52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3505 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3505  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 465 aa  950    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1370  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 		 491 aa  107  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0146  FAD dependent oxidoreductase  26.75 
 
 		 461 aa  93.2  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0159  FAD dependent oxidoreductase  27.15 
 
 		 461 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.542085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4405  FAD dependent oxidoreductase  25.56 
 
 		 484 aa  90.9  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3336  FAD dependent oxidoreductase  25.92 
 
 		 461 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  25.19 
 
 		 374 aa  71.2  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0020  glycine oxidase ThiO  24.47 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  26.43 
 
 		 361 aa  57  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  25.94 
 
 		 382 aa  57  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19131  NAD binding site:D-amino acid oxidase  23.16 
 
 		 360 aa  55.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.119558  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30031  NAD binding site:D-amino acid oxidase  25 
 
 		 372 aa  55.1  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34650  glycine oxidase  26.48 
 
 		 375 aa  53.9  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.048332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1796  D-amino acid oxidase  22.41 
 
 		 360 aa  53.5  0.000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229908  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  27.74 
 
 		 395 aa  53.5  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0438  glycine oxidase ThiO  23.16 
 
 		 340 aa  52.8  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017801  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1748  glycine oxidase  23.16 
 
 		 340 aa  52.8  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1932  FAD dependent oxidoreductase  24.59 
 
 		 410 aa  52.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0408  glycine oxidase ThiO  26.81 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0882665  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2673  D-amino acid oxidase  24.07 
 
 		 350 aa  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3371  FAD dependent oxidoreductase  27.06 
 
 		 488 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0604216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1981  D-amino-acid dehydrogenase  29.52 
 
 		 463 aa  49.7  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47850  hypothetical protein  29.02 
 
 		 371 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000392863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4446  FAD dependent oxidoreductase  39.18 
 
 		 375 aa  48.9  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.750872 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27740  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  27.82 
 
 		 388 aa  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  27.31 
 
 		 408 aa  47.8  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21851  NAD binding site:D-amino acid oxidase  17.8 
 
 		 370 aa  47.8  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.594182 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  26.97 
 
 		 365 aa  47  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4123  hypothetical protein  27.98 
 
 		 371 aa  46.6  0.0009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00603105  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4107  FAD dependent oxidoreductase  37.65 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0968917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  25.25 
 
 		 367 aa  46.6  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  25.2 
 
 		 372 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3748  glycine oxidase ThiO  24.2 
 
 		 342 aa  46.2  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  26.93 
 
 		 405 aa  46.2  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  27.21 
 
 		 365 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  27.54 
 
 		 365 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  26.63 
 
 		 440 aa  46.6  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  25.1 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10140  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  36.28 
 
 		 371 aa  45.8  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  25.97 
 
 		 364 aa  45.8  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3937  FAD dependent oxidoreductase  22.78 
 
 		 428 aa  45.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3551  FAD dependent oxidoreductase  37.11 
 
 		 375 aa  45.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  26.57 
 
 		 365 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  26.94 
 
 		 420 aa  44.3  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  26.04 
 
 		 415 aa  44.3  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3405  glycine oxidase ThiO  25.52 
 
 		 371 aa  43.9  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.289575  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3650  glycine oxidase ThiO  22.1 
 
 		 324 aa  43.9  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0452  FAD-dependent oxidoreductase  19.67 
 
 		 354 aa  43.5  0.008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3378  FAD dependent oxidoreductase  35.05 
 
 		 375 aa  43.5  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.353692 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1152  glycine oxidase ThiO  37.29 
 
 		 360 aa  43.5  0.009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1893  FAD dependent oxidoreductase  35.05 
 
 		 375 aa  43.1  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4032  FAD dependent oxidoreductase  36.08 
 
 		 375 aa  43.1  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.120783 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>