107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0146 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A3336  FAD dependent oxidoreductase  87.61 
 
 		 461 aa  849    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0146  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 461 aa  946    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0159  FAD dependent oxidoreductase  98.48 
 
 		 461 aa  934    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.542085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4405  FAD dependent oxidoreductase  48.86 
 
 		 484 aa  450  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1370  FAD dependent oxidoreductase  33.99 
 
 		 491 aa  245  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3371  FAD dependent oxidoreductase  29.07 
 
 		 488 aa  168  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0604216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3505  FAD dependent oxidoreductase  26.75 
 
 		 465 aa  93.2  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  29 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  27.32 
 
 		 382 aa  76.3  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  23.77 
 
 		 379 aa  66.6  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0773  glycine oxidase ThiO  27.68 
 
 		 392 aa  66.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1340  glycine oxidase ThiO  25.07 
 
 		 375 aa  65.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.55181  hitchhiker  0.0035061 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4885  glycine oxidase ThiO  27.69 
 
 		 384 aa  65.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1044  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO  27.73 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  27.05 
 
 		 361 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2071  glycine oxidase, putative  21.03 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00506599  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1152  glycine oxidase ThiO  28.57 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0495  glycine oxidase ThiO  30.03 
 
 		 395 aa  58.2  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5997  glycine oxidase ThiO  26.42 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.217156 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  25.64 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2502  glycine oxidase ThiO  25.57 
 
 		 454 aa  57  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131028 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1932  FAD dependent oxidoreductase  25.06 
 
 		 410 aa  56.6  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  27.98 
 
 		 402 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0094  glycine oxidase ThiO  28.26 
 
 		 368 aa  54.7  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.883041  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  25.13 
 
 		 365 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  27.31 
 
 		 376 aa  54.3  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0038  FAD dependent oxidoreductase  24.61 
 
 		 353 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0054  FAD dependent oxidoreductase  27.62 
 
 		 371 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  25.87 
 
 		 401 aa  53.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  25.38 
 
 		 365 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0912  glycine oxidase ThiO  25.89 
 
 		 349 aa  53.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.970325  normal  0.149805 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6294  FAD dependent oxidoreductase  26.29 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  26.22 
 
 		 458 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0284  glycine oxidase ThiO  23.82 
 
 		 334 aa  52.4  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  25.39 
 
 		 365 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  26.52 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_31544  predicted protein  26.12 
 
 		 1033 aa  52  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  26.23 
 
 		 375 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  24.87 
 
 		 363 aa  51.2  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  23.37 
 
 		 375 aa  50.8  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  21.48 
 
 		 368 aa  50.8  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  24.8 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3643  FAD dependent oxidoreductase  32.14 
 
 		 381 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.36 
 
 		 434 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2431  FAD dependent oxidoreductase  26.49 
 
 		 367 aa  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.779457 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3319  FAD dependent oxidoreductase  31.63 
 
 		 381 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2536  FAD dependent oxidoreductase  23.21 
 
 		 364 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2715  oxidoreductase, FAD-binding  23.96 
 
 		 361 aa  47.8  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725073  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  25.26 
 
 		 405 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1568  glycine oxidase ThiO  23.51 
 
 		 652 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272773 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28291  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  24.69 
 
 		 371 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2890  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  34.23 
 
 		 621 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0208  glycine oxidase ThiO  23.04 
 
 		 334 aa  47.8  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.642429  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  25.93 
 
 		 411 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.26 
 
 		 421 aa  47.4  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0895  FAD dependent oxidoreductase  24.92 
 
 		 365 aa  47.4  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00321446  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3818  FAD dependent oxidoreductase TIGR03364  23.29 
 
 		 373 aa  47.4  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0193828  hitchhiker  0.0039585 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2166  glycine oxidase ThiO  24.8 
 
 		 337 aa  47.4  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.232699  normal  0.765835 
 
 
-
 
NC_004310  BR0217  D-amino acid oxidase family protein  23.04 
 
 		 334 aa  47  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0721  FAD dependent oxidoreductase  24.11 
 
 		 367 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1229  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  34.23 
 
 		 626 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4797  glycine oxidase ThiO  22.42 
 
 		 684 aa  46.2  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.937607  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  24.21 
 
 		 433 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  24.21 
 
 		 433 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0989  glycine oxidase ThiO  24.74 
 
 		 404 aa  46.2  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.136129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0964  glycine oxidase ThiO  24.8 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  23.69 
 
 		 416 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  24.9 
 
 		 819 aa  46.6  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1324  FAD dependent oxidoreductase  23.78 
 
 		 375 aa  46.2  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  24.81 
 
 		 367 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2498  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  25.62 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.373577  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.55 
 
 		 432 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00501  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  22.12 
 
 		 369 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.46 
 
 		 432 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1456  glycine oxidase ThiO  27.65 
 
 		 389 aa  45.8  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.307588  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3856  sarcosine oxidase subunit beta  26.94 
 
 		 408 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.014492  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  24.53 
 
 		 378 aa  44.7  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.66 
 
 		 433 aa  45.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0176  FAD dependent oxidoreductase  33.9 
 
 		 373 aa  44.7  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.252508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  24.9 
 
 		 433 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.4 
 
 		 416 aa  45.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0097  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  29 
 
 		 623 aa  44.7  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0795977 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.55 
 
 		 432 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1656  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  33.93 
 
 		 624 aa  44.7  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.715348  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1862  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  33.04 
 
 		 624 aa  44.3  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.167859 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1431  FAD dependent oxidoreductase  23.08 
 
 		 394 aa  44.3  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0107924 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0165  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  28.95 
 
 		 625 aa  44.3  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4149  glycine oxidase ThiO  24.51 
 
 		 666 aa  44.3  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.572473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1583  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  33.04 
 
 		 624 aa  43.9  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.149623 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.49 
 
 		 428 aa  43.9  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4109  glycine oxidase ThiO  23.72 
 
 		 666 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5918  glycine oxidase ThiO  24.32 
 
 		 330 aa  43.9  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1936  FAD dependent oxidoreductase  22.89 
 
 		 374 aa  43.9  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.969419  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.21 
 
 		 433 aa  43.9  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3977  FAD dependent oxidoreductase  23.63 
 
 		 377 aa  43.9  0.006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.04 
 
 		 434 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4841  FAD dependent oxidoreductase  25.27 
 
 		 366 aa  43.9  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.388467  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0955  D-amino-acid dehydrogenase  25.07 
 
 		 416 aa  43.9  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.249989 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3596  FAD dependent oxidoreductase  24.94 
 
 		 424 aa  43.9  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.307288  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6396  glycine oxidase ThiO  24.86 
 
 		 316 aa  43.5  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>