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  46.12 
 
 		 216 aa  157  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2354  riboflavin synthase, alpha subunit  45.37 
 
 		 215 aa  156  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0725923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>